Самойлович писал Голицыну, что, отправляя в Киев Мазепу с товарищами, он дал им наказ ни под каким видом не объявлять, кого желает гетман в митрополиты, а только прислушиваться, к кому будет духовенство желательно и кого изберут – этого избрания не разорять. Но и без внушений Мазепы было известно, что гетман желает видеть митрополитом Гедеона Четвертинского, а не Лазаря Барановича, с которым у него были нелады. Лазарь сам не поехал в Киев на митрополичьи выборы и не послал никого из знатного духовенства своей епархии. Это обстоятельство сначала сильно мешало выборам; мешало и новое условие, при котором совершались выборы, – переход от константинопольского патриарха к московскому, так что многие «обретались, аки в растерзании ума», по словам Самойловича; наконец, избирателей смущали слухи из Белгородской епархии, рассказывали, что там митрополичьи чиновники сильно угнетают белое духовенство поборами, бьют священников на правеже, наказывают телесно, вводятся новые московские обычаи, велят при крещении окунать, а не обливать, отчего непривыкшие попы много младенцев потопили. Несмотря на эти помешки, дело сладилось, и 8 июля 1685 года был избран единогласно Гедеон, князь Святополк-Четвертинский. Уведомляя об этом счастливом событии царей, гетман просил, чтоб: 1) все древние права и вольности малороссийского духовенства оставались неприкосновенными; 2) чтоб киевская митрополия считалась первою между русскими митрополиями; 3) уговорить константинопольского патриарха, чтоб уступил права свои на киевскую митрополию патриарху московскому; 4) за киевским митрополитом оставить звание экзарха константинопольского патриаршества, чтоб православные епископы в польских владениях не избрали особого митрополита с титулом экзарха, что может заставить весь народ приклониться к этому новому митрополиту; 5) чтоб московский патриарх поставлял и благословлял митрополита киевского, но в суды его не вступался, как не вступался в них и патриарх константинопольский; 6) чтоб киевский митрополит носил митру со стоячим крестом и чтоб в его епархии перед ним носили крест; 7) чтоб в Киево-Печерской лавре печатались книги по-прежнему, а в монастыре Братском преподавались свободные науки на языках латинском и греческом; 8) все обычаи и отношения духовных властей к митрополиту оставить по старине; по смерти митрополита избрание его преемника должно быть вольное. В Москве согласились на все эти пункты, кроме одного, чтоб киевский митрополит носил титул экзарха константинопольского патриарха, ибо здесь заключалась явная несообразность: киевский митрополит будет подчинен одному патриарху и в то же время будет называться наместником другого! Осенью того же года новоизбранный митрополит приехал в Москву и был 8 ноября посвящен патриархом Иоакимом.
Дело было кончено, но для многих оно могло казаться неконченным; таким казалось оно и гетману Самойловичу, который боялся, что константинопольский патриарх проклянет его и всех малороссиян за отпадение от его ведомства, и не переставал упрашивать царей, чтоб они выхлопотали в Константинополе позволение киевскому митрополиту перейти в ведомство московского патриарха. Еще в конце 1684 года грек Захарий Софир был послан за этим в Константинополь к патриарху Иакову; но патриарх отвечал, что теперь у них смутное время, ничего нельзя сделать; визирь при смерти, и неизвестно, кто будет на его месте. Болезнь великого визиря, разумеется, не могла остановить дела воссоединения русской церкви, и, когда уже Гедеон был посвящен в Москве, в конце 1685 года отправились в Турцию подьячий Никита Алексеев и гетманский посланец Лисица – к султану с жалобою на перезыв людей с восточной стороны Днепра на западную, к патриарху по делу о киевской митрополии. В Адрианополе, где находился тогда султан, явился к Алексееву грек Юрий Мецевит и объявил: «Когда был у патриарха грек Софир с грамотою великих государей о киевской митрополии, то я говорил святейшему, чтоб послал отпустительную грамоту о переходе киевской митрополии к московскому патриарху. Патриарх мне отвечал: без совета с другими патриархами и без созвания своей епархии митрополитов не могу этого сделать, боюсь визиря; если стану собирать митрополитов и узнает об этом визирь и спросит, в чем дело, то мне как ему не объявить? А если мне одному решить это дело, то мое отпущение не будет иметь никакой силы; да и визирь, если об этом узнает, велит мне голову отсечь, и я без визирского указа за это дело не примусь. Я, – продолжал Юрий, – писал об этом к князю Вас. Вас. Голицыну, и если у тебя есть указ царский, то домогайся у визиря, чтоб он приказал патриарху начинать дело».