Царевич Илья через шесть дней последовал за матерью в могилу. Начали думать о втором браке. Конечно, не без влияния Языкова царь женился на свойственнице его, Марфе Матвеевне Апраксиной, девушке незнатного происхождения (14 февраля 1682 года), но через два месяца с половиною после этого брака, 27 апреля, Феодор скончался на двадцать первом году от рождения.
Возмужание царя, устранение Милославских, приближение Языкова, Лихачевых, а потом Апраксиных должны были иметь влияние на судьбу двух знаменитых деятелей прежнего царствования – Никона и Матвеева. Мы оставили Никона в монастыре Кирилла Белозерского, где он был гораздо более стеснен, чем в Ферапонтове. Но в Москве и в самом дворце нашлась у него сильная заступница: то была тетка царская, Татьяна Михайловна, старшая летами из особ царского семейства, благочестивая и тем более влиятельная. Царевна Татьяна была всегда привязана к Никону и теперь, воспользовавшись обстоятельствами, ослаблением влияния Милославских и Хитрово, начала внушать племяннику, как нехорошо с его стороны мучить в тесном заключении человека, оказавшего такие важные услуги всем им во время морового поветрия. Понятно, что в природе и в памяти Феодора царевна не могла найти сопротивления своим намерениям. По ее указанию государь начал ездить в недостроенный Воскресенский монастырь (Новый Иерусалим), пленился местоположением, величественным, затейливым планом и не щадил издержек для довершения построек. Естественно, что в местах, где все напоминало Никона, а напоминало только с хорошей стороны, царь не мог забыть о нем. Он предложил патриарху перевести Никона в Воскресенский монастырь, но встретил в Иоакиме сильное сопротивление. Иоаким, очень ревнивый к своей власти и вследствие этой ревности имевший врагов, не мог допустить в соседство к Москве, к царю человека, продолжавшего называть себя патриархом, способного иногда смиряться при ударе, но сейчас же готового поднять голову, как только гроза миновала. Нельзя не вспомнить о слухах, ходивших между современниками, перешедших и к потомкам, которые не считали их вздорными. Есть известие, что Симеон Полоцкий, не уживавшийся с Иоакимом, хотел употребить Никона орудием для его удаления и уговаривал своего царственного ученика установить в России четырех патриархов на местах четырех митрополитов, в Новгороде, Казани, Ростове и Крутицах, послать Иоакима патриархом в Новгород, а Никона возвратить в Москву и назвать папою. Каких слухов не распространяли тогда и каким слухам не верили! Но и без подобных слухов Иоаким имел сильные причины не желать возвращения Никона в Воскресенский монастырь, а отказ дать свое согласие на это мог быть выражен очень благовидным образом: «Свержен он не нами, а великим собором и вселенскими патриархами: мы не можем возвратить его без их ведома; впрочем, государь, буди твоя воля», – говорил Иоаким царю. Созван был собор для решения этого дела, но собор ничего не решил; председатель собора был против, да и между другими отцами не легко было найти приверженцев Никона. Царю осталось утешить заточника собственноручным письмом.
Между тем Никон стал изнемогать. Кирилловский архимандрит известил патриарха, что заточник при смерти, принял схиму, освящен елеем; архимандрит испрашивал особых распоряжений насчет похорон: где положить, как поминать? Иоаким велел похоронить как простого монаха. Но Никон и на смертном одре не считал себя простым монахом, не думал отказываться от патриаршества. В последнем письме своем к братии Воскресенского монастыря он называет себя патриархом; в этом письме Никон уведомляет о своей тяжкой болезни, приковавшей его к постели: «А милость великого государя была, что хотел меня из бедности взять, по вашему челобитью, и писал жаловал своею рукою, а ныне то время совершилось, а его милостивого указу нет, умереть мне будет внезапу. Пожалуйте, чада моя, не попомните моей грубости: побейте челом еще о мне великому государю, не дайте мне напрасною смертию погинуть, моего житья конец приходит». Воскресенские монахи подали это письмо государю; он показал его патриарху, другим архиереям, умоляя их согласиться на переведение умирающего. Наконец согласились. Никона взяли из Кириллова монастыря, с большим трудом довезли до реки Шексны, где посадили на струг и повезли Шексною, а потом Волгою к Ярославлю. Когда доплыли до Толгского монастыря, Никон, чувствуя крайнее изнеможение, велел пристать к берегу и приобщился. После этого струг был введен из Волги в реку Которость: здесь Никон умер 17 августа 1681 года, 75 лет от рождения. Тело привезли в Воскресенский монастырь, где похоронили с большим торжеством, в присутствии царя.