Между тем генерал-прокурору нужно было по приказанию императора выехать из Москвы; его должность должен был исправлять Скорняков-Писарев. Ягужинский написал по этому случаю Петру, что и при нем обычное сенатское несогласие не могло быть сдержано, ссоры и брани становятся все сильнее, а после его отъезда можно опасаться, чтоб партии страсти своей не продолжали; поэтому он, Ягужинский, отъезжая, оставил в Сенате письменное предложение, чтоб партикулярные ссоры и брани оставлены были до возвращения императора. Тут же генерал-прокурор объяснял Петру, что вся ссора пошла из-за почепского дела князя Меншикова, возникшего по жалобе гетмана Скоропадского, что светлейший завел себе к Почепу, которым владел, много лишних людей и земель. Подробнее рассказывал дело Шафиров в письме своем к Петру: «32 года я уже у дел, 25 лет лично известен вашему величеству и до сих пор ни от кого такой обиды и гонения не терпел, как от обер-прокурора Скорнякова-Писарева. Озлобился он на меня за то, что при слушании и сочинении приговора по делу князя Меншикова о размежевании земель почепских не захотел я допустить противного указам вашим. Писарев трудился изо всех сил склонить меня на свою сторону сначала наговорами, потом криком, стращал гневом князя Меншикова, но я остался непреклонным. По указу вашего величества велено было князю Меншикову отдать только то, что ему гетман после Полтавской баталии к Почепу дал; козаков почепских и других велено было из-за караула освободить и быть им по прежним их правам и вольностям, но в сенатском приговоре написано было, что посылается в Малороссию особый чиновник для исследования – принадлежат ли к Почепу сотни и города Баклань и Мглин, о козаках же вовсе умолчено. Увидавши такой неправильно сочиненный приговор, мы обратились к обер-секретарю с вопросом, для чего он позволил себе такую неправильность? Тут вскочил с своего места обер-прокурор и начал вместо обер-секретаря говорить с криком, что так следует написать для ясности и что нам на князя Меншикова посягать не надлежит. Я на то ему отвечал, что говорю с обер-секретарем, а не с ним, а он сам знает, что приговор составлен не так. Он принужден был уступить, и мы их фальшивый приговор почти весь перечернили».
В этом деле Шафиров торжествовал над Скорняковым-Писаревым, вместе торжествовала партия родовитых людей в лице сенаторов Голицына и Долгорукого над Меншиковым; Шафиров, человек худородный, был только орудием. Но при тогдашней общей легкой нравственности в служебных отношениях Шафиров дал возможность врагам своим поправиться и действовать на него наступательно: он позволил себе употребить свое сенаторское влияние для того, чтоб брату его, Михайле, было выдано лишнее жалованье при переходе из одной службы в другую. В другое время, при других отношениях, дело могло легко сойти с рук, но теперь за Шафировым смотрели самые зоркие глаза – глаза врагов. Скорняков-Писарев протестовал против незаконности дела; Шафиров должен был защищаться, а защищаться было крайне трудно, надобно было прибегать к отчаянным средствам: так, он требовал справиться, сделан ли вычет из жалованья у иноземцев, которые отпущены из службы, желая подвести своего брата под разряд иноземцев. Но обер-прокурор отвечал на эту натяжку: «Михайла Шафиров не иноземец, но жидовской природы, холопа боярского, прозванием Шаюшки, сын, а отец Шаюшкин был в Орше у школьника шафором, которого родственник и ныне обретается в Орше, жид Зелман». Шафиров возражал: «Его величество сам отца моего знать и жаловать изволил, и ни у кого он в кабальном холопстве не был, но хотя в малых самых летах пленен, однако еще при царе Федоре Алексеевиче в чин дворянский произведен, в котором и живот скончал». Скорняков писал: «Отец Шафирова служил в доме боярина Богдана Хитрово, а по смерти его сидел в шелковом ряду в лавке, и о том многие московские жители помнят».