Но не хотели довольствоваться одною борьбой с Малороссийскою коллегией в Малороссии, написали две челобитные и отправили с ними в Петербург канцеляриста Ивана Романовича. 10 ноября 1723 года, когда Петр выходил из церкви св. Троицы, Романович подал ему челобитные. Государь пошел в светлицы (дом, называемый Четыре Фрегата) и там распечатал полученные бумаги, а между тем Полуботок, Савич и Черныш вместе со многими другими малороссиянами стояли у дома, дожидаясь, что скажет им Петр по выходе. Но они не дождались его: найдя в бумагах «неосновательные и противные прошения», государь велел взять за арест Романовича, старшину и всех малороссиян, бывших в Петербурге, и захватить их бумаги, как находившиеся при них в Петербурге, так и в домах их в Малороссии, что должен был сделать Румянцев. В этих бумагах найдена была черновая промемория отправлявшемуся в Малороссию посланцу насчет ответов Румянцеву. 15 декабря старшине был сделан допрос: «От кого уведомились вы о посылке г. Румянцева в Малороссию и о содержании его комиссии? В вашей промемории написано: „Предложить господам правителям, что если они претерпели и претерпевают поношения и укоризны от бригадира Вельяминова, то писали бы жалобу в Сенат – так советуют лица высокие; кто эти люди?“ Старшина отвечала: „Промемория сочинена по общему их совету и согласию старшим канцеляристом Николаем Ханенком; узнали они через румянцевского бандуриста, что Румянцев посылается для розыску о коллегии, хотят ли ее и полковников русских, а Петр Андреевич Толстой с приезду их в августе-месяце объявлял, что для розыску в обидах и взятках пошлется в Малую Россию особа. О совете высоких особ канцелярист написал сам, а не по их приказу“».
Но потом старшина объявила, что узнала о поездке Румянцева не от бандуриста, а от подкупленных ею подьячих, вследствие чего Петр в январе 1724 года дал указ господам Сенату: «Самим вам ведомо, что секретные дела вынесены от подьячих черкасам, и зело удивительно, что как ординарные, так и секретные дела в Сенате по повытьям: того ради, получа сие, учините по примеру Иностранной коллегии, чтоб секретные дела были особливо у надежных людей, что впредь такого скаредства не учинилось». Между тем Румянцев дал знать из Малороссии, что, согласно инструкции из Петербурга, от старшины из генеральной канцелярии разосланы по городам внушительные письма; дал знать, что в Малороссии известно о тайных делах, делавшихся в Петербурге, что в захваченных им бумагах мало сыскано относящегося к делу. Петр отвечал ему: «Которые (люди) из канцелярии писали пункты по городам научительные и прочие к тому делу, кто в важности явился, пришли сюды немедленно, также и писаря Валкевича, а на их место выберете добрых людей, которые к нынешнему их делу не приставали и желали быть коллегии. Что же пишешь, что они про все дела, которые тайно деланы, ведают, и то здесь сыскано таким образом: когда взяты за арест, то найдены в письмах их копии, о которых сказали, что давали им подьячие из Сената, которых нашлось трое и винились. Что же в цыдуле пишешь, что мало сыскалось, и то, конечно, утаено, понеже в черных их письмах найдено, что они писали в домы свои, чтоб убирались: того ради можете постращать домашних их; також надлежит публиковать, кто их пожитки скажет, дать довольную часть из оных; какое доношение Валкевич подал на Полуботка и прочих, такие сысканы здесь в черных их письмах; прочее чините по указу, а что сделали, тем мы довольны. Оставьте место нарочитое уряда Даниле Забеле, который прежде доносил на старшину, которое тогда не поверено, а ныне все сбылось, и оный впредь отправится на Украйну по окончании розыску». Через несколько дней другое письмо: «В прошлом году писал сюда черниговский архиерей к псковскому архиерею, что в доме у него Борковский говорил при свидетелях о переписках от Полуботка с Орликом, и по тому письму послан был указ к губернатору киевскому из Тайной канцелярии, дабы розыскал о том, и оный губернатор прислал сюды розыск, в котором не найдено конца, а может быть, что и есть подлинно известие о том деле, да за страхом от Полуботка не объявляют правды, а понеже он, Полуботок, и прочие ныне здесь явились в великих преступлениях, того для по приложенной при сем росписи збери тех людей, которые в розыску были, и обнадежь их, чтоб они безо всякой опасности ехали сюды для обличения Полуботка, и отправь их сюды не за арестом, но токмо с офицером для провожания»
