В деле Феодосия Феофан псковской подвергся также неприятности. Мы видели, что синодский секретарь Герасим Семенов был привлечен к делу как сторонник Феодосия; Феофан в Синоде назвал его прямо ребелизантом (бунтовщиком), умышлявшим бунт вместе с Феодосием. Герасим Семенов подал доношение, что в начале 1722 года Петр Великий велел в Синоде рассмотреть обвинение на Феофана в неправославии, обвинение, подписанное Стефаном Яворским, Иоанникием и Софронием Лихудами, Феофилактом Лопатинским, Гедеоном Вишневским, Афанасием Кондоиди. В Синоде Лопатинский и Вишневский не отреклись от своего обвинения; но Феодосий явился посредником и уговорил обоих подать доношение, что они в сочинениях Феофана не находят никакого противного мудрования. Герасим Семенов объявлял, что он сам принял дело от графа Мусина-Пушкина, но потом этого дела в синодальном архиве более не видал. Потом Герасим Семенов доносил, что в букваре, сочиненном Феофаном, усмотрел он несколько важных «дубитаций», несколько неправославных мнений; доносил, что Феофан, крича на петропавловского протопопа, зачем он поставил в соборе лишние иконы, сказал: «Так, стало быть, государь – еретик, что он велел поставить столько икон, а протопоп поставил вдвое больше». Но этот донос не имел для Феофана вредных последствий: он получил Новгородскую архиепископию и занял в Синоде место Феодосия. Феодосий вооружался против новых порядков, благодаря которым уменьшались доходы духовенства. Против них вооружился в описываемое время другой архиерей, известный уже нам Георгий Дашков, теперь архиепископ ростовский и член Синода. Георгий подал Екатерине такое доношение: «Яко самому богу, так и вашему величеству служу верно; для того не могу умолчать, чтобы не донесть вашему величеству, ибо происходит относительно духовенства такой беспорядок, какого искони не бывало. У архиереев и монастырей с церквей сборы и деревни отнимают и определяют на вновь учрежденных правителей, на приказных, на иностранцев, на гошпитали, на богадельни, на нищих. И то правда, что церковное имение нищих – имение для государственной славы; но, как видно, судей и приказных не накормить, иностранцев не наградить, а богаделен и нищих не обогатить, домы же архиерейские и монастыри, в иных местах и церкви чуть не богадельнями стали; архиереи и прочие духовные бродят, как, бывало, иностранцы или еще хуже, ибо служителей и потребного к церковной службе в достаточном количестве не имеют и приходят в нищенское состояние; а деревенские священники и хуже нищих, потому что многих из податных денег на правежах бьют и оплатиться не могут. Того б надлежало рассмотреть, чтоб было к государственной пользе, но только то затмилось».
Мы видели, что в Верховном тайном совете сочли нужным отменить запрещение ходить духовенству со святынею по домам прихожан, и отмена этого федосовского запрещения, разумеется, облегчала действительно жалкое состояние деревенских священников. Что же касается архиерейских домов и монастырей, то некоторым из них сделано было облегчение насчет синодальных членов. Однажды, в самом начале 1727 года, Макаров, пожалованный в тайные советники, пришел в Верховный тайный совет с предложением, что в доношениях от Синода упоминается указ Петра Великого, по которому синодальным членам архиереям из епархий, архимандритам из монастырей присылалось кроме денег съестное, дрова и прочее в зачет определенного им жалованья; указ этот, говорил Макаров, должно уничтожить, потому что архиереи сами себе указ сочинили и толковали в нем, как им было надобно, вопреки указу 17 апреля 1722 года, чтобы указа на указ не выдавать; бывший новгородский архиерей Феодосий жаловался, что когда синодальные члены из Петербурга в свои епархии приедут, то им келий теплых не дают, и Петр Великий изволил тогда говаривать, чтобы на первое время для приезду архиерейского и архимандричья давать пищу, а не в таком смысле указ императора был, как архиереи сами собою сделали да сами ж и подписались; указ объявлен в Синоде архиереями Феофаном и Феофилактом, они же к записному указу и подписались. Члены Совета единогласно положили указ отменить, получать синодальным членам только одно жалованье, а из епархий к себе в Петербург нич, его отнюдь не брать. В самом же начале 1727 года императрица в указе Верховному тайному совету говорила: «При учинении регламента Верховному тайному совету от нас повелено было о синодском правлении сочинить особливое мнение на доношение нам, а оные синодские и духовные дела известным образом в весьма слабом порядке находятся; того ради такожде потребно, дабы члены Верховного тайного совета и члены синодальные каждой особливо о сих синодских и духовных делах и как оные впредь наилучшим образом содержаны и отправлены быть могут свое мнение, как скоро возможно, письменно сочинил и оное нам подал, и понеже оные синодские и духовные дела так важны и весьма нужны, что надлежит без всякого упущения времени надлежащее определение об них учинить, того ради оные мнения по крайней мере нам в настоящем январе-месяце подать».