Неослабная внимательность правительства нужна была и относительно козацких украйн Европейской России на Дону и на Днепре.
Мы видели, что козаки-раскольники ушли с Дона к шевкалу и враждебно действовали против своей родины. Осенью 1696 года 27 из них встосковались по ней, тайком ночью ушли от шевкала на Терек, откуда воевода отправил их в Астрахань; в числе их было шесть человек с женами и детьми, два монаха и две монахини.
Государь велел сказать им указ: «Вы, забыв бога, великому государю изменили, ушли с Дону к шевкалу, выходили на море для воровства и под Тереком всяких людей разбивали, грабили и убивали за такое воровство и измену довелись вы смертной казни; но великий государь вины ваши велел вам отдать и отпустить всех с же нами и детьми на Дон по-прежнему».
Но главная беда была не от тех, которые бежали с Дона, а от тех которые бежали на Дон.
Еще в 1690 году стольники, стряпчие, дворяне московские жильцы рязанские, шацкие, ряжские помещики и дворяне городовые, рязанцы, мещеряне, ряшане, копейщики, рейтары и дети боярские, мурзы, татары и солдаты выборных полков подали подписную челобитную: «Бегают от нас люди и крестьяне с женами и с детьми на Дон, и на Хопер, и на Медведицу беспрестанно многие села и деревни запустошили, домы, животы, лошадей и всякую рухлядь без нас, как мы бываем на службах и в отъездах грабят, остальных людей и крестьян наших подговаривают, жен и детей наших в избах и хоромах заваливают колодами, детей наших режут и побивают до смерти и в воду, ругаясь, сажают. Теперь мы от этого побегу разорены без остатка, а государевой службы отбыли и за этих беглых задворных людей и крестьян платим ямские и рублевые деньги и стрелецкий хлеб и делаем городовые поделки». В том же году Алексей Мосолов бил челом, что, когда был он в крымском походе, беглые его люди, пришедши с Дона, разрезали на куски шестилетнего сына его и бросили в воду, именье разорили без остатка.
Вследствие этих челобитен сделан был допрос атаманам; те отвечали: «Беглые люди из дворцовых волостей и помещичьи и посадские из украинных городов приходят с женами и детьми на Дон. на Хопер и на Медведицу и живут по своей воле, а пропускают их из украинских городов воеводы и приказные люди из взяток, а если б они не пропускали, то не только с женами и детьми, и одному пройти было бы нельзя». Пошли к украинским воеводам и приказным людям государевы грамоты с великим подкреплением, чтоб беглых людей не пропускали за черту, поделали заставы; на Дон пошла грамота, чтоб козаки вперед к себе беглых людей на реку не принимали, и старых посельщиков велено им сбить и выслать на прежнее жилище; воров и убийц крестьян Мосолова велено сыскать и выслать на Коротояк.
Но как готовы были козаки выдавать беглых – видно из следующего: в конце 1697 года калмыцкий тайша Мункотемир дал знать царицынскому воеводе, что от него бежали на Дон в Паншин городок улусники его, 25 кибиток. Воевода послал сказать паншинскому атаману, чтоб выдал беглых по прежнему царскому указу которым под смертною казнию запрещено было принимать калмыков, чтоб не было никаких задоров и ссор с тайшами. Козаки отвечали воеводскому посланцу: «Калмыцких выходцев не отдадим и отдать нам их нельзя, и вперед их принимать станем; к нам писано из войскового Черкасского городка, чтоб таких уходцев принимать, от погонщиков и от всяких людей оберегать и в обиду никому не давать; царский указ прислан на Царицын к воеводе, а не к нам, у нас такого указа нет, а царицынскому воеводе мы не послушны; и если калмыки придут к нам за своими уходцами войною, то мы их не отдадим и драться за них станем».
Начиналась усиленная работа, усиленная служба; но многие не хотели усиленно работать и служить, и побеги на Дон усиливаются. В продолжение 95, 96, 97, 98 и 99-го годов воеводы и приказные люди белгородского и севского полков доносят, что полковые, городовые, всяких чинов служилые и жилецкие люди, их дети, свойственники и крепостные люди и крестьяне, не хотя служить государевой службы и податей платить, не хотя быть у строенья морских судов, у стругового дела, у лесной работы, в кормщиках, гребцах, на плотах, бегут в донецкие козачьи городки; в 1699 году из одного Воронежского уезда бежало около 330 дворов. Опять грамота на Дон – беглых не принимать, а старых уходцев сыскать и доставить на прежние места жительства на своих козачьих подводах, потому что «вы тех беглецов принимали без нашего указа».