Дело Полуботка с товарищами отдано было в Вышний суд. Прежде всего они были спрошены, зачем без согласия Вельяминова разослали универсалы устрашительные для простого народа. Они отвечали, что от самого Вельяминова запрещения не слыхали, и в свою очередь жаловались на бригадира, что он послал во все полки с офицерами универсал, чтоб подданные своих владельцев и старшин ни в чем не боялись, шли бы с челобитьем на них в коллегию, и по тем универсалам от подданных начались к владельцам и старшинам противности: владельца Забелу побили и волосы выдрали, старосту села Погребков били смертным боем. Второе обвинение: когда у них бывают советы о важных делах, тогда они должны давать знать Вельяминову, которому надобно присутствовать при таких советах, но они ему об них не объявляли. На это был уклончивый ответ, что важные дела случаются у них не часто. Третье обвинение: кроме генерального суда в Глухове собственный суд учредили, не объявив об этом Вельяминову. На это отвечали, что объявляли, и он сказал «хорошо». Но по следствию в Малороссии оказалось, что челобитная, поданная Полуботком, Савичем и Чернышом от имени всего малороссийского народа, этому народу неизвестна, что Полуботок с товарищами принудил некоторую старшину, бывшую в Глухове, приложить руки к белому листу, на котором после написал челобитную, чтоб Малороссийской коллегии не быть, а вместо нее быть генеральному суду из семи особ. Полуботок с товарищами объясняли дело так, что первая челобитная написана была у них в Глухове малороссийским письмом, к которой и руки были приложены, а на бланкете прикладывали руки для того, чтоб челобитную переписать письмом великорусским, что и было сделано ими по приезде в Петербург; но они признались, что внесли в челобитную без ведома рукоприкладывателей пункт о генеральном суде из семи особ. Всех полков полковая старшина, сотники, бунчуковые товарищи и от каждого полка по нескольку сот козаков единогласно отвечали перед Румянцевым и засвитедельствовали протестациями за своими руками, что они об этой челобитной не знают, а подавали челобитные о сбавке с них положенных сборов. На очной ставке с Лаговичем Полуботок, Савич и Черныш признались, что давали ему упомянутую выше инструкцию. Старосенжаровские жители показали на сотника своего Выблого, что он уговаривал их требовать единогласно отмены Малороссийской коллегии и сборов. Узнано было, что когда в Малороссии узнали об аресте Полуботка, то домовая его служанка Марья сожгла его письма, что отставной кат (палач) Игнатов вместе со вдовою Натальею Кривкою ворожили, чтоб быть Полуботку гетманом, что по приказанию Полуботка убита была краморка Марья Матвеиха; кат Игнатов объявил, что Полуботок приказывал ему убить значкового козака Загоровского и других людей, чтоб на него не доносили; стародубские мещане подали жалобу на Полуботка, что пограбил у них деньги. Попался и Апостол: наказной полковник Шемет не давал жалованья козакам, бывшим в Персидском походе и оставленным за болезнями в Терском городке; на эти деньги куплены были для Апостола верблюд и пять лошадей. Петру дали знать также, что Полуботок с товарищами посылал письмо в Запорожье; это особенно было для него важно, что видно из письма его к Румянцеву от 14 марта 1724 года: «Потщитесь послать кого в Запорожье (а лучше б из таких, которые гораздо озлоблены от старшин), дабы то письмо достать, которое писала старшин к ним, и денег можете за то употребить до 5000 из взятых старшинских, и, чаю, за сию сумму сие получить можно». Русский резидент в Константинополе Неплюев доносил: «Из Крыма приехал французский консул, который сказывал мне в секрете, что этим годом в разные времена приезжали из Украйны от некоторых козацких командиров, которых татары зовут барабашами, люди к татарскому главному мурзе Жантемир-бею с жалобами, что у них все прежние привилегии отняты, о чем они били челом в Петербурге, но ничего не успели; поэтому они, украинские жители, желают поддаться под турецкую протекцию, но без помощи турецкой сделать того не могут, потому что на Украйне у них русского войска много. Мурза советовал хану Сайдет-Гирею вступиться в эти козацкие Дела, но хан не согласился, во-первых, потому, что Порта строго наказала ему сохранять дружбу с Россиею, а, во-вторых, особенно потому, что он человек миролюбивый. Петр сам должен был присутствовать в Вышнем суде, потому что Черныш подговорил камергера Чевкина ходатайствовать за них перед императрицею; Чевкин советовал поднести Екатерине в подарок 500 червонцев, завернувши их в бумажку или спрятавши в стакане. Полуботок умер в крепости; судьбу товарищей его увидим в следующее царствование».