Для решения дела ждали возвращения государя из персидского похода. 9 января 1723 года Петр прислал указ господам Сенату: «Доносили нам письменно в дороге, возвращающемуся из Персии, обер-прокурор Писарев на барона Шафирова, что он, когда дело его слушали о почте, вон по указу не вышел и назвал его вором, также и в иных делах противных; а барон Шафиров на него писал (и на некоторых из Сенату), что делает по страстям противно указу, которое дело ныне буду розыскивать, что надлежало б чинить в Сенате. Но понеже оба объявили противных себе в Сенате: Шафиров двух – князя Меншикова и графа Головкина, а Писарев глухо – Шафировых друзей, которому велите именовать, дабы с обеих сторон противным их в сем розыску не быть. Також объявить им, чтоб при том розыску как в доношениях, так и в ответах все писали или говорили о материи одной, о которой доносить или ответствовать будут на один токмо тот пункт, о чем спрашивают, а о другой бы материи отнюдь бы не упоминали под жестоким осуждением. И ежели что им каждому для оправдания какие списки из каких дел понадобятся, давали безвозбранно». Спрошенный по этому указу Писарев отвел князей Григория Федоровича Долгорукого и Дмитрия Михайловича Голицына. Суд, названный Вышним, был назначен из сенаторов Брюса, Мусина-Пушкина и Матвеева, из генералов Бутурлина, Головина, Дмитриева-Мамонова, бригадира Воейкова, полковника Блеклого, гвардейских капитанов Бредихина и Баскакова. Князья Долгорукий и Голицын, как свидетели, показывали в пользу Шафирова, но Меншиков, Брюс, Головкин, Мусин-Пушкин и Матвеев показывали в пользу Скорнякова-Писарева, против Шафирова. Долгорукий и Голицын из свидетелей сделались подсудимыми, ибо они вдвоем подписали указ о выдаче лишнего жалованья Михайле Шафирову и утверждали, что Шафиров мог оставаться в Сенате во время слушания и рассуждения о его деле. Шафиров, видя, что оправдан быть не может, написал письмо государю: «Припадая к стопам ног вашего императорского величества, слезно прошу прощения и помилования в преступлении моем, понеже я признаю, что прогневил ваше величество своим дерзновением в том, что по высылке обер-прокурора из Сената не вышел, також что дерзнул я по вопросу приказать приписать Кирееву (секретарю) в приговор брата своего о выдаче ему жалованья на третью треть по указу, разумея то, когда о той выдаче указ повелевает, и в том преступлении своем не могу пред вашим величеством никакого оправдания принесть, но молю покрыть то мое беззаконие кровом милости своея, понеже клянусь вышним, что учинил то бесхитростно. Помилуй меня, сирого и никого помощника, кроме вашего величества, неимущего». Князь Голицын написал: «Про указ о высылке судей при слушании дел о родственниках их ведал и говорил только с господами сенаторами разговором, и то сущею своею простотою, а не против указу, и в том прошу вашего императорского величества милостивого прощения». Князь Долгорукий отвечал, что про указ, что при слушании дел сродникам не быть, аккуратно и памятно он истинно не слыхал, понеже оный указ состоялся без него, а если б он о том указе обстоятельно был сведом, то б было ему и самому в пользу, понеже по причине свойства с бароном Шафировым мог бы он в слушанье о почтовом деле выписки вон выйти и тем всех трудностей избыть, да и другие сенаторы Шафирова вон не высылали. Однако он, князь Долгорукий, сие объявляет не для оправдания своего, понеже должно быть ему те указы обстоятельно ведать, и в том просит от его величества милостивого прощения, дабы напомнены были прежние его рабские службы.