Столп был сломан, и стрельцам с солдатами дана новая жалованная грамота, где говорилось, что по злохитростному умышлению князей Хованских и Алешки Юдина с товарищами солдаты и стрельцы возмутились и в этой смуте побиты были бояре и других чинов люди; за это Хованский и Юдин казнены 17 сентября, а солдаты и стрельцы подали заручные повинные челобитные. Великие государи, видя их слезы, простили им преступление, запретили называть их бунтовщиками и изменниками, приказали выдавать им годовые их оклады сполна, без вычета и безволокитно, без взяток от приказных людей, прибавить подъемные деньги и не делать никаких вычетов на разные полковые потребности, на начальство им не работать.
Только после этой окончательной повинной со стороны стрельцов двор возвратился в Москву 6 ноября. Надобно было прежде всего озаботиться выбором начальника Стрелецкого приказа (название надворной пехоты исчезло). Сначала назначили на это важное место окольничего Змеева, но потом в декабре нашли человека более надежного: думного дьяка Федора Леонтьевича Шакловитого. Твердость нового начальника подверглась скоро испытанию. 26 декабря явилась в Стрелецкий приказ толпа стрельцов из полку Бохина под предводительством двоих – Ивана Пелепельника и Федора Ворона. С невежеством и шумом подали они челобитную, чтоб перевели из их полка несколько стрельцов в другой полк. Им отвечали, что этот перевод уже состоялся и без их челобитной. Стрельцы ушли, но потом возвратились и начали кричать, чтоб выдали им пятисотного Борисова и приказного пристава Кондратьева. Им Отвечали, что этого сделать не довелось, а будет им царский указ по сыскному делу. Стрельцы не переставали кричать, что их прислали всем полком. Шакловитый велел перехватать крикунов и посадить их в приказ. Но вслед за тем в том же полку обнаружилась новая смута: по сыскному делу надобно было взять в приказ стрельца Ивана Жареного; но когда сотенный пришел, чтоб схватить его, товарищи вступились за Жареного, начали кричать: «Пусть нас всех переказнят, а Ивашку мы не отдадим!» Но пришли два стрелецких полка и Ивашку взяли вместе с четырьмя заводчиками смуты и всех казнили смертию. Бохинские стрельцы пришли просить прощения, но им объявили, что за вину свою они на государевом дворе караулов держать не будут и жалованная грамота у них взята. Через несколько времени, впрочем, их совершенно простили.
Спешили уничтожить и следствия мятежа. 13 февраля 1683 года издан был указ: «Которые холопи взяли у бояр отпускные в смутное время за страхованием и с теми отпускными били челом кому-нибудь во дворы и дали на себя кабалы, тех отдать прежним их боярам и впредь таким отпускным не верить, потому что они их взяли в смутное время, неволею, за смутным страхованием, да этим же холопям при отдаче их чинить жестокое наказанье, бить кнутом нещадно, если же прежние господа не возьмут их, то ссылать их в. сибирские и другие дальние города на вечное житье». В Москву дали знать, что московская смута отзывается в областях и по тому 21 мая издан был указ: «Ведомо великим государям учини лось, что в городах тамошние жители и прохожие люди про быв шее смутное время говорят похвальные и другие многие непристойные дела, на смуту, страхованье и соблазн людям, и великие государи указали: во всех городах и уездах учинить заказ крепкий, под смертною казнью, и биричам велеть кликать, чтоб всяких чинов люди прошлого смутного времени никак не хвалили, никаких непристойных слов не говорили и затейных дел не вмещали».
Смута должна была сильнее отозваться на юге в козацких сторонах.
В южном Переяславле стрельцы перестали слушаться воеводы овладели кабаком, в приказной избе посадили простого стрельца чтоб ведать всякие дела, отставили своих пятисотенных и десятников, одного пятисотенного чуть не. убили, на их место выбрали других и отправили 20 человек с челобитною в Москву. Гетман писал царям: «Смею донести вашему царскому величеству, что непрестанная печаль так меня преодолела, что уже и силы во мне мало осталось. Переяславские стрельцы поступками своими сильно вредят тамошним нашим людям, между которыми немало старых своевольников». В Конотопе путивльский купец Афанасий Беляев разглашал, что под Путивлем соберутся царские войска тайно, учинят раду, призовут на нее гетмана Самойловича или силою возьмут и станут рубить всю старшину войсковую и арендаторов.
Летом 1683 года в Москве узнали, что на Дону какой-то чернец Иосиф распространяет воровские письма. Немедленно отправился туда Посольского приказа толмач Тарас Иванов с требованием выдачи этого монаха. Собрался круг; есаулы, по приказу атамана Фрола Минаева, говорили козакам: «Надобно за чернецом и за его советниками послать и доведется отпустить их к великим государям, воров жалеть нечего». Но в ответ раздались крики, что чернеца посылать не для чего, потому что он малоумен и письмо воровское сочинял не он, надобно послать за настоящими ворами, которые чернецу письмо дали и обманули; воры эти – Куземка Косой да Костка стрелец, живут они на устье Медведицы, а чернец живет на Северском Донце. Объявились и другие мнения: козак Фомка Савостьянов говорил: «Для чего за теми ворами посылать и где их сыскать?» Пашка Чекунов прибавил: «Для чего их в Москву посылать? И без них на Москве много мяса». Тут выступили атаман и старшины и начали говорить: «Для чего вы за воров стоите? Почему, сыскавши, их не отослать? Или вам мало государской милости и жалованья?» Потом старшины подошли к Тарасу Иванову и стали говорить ему тихонько: «Видишь, какие у нас люди и за кого стоят? Для чего в государевой грамоте не написано, чтоб тех воров сыскать и казнить у нас, мы бы их казнили тотчас. Которые люди являются на Москве в расколе и стрельцы за разные воровства битые кнутом, руки и ноги сечены, носы и уши резаны, а ссылают их в новый город Полатов – те люди объявились у нас все на Дону, и воровские замыслы и смуты идут от них. При тебе из Полатова пришло сюда таких воров семь человек. Вот Самойла Лаврентьев и старый козак, а держит у себя таких воров и дает им на ссуду лодки и ружья. Извести боярину князю Василью Васильевичу Голицыну, чтоб вперед таких воров не ссылали в города, которые близ Дону, потому что они из этих городов уходят к нам на Дон, и всякое воровство и смуты начинаются от них, в кругах оспаривают царские указы и дела, ворам потакают и кричат. Мне и другим старшинам и добрым козакам говорить нельзя, потому что всех нас побьют».