Борьба, принявшая напоследок кровавый характер, кончилась, как следовало ожидать, не к выгоде московской знати, которая должна была забыть старые предания вольной дружины; князья Рюриковичи и Гедиминовичи стали называться холопями великого государя, писаться уничижительными полуименами. Но, несмотря на тяжелые обстоятельства, на опалы, члены этой знати удерживают свое первенствующее значение, высшие места в управлении. Иоанн Грозный в своей ожесточенной вражде к ним не отнимает у них этого значения, этих мест, не дает их значения, их мест людям новым, низкого происхождения. Грозный, подозревая и ненавидя бояр своих, оставляет их в прежнем значении, даже рискует усилить его, поставляя их в челе земского управления; он не прогоняет бояр, но сам скорее убегает от них, окруженный новою, преданною дружиною – опричниками. Но в начале XVII века для московского боярства настало время хуже времени Грозного, Смутное время. Явились два царя, два двора; кто не мог получить высшей чести при одном дворе, переходил к другому; Тушино наполнилось людьми разного происхождения, которые там искали случая подняться. Когда Тушино рассыпалось, эти люди забежали под Смоленск к королю Сигизмунду, предложили ему свои услуги, и когда потом московские бояре присягнули королевичу Владиславу, чтоб только избавиться от козацкого царя, самозванца, от владычества своих холопей, то с ужасом увидали, что к ним в думу по милости королевской сел торговый мужик Андронов и всем распоряжается. Несмотря на то, бояре крепко держатся за королевича; но земля не хочет его, увидев за ним или еще перед ним старого короля с иезуитами; земля встала, выставила ополчение для борьбы с поляками и козаками, вожди этого ополчения – люди второстепенные, из родов захудалых, если и бояре, то тушинские, а бояре настоящие, московские, сидят с поляками в Кремле. Когда буря миновала, все начало успокоиваться, оказался недочет в тех людях, которых привыкли видеть в челе полков, на первых местах в думе. Пошли новые люди, не имевшие уже тех преданий и того значения, как прежние столпы. Это дает возможность людям неродовитым пробиваться к высшей чести, к боярству, разумеется, сначала медленно, не без ропота и выходок со стороны знатных родов; но пример уже подан в боярстве Ордина-Нащокина и Матвеева. А тут у дверей новые неизбежные преобразования: войны трудные, войны в обширных размерах требуют искусства ратного, как у других народов, требуют нового строя, нового воеводского распорядка; Московское государство не может долее сохранять своей старины, родового быта с его счетами, которые препятствовали всякому разумному распределению воевод; не может при своих государственных отправлениях довольствоваться простым древнекняжеским устройством, не может довольствоваться одною дружиною. Но эти преобразования принадлежат уже к новой истории.
Посмотрим теперь на духовенство, какое положение получило оно при образовании Московского государства и в каком положении встретило эпоху преобразования? Мы упоминали, какое особенно важное значение в древней Руси мог бы иметь единый митрополит при многих князьях, если б этот митрополит был русский. После окончательного опустошения Юго-Западной Руси, когда жизненные силы отлили на северо-восток, и митрополиты начали, естественно, стремиться туда же и наконец совершенно переселились.
С удалением митрополии на север, т. е. с удалением от Греции, сейчас же начинают являться митрополиты из русских, хотя сначала меняясь с греками, и в доказательство, как важно было это новое обстоятельство, три митрополита, которых имена соединяются в нашей церковной и политической истории как важнейших деятелей, именно русские: Петр, Алексий, Иона. Из них самое видное место принадлежит Алексию, при котором значение митрополита достигло высшей степени: он поддерживает московского князя и княжество; он старается усиливать их всеми зависящими от него средствами. Понятно, какое влияние на ход последующих событий могло иметь то обстоятельство, если бы значение митрополита относительно великого князя поддержалось на той высоте, на какой оно находилось при Алексии благодаря достоинствам его преемников. Алексий именно хотел видеть своим преемником человека, имевшего великое значение в земле, великую славу святости, Сергия Радонежского; но святой пустынник с ужасом смирения отверг предлагаемую честь. Великий князь Дмитрий хотел видеть преемником Алексия своего человека, своего печатника Митяя, хотя св. Алексий неохотно соглашался на это. Митяю не удалось сделаться митрополитом; но митрополию постигла беда: явилось несколько митрополитов-соперников, из которых великий князь мог выбирать, смотря по обстоятельствам; митрополита Алексия больше не было, в митрополии слабость, ибо разделение и борьба, а великим князем Димитрий Донской. Важно было положение единого митрополита всея Руси при двух великих князьях, московском и литовском; но митрополия скоро разделилась на восточную и западную: Москва осталась со своим митрополитом, Киев получил своего. Наконец, для московского митрополита прекратилась и зависимость от византийского патриарха вследствие смут в Константинополе и взятия его турками. Все эти события одновременны с окончательным усилием великокняжеской власти в Москве; положение московского митрополита этим окончательно определяется.