На Волге донцы поворачивались назад, услыхав указ великого государя; но на Яике сильно пахло разинским духом. В июле 1677 года в Москве получена была весть, что воровские козаки, вышедшие из яицких городов, под начальством Васьки Касимова взяли на Яике городок Гурьев (названный так по имени строителя Михайлы Гурьева), государеву казну, пушки, свинец и порох забрали и расположились на Каменном острове в устье Яика; астраханский воевода, князь Константин Щербатов, выслал против них 800 стрельцов в пятнадцати стругах; но в Москве вспомнили о Разине и сильно испугались, выслали в Астрахань боярина Петра Михайловича Салтыкова с приказом идти с великим раденьем и поспешеньем, неоплошно, для того что в Астрахани малолюдно и над воровскими людьми промышлять некем. Голова казанских стрельцов Мамонин нагнал воров на море и поразил. Воры в числе, 230 человек (в том числе 40 раненых) пристали к трухменскому берегу, но трухменцы прогнали их, и они объявились у персидского берега на острове Сары, на котором стоял и Стенька Разин; живя на острове, они выезжали на море воровать; но шах послал на них ратных людей, с которыми у них опять был неудачный бой. В конце года воры явились под Бакою в четырех стругах, но тут их выкинуло на берег, 29 человек, которые забраны жителями и отвезены к шамахинскому хану.
Мы видели волнение башкир в царствование Алексея Михайловича; при Феодоре волнения возобновились, тем более что война России с Турциею не могла не отозваться между мусульманским народонаселением степей. В начале 1679 года из Верхотурья дали знать в Москву, что крестьянский садчик (призывавший и селивший, садивший крестьян) и прикащик одной из слобод Арапов был в Кунгурском уезде в татарской деревне для разных покупок; в эту деревню при нем пришло к татарам десять человек башкирцев и говорили между собою, что на весну они будут воевать Кунгур, сибирские слободы и подгороды; башкирцы говорили: «Чигирин турки и крымцы взяли и государевых людей побили, и мы будем воевать, потому что мы с ними одна родня и душа». Арапов извещал, что все татары и башкирцы кормят лошадей, луки и стрелы делают, и ружья у них много, у всякого человека по две и по три пищали, винтовки. Вслед за тем действительно татары явились на лыжах под Кунгур, взяли острог и деревни вырубили. Летом 1680 года получены были известия, что калмыцкий тайша Аюка заключил мир с крымским ханом, отпустил 1000 человек своих улусников в Крым и две тысячи отправил под русские украйные города, извещали, что Аюка хочет помириться и с уфимскими башкирами, чтоб вместе с ними ходить войною под козачьи городки, под Самару и другие украйные города. В июле месяце больше трех тысяч татар, калмыков и черкес явились под Пензою, сожгли посад и ушли в степь. Башкиры также начали перевозиться за Волгу с луговой стороны на ногайскую. В 1681 году по Тоболу неслись слухи, что башкиры выехали все из улусов вооруженные, остались только те, которые сидеть на конях не могут.
В Южной Сибири продолжалась борьба с киргизами, которые осенью 1679 года опустошали Томский уезд, будучи подведены изменниками, государевыми ясачными людьми. Конные и пешие козаки выступили против разбойников, поразили их и отняли добычу, с потерею пяти человек своих. В то же время другая большая толпа киргизов приступила к Красноярску и к острожкам его уезда; крепостей взять им не удалось, но 16 деревень было сожжено; тубинцы соединились с киргизами; это озлобило красноярских детей боярских и козаков: они взяли тубинских аманатов, вывели за город и расстреляли в виду их родичей. Узнавши об этом, государь велел красноярского воеводу Загряжского посадить в тюрьму на день: зачем выдал аманатов служилым людям, а служилым людям велел сказать: «Довелись из них лучшие люди за ту вину, что аманатов расстреляли, смертной казни; но для нынешней их службы и разорения мы ту вину велели им отдать; и они бы, видя нашу такую премногую милость, нам служили и у тубинских князцов аманатов взяли добрых родов».
На севере самоеды не хотели платить ясака; когда летом 1679 года ясачные сборщики приехали в старый мангазейский город, то к ним явился самоедский князец Ныла и бросил на землю ясак – 76 песцов, тогда как прежде платили соболями и бобрами. «Давайте ясак по-прежнему», – сказали ему сборщики. В ответ Ныла крикнул своим родичам: «Промышляйте над ними!» Самоеды бросились с ножами на сборщиков, но те оттолкнули их, схватили Нылу и убили; родичи его бежали из города, но, собравшись с силами, начали приступать к нему; русские отбивались от них три дня и три ночи; осажденных выручили двое самоедских же князьков, которые ударили на своих и отбили их от города. Другие самоеды осаждали Обдорский городок и свирепствовали против своих, не хотевших действовать заодно с ними против русских.