Кроме розыска стрельцами, взятыми под Воскресенским монастырем, шел еще розыск по азовскому делу. Когда узнали в Черкасске на Дону о поражении стрельцов под Воскресенским монастырем, то козаки говорили писарю, приехавшему из Воронежа: «Знать ты потешный, дай только нам сроку, перерубим мы и самих вас, как вы стрельцов перерубили. Если великий государь к заговенью в Москве не будет и вестей никаких не будет, то нечего государя и ждать! А боярам мы не будем служить и царством им не владеть, и атаман нас Фрол (Минаев) не одержит, и Москву нам очищать. Мы Азова не покинем; а как будет то время, что идти нам к Москве, и у нас молодцы с реки не все пойдут, и река у нас впусте не будет, пойдем хотя половиною рекою, а до Москвы города будем брать и городовых людей с собою брать, и воевод будем рубить или в воду сажать». Когда в Азове узнали о событиях под Воскресенским монастырем, то стрельцы начали говорить: «Отцов наших и братьев и сродичев порубили, а мы в Азове зачтем, начальных людей побьем». Монахи распустили слух, что четыре полка стрельцов и солдат Преображенского и Семеновского полков, которые были посланы против стрельцов, но с ними не бились, порублены все, а царевич окопался на Бутырках. Монахи говорили стрельцам: «Дураки вы, б… дети, что за свои головы не умеете стоять, вас и остальных всех немцы порубят, а донские козаки давно готовы». Стрелец Парфен Тимофеев говорил: «Когда бунтовал Разин, и я ходил с ним же: еще я на старости тряхну!» А другой стрелец, Бугаев, толковал: «Стрельцам ни в Москве, ни в Азове житья нигде пет: на Москве от бояр, что у них жалованье отняли без указу; в Азове от немец, что их на работе бьют и заставляют работать безвременно. На Москве бояре, в Азове немцы, в земле черви, в воде черти». Кроме азовского еще новый розыск: стрелецкий полковой поп донес, что в Змиеве в шинке стрельцы толковали о своей беде, сбирались со всеми своими полками, стоявшими в Малороссии, идти к Москве; первые должны были попасть на их копья – боярин Тихон Стрешнев за то, что у них хлеба убавил, Шеин за то, что ходил под Воскресенский монастырь. А как будут брать наряд в Белгороде, убить прежде всего боярина князя Якова Фед. Долгорукова, если наряда не даст. В походах говорили: «Боярин князь Яков Фед. Долгорукий выбил нас в дождь и слякоть; чем было нам татар рубить, пойдем к Москве бояр рубить».
11 октября, во второй день казней, Петр созвал собор из всех чинов людей, которому поручил исследовать злоумышление царевны Софьи и определить, какому наказанию она должна быть подвергнута. Решение собора неизвестно; царевну можно было сильно подозревать; но для прямого доказательства ее вины розыск не мог ничего представить. Мы видели, что отвечала Софья брату: «Письма я никакого не посылала, но стрельцы могли желать меня на правительство, потому что прежде я была правительницею». Чтоб уничтожить связь между этим прошедшим и будущим, чтоб впредь никто не мог желать ее на правительство, лучшим средством было пострижение. Софья была пострижена под именем Сусанны и оставлена на житье в том же Новодевичьем монастыре под постоянною стражею из сотни солдат. Сестры ее могли ездить в монастырь только на Светлой неделе и в монастырский праздник Смоленской иконы (28 июля) да еще в случае болезни монахини Сусанны; Петр сам назначил доверенных людей, которых можно было посылать с спросом о ее здоровье, и приписал: «А певчих в монастырь не пускать: поют и старицы хорошо, лишь бы вера была, а не так, что в церкви поют спаси от бед, а в паперти деньги на убийство дают».
Софья была оставлена в подмосковном монастыре: гораздо виновнее по следствию являлась сестра ее Марфа, которая сама призналась, что сообщила сестре о приходе стрельцов и желании их видеть ее, Софью, правительницею, а постельница Марфы утверждала, что царевна получила челобитную от стрельцов и от нее шло письмо к Туме. Марфу постригли под именем Маргариты в Успенском монастыре Александровской слободы (теперь города Александрова Владимирской губернии).
Еще прежде сестер Софьи и Марфы Петр постриг жену свою, царицу Евдокию Федоровну. Из известного нам образа жизни Петра с его компаниею, Петра – плотника, шкипера, бомбардира, вождя новой дружины, бросившего дворец, столицу для беспрерывного движения, – из такого образа жизни легко догадаться, что Петр не мог быть хорошим семьянином. Петр женился, т. е. Петра женили 17 лет, женили по старому обычаю, на молодой, красивой женщине, которая могла сначала нравиться. Но теремная воспитанница не имела никакого нравственного влияния на молодого богатыря, который рвался в совершенно иной мир; Евдокия Федоровна не могла за ним следовать и была постоянно покидаема для любимых потех. Отлучка производила охлаждение, жалобы на разлуку раздражали. Но этого мало; Петр повадился в Немецкую слободу, где увидал первую красавицу слободы, очаровательную Анну Монс, дочь виноторговца. Легко понять, как должна была проигрывать в глазах Петра бедная Евдокия Федоровна в сравнении с развязною немкою, привыкшею к обществу мужчин, как претили ему приветствия вроде: лапушка мой, Петр Алексеевич! – в сравнении с любезностями цивилизованной мещанки. Но легко понять также, как должна была смотреть Евдокия Федоровна на эти потехи мужа, как раздражали Петра справедливые жалобы жены и как сильно становилось стремление не видать жены, чтоб не слыхать ее жалоб. Опостылела жена; должны были опостылеть и ее родственники Лопухины, и Льву Кирилловичу Нарышкину легко было избавиться от соперников: мы видели, какие страшные слухи ходили по Москве об участи самого видного из Лопухиных. А всему виною проклятые немцы, проклятый Лефорт, которому вместе с Плещеевым приписывали доставление Петру развлечений, особенно неприятных царице. И вот у Лопухиных к Лефорту ненависть страшная. Рассказывают, что однажды за обедом у Лефорта один из Лопухиных побранился с хозяином, кинулся на него и помял прическу, а Петр за это надавал пощечин Лопухину. Перед отъездом Петра за границу, когда удаляли из Москвы всех ненадежных людей, удалены были и отец царицы с двумя братьями: «Марта в 23 день великий государь указал быть в городах на воеводствах: на Тотме боярину Федору Авраамовичу, на Чаронде боярину Василию Авраамовичу да с ним племяннику его стольнику Алексею Андрееву сыну, в Вязьме стольнику Сергею Авраамову сыну Лопухиным, и с Москвы в те городы ехать им вскоре». После всего этого Петру, разумеется, не хотелось возвратиться из-за границы в Москву и застать здесь подле сына постылую Евдокию. Женившись по старине, Петр задумал и избавиться от жены по старому русскому обычаю: уговорить нелюбимую постричься, а не согласится – постричь и насильно. Из Лондона он писал Нарышкину, Стрешневу и духовнику Евдокии, чтоб они уговорили ее добровольно постричься. Стрешнев отвечал, что она упрямится, а духовник – человек малословный, и что надобно ему письмом подновить.