Феофан Прокопович упоминает об обер-прокуроре синодальном. 11 мая 1722 года государь указал Сенату: «В Синод выбрать из офицеров доброго человека, чтоб имел смелость и мог управления синодского дела знать и быть ему обер-прокурором, и дать ему инструкцию, применяясь конструкции генерал-прокурора». Выбран полковник Болтин. Подчиненные Синоду приказы были: 1) духовная дикастерия в Москве, где управителем был синодальный советник архиепископ крутицкий, асессорами – три архимандрита; 2) Монастырский приказ, где управителем был судья, при нем советник и два асессора – все светские; 3) Приказ церковных дел, где был судья архимандрит и при нем игумен; 4) Канцелярия розыскных раскольничьих дел. При Сенате находился духовного Синода агент. Члены Синода нередко призывались в Сенат для общих совещаний, секретных и несекретных. Иногда при этих заседаниях присутствовал сам государь. Так было 12 апреля 1722 года, когда было рассуждаемо и постановлено: когда кто сговорит для вступления в брак, то отцов и матерей жениха и невесты приводить к присяге, что брак заключается по согласию их детей; из нижних чинов люди дают эту присягу при священниках и судьях светских, а знатные – при синодальных членах и архиереях. В домах господских церквей строить не позволять; в монастырях церквам быть одной соборной, другой – теплой, третьей – больничной, чтобы больше служб не было, а прочие церкви оставить разве для праздников годовых. При этом новгородский архиерей Феодосий предлагал, что больше трех церквей не нужно, потому что иконостасы, церковные уборы и кровли тратятся. Больных солдат, которые посланы будут в монастыри, причитать вместо убылых старцев и содержать их в монастырях, а кто в монастырях жить не захочет, тем корму не давать. Меншиков заметил, что этого нельзя сделать, потому что многие больные имеют жен. В этом же заседании определено было принять энергические меры для поддержания православия в польских областях, именно Феодосий новгородский предложил об утеснениях православным в Могилеве; Петр отвечал, что надобно туда определить комиссара для наблюдения, и если гонение не уймется, то с гонителями надобно управиться, как пристойно; в то место, где православные, послать резидента, который должен купить двор и построить для православных церковь. Постановлено также: в монастырях и церквах надгробные камни опустить в землю и надписать наверху их, кто погребен, и который камень останется, употребить на мощение и починку церквей. В монастырях женских сделать госпитали и перевесть женские монастыри туда, где каменные ограды. