Чехов вычеркнул из II акта заключительную сцену Шарлотты с Фирсом, а ее рассказ о детских годах («У меня нет настоящего паспорта…» и т. д.) перенес в самое начало акта, где первоначально Шарлотта вообще не появлялась. В новой редакции II акт кончался, как этого хотел Станиславский, «шумной сценой молодежи с Варей», то есть призывными речами Трофимова и восторженными репликами вторящей ему Ани.
Рукопись с этими изменениями и добавлениями (АД) Чехов передал Немировичу-Данченко, который переслал ее в драматическую цензуру на утверждение. 15 января 1904 г. просмотренный цензурой текст был возвращен театру с сопроводительной бумагой канцелярии Главного управления по делам печати (см. ЛН, т. 68, стр. 141).
Еще осенью 1903 г., заканчивая работу над «Вишневым садом», Чехов получил от редакции товарищества «Знание» телеграмму с убедительной просьбой дать пьесу для публикации в очередном сборнике (ГБЛ; телеграмма подписана К. П. Пятницким и А. М. Пешковым; см. также письма Чехова к Горькому 6 и 17 октября 1903 г.). Дав согласие печатать пьесу в сборнике «Знание» (с благотворительной целью), Чехов на предложение А. Ф. Маркса передать пьесу ему для напечатания в «Ниве» ответил, что «пьеса уже отдана» (письмо Маркса 24 октября и ответ Чехова 25 октября 1903 г.).
18 ноября 1903 г. Книппер сообщила Чехову, что в Художественный театр заезжал Горький и получил от Немировича-Данченко экземпляр пьесы для издательства «Знание». 22 января 1904 г. Пятницкий известил Чехова: «Набор „Вишневого сада“ кончен. Отправляю Вам корректуры заказной бандеролью» (ГБЛ). 27 января Чехов ответил, что «немного задержал корректуру <…> оттого, что уж очень много мелких ошибок, которые пришлось исправлять», и просил выслать повторную корректуру (она была послана ему Пятницким 9 февраля). Последнюю корректуру, в которой Чехов обнаружил «неприятную опечатку», Чехов получил в Ялте около 27 апреля (см. письмо Пятницкому от 27 апреля). Однако выход сборника по цензурным причинам задержался, и только в последних числах мая он поступил в продажу (письмо Пятницкого Чехову 29 мая 1904 г. — ГБЛ).
При подготовке пьесы к публикации в сборнике «Знание» Чехов опять подверг ее значительной доработке. В роль Лопахина снова были внесены поправки, имевшие целью придать ему черты «интеллигентности» и «благопристойности». Добавлена фраза Трофимова: «У тебя тонкие, нежные пальцы, как у артиста, у тебя тонкая, нежная душа». В другой сцене, где Лопахин после торгов похваляется покупкой вишневого сада, к его словам «Идет новый помещик, владелец вишневого сада!» добавлена ремарка, указывавшая, что он произносит их «с иронией». Там же исключено упоминание Лопахина, что у него голова кружится оттого, что после торгов «коньяк пили». Добавлены фразы, свидетельствующие о его участливом отношении к Варе. Он отзывается о ней с теплотой: «Она хорошая девушка», а когда она демонстративно швыряет на пол ключи от дома, он поднимает их «ласково улыбаясь». Добавлено также его чутко-ласковое обращение к Любови Андреевне: «моя дорогая».
Речь Дуняши дополнена рядом фраз и ремарок, характеризующих ее смешные претензии на «чувствительность», манерное жеманничанье: «Он меня любит безумно», «Я сейчас упаду… Ах, упаду!», «Я такая деликатная девушка», «Я нежное существо», «Оставьте меня в покое. Теперь я мечтаю. (Играет веером.)», «Глядится в зеркальце и пудрится».
При появлении на сцене Яши в его первой фразе («Тут можно пройти?») подчеркнута показная манера выражаться «деликатно», добавляя частицу «с»: «Тут можно пройти-с?», а также добавлена ремарка «деликатно». Исключено из текста многократно повторенное в пьесе указание в ремарках на глуповато-простодушную привычку Яши: «смеется в кулак», которая не очень вязалась со свойственными его характеру самодовольством и наглостью; эта ремарка всюду заменена другими: «с усмешкой», «с презрением» или просто: «смеется». Слова «жестокого» романса, исполняемого Епиходовым в присутствии соперника и не отвечающей ему взаимностью избранницы («Сколько счастья, сколько муки…»), заменены другими: «Что мне до шумного света…»