В то время как Милославский и Хитрово управлялись с Матвеевым и Нарышкиными, патриарх Иоаким управлялся с двумя духовными лицами, которые в царе Алексее Михайловиче лишились своего защитника. Мы видели уже покушение Иоакима на духовника царского, Андрея Савинова, которого он обвинял в безнравственном поведении и в неуважении к нему, патриарху. Царь Алексей упросил патриарха простить духовника. Но в самый день похорон царских вражда между ними разгорелась в высшей степени: патриарх на отпевании вложил в руки покойника прощальную грамоту; духовник считал это своим правом и вышел из себя: после похорон пришел наверх, в комнату, где собрано было все царское семейство, и начал кричать: «Покойный государь прощение не получил, патриарх не дал мне вручить ему прощальную грамоту; дайте мне 2000 человек войска, я пойду на патриарха и убью его; или оружием, или какою отравою убейте мне супостата моего патриарха, если же не предадите смерти патриарха, то я вас прокляну, а с патриархом управлюсь сам, я уже нанял 500 ратных людей, чтоб убить его». Царь, царица и царевны «не соизволиша» на это, говорит наивно официальный акт. Они выдали патриарху расходившегося протопопа; Иоаким созвал собор, 14 марта 1676 года произнесено было осуждение. Кроме выходки во дворце показаныбыли еще следующие вины: 1) когда по изволению царскому сей злый иерей взят был на управление духовное царского дома, то он, самочинием своим и неправильно, не востребовав архиерейского благословения, восхитил самочинно духовную власть и называл себя протопопом без ставленной грамоты. 2) Вместо заступления за несчастных многим мучения и казни исходатайствовал, обличаемый в своих винах письмами от некоторых людей вправду, что с замужнею женщиною прелюбодействовал. Лучше было ему в том грехе каяться, а не обличителям пакости творить и мстить, многие из-за него были замучены и посланы в оземствование. 3) Пьянствовал с зазорными лицами, блудническими песнями услаждаясь, с приложением различных игр и бряцаний. 4) Без благословения нашего церковь сам собою воздвиг; будучи под нашим патриаршеским запрещением и ни во что его вменяя, обедню служил. 5) Вражду положил между царем и нами, патриархом, не хотя себя видеть от нас правильно обличаема, привел царя на то, что не хотел ходить в соборную церковь и к нашему благословению. 6) Восхитил от живого мужа жену и нуждою ее в супружество другому мужу отдал и в отчине своей священнику неволею приказал их венчать, потом у второго мужа отнял ее, прелюбодействовал с нею, а первого мужа безвинно в дальнее оземствование послал, в темнице в оковах держать велел. Савинов был лишен священства и сослан в Кожеезерский монастырь.
Через два месяца по осуждении духовника Андрея собор осудил на исправление старого заточника, Никона, который, как видно, был в приязненных отношениях к осужденному духовнику. С известием о кончине царя Алексея приехал в Ферапонтов монастырь Федор Лопухин. Никон выслушал неожиданное известие в сильном волнении, слезы выступили у него на глазах, но жесткие слова показали, какое чувство сейчас же взяло верх. «Он будет судиться со мною в страшное пришествие Христово», – сказал Никон, и когда Лопухин начал упрашивать его дать покойному письменное прощение, то Никон отвечал: «Подражая учителю своему Христу, повелевшему оставлять грехи ближним, я говорю: бог да простит покойного, но письменного прощения не дам, потому что он при жизни своей не освободил нас от заточения». Никон не воображал, что если царь Алексей при жизни своей не вывел его из Ферапонтова, то смерть царя приготовила ему еще большую беду, на которую, впрочем, он сам напрашивался. 13 апреля пристав Никона, кн. Шайсупов, дал знать, что Никон требует отправления в Москву Игнатия Башковского и дворовой его женки Киликейки, зная за Башковским великого государя великое и страшное дело; в челобитной, присланной Никоном по этому случаю, он подписался патриархом. Этого уже было достаточно, чтоб возбудить гнев настоящего патриарха; кроме того, Никон сам послал на себя в Москву доносчика в то время, когда доносы на него начали принимать охотно. Башковский рассказал, что Никон лечил крестьянина Кириллова монастыря и больной умер от его лекарства, что Никон из своей кельи стреляет из пищали и застрелил птицу баклана, что к Никону приезжает много родственников его из Курмыша. В это же время переменен был пристав, князь Шайсупов; он также, приехав в Москву, порассказал много разных вещей про Никона, рассказывал, что Никон ни в чем его не слушал и никому слушать не велел; приказал себя называть и в письмах писать св. патриархом; на озере и по дороге на крестах сделал надписи: «Смиренный Никон, божиею милостию патриарх поставил, будучи в заточении за слово божие и за св. церковь». Баклана подстрелил и велел у него крылья, голову и ноги отсечь за то, что он поедал у него рыбу. На кого Никон осердится, тех людей стрельцы и монастырские служки били палками и плетьми; хвастал Шайсупову, что наперед предсказал Родиону Стрешнев разорение от Стеньки Разина; присланному из Москвы Лопухину говорил, что у него в Турции живут свойственники, четыре чело века стряпчих, и деньги к ним посланы, что цареградский патриарх проклял патриархов, которые его, Никона, осудили, и называл патриархов ворами. По преставлении царя Алексея во весь Великий пост пил допьяна и, напившись, всяких людей мучил безвинно по его же приказу старца Пафнутия били на правеже целую неделю в Великий пост; своими руками бил служку Обросимова, который от этих побоев умер; старца Лаврентия били палками, а после Никон его запоил вином, отчего тот и умер. Игумен с братиею и служки приходят к Никону в праздники, и он, сидя в креслах, дает им целовать руку; сделал у себя приказ и губу. Приезжала к нему девица 20 лет с братом, малым ребенком, для лечения и Никон ее запоил допьяна, отчего она умерла.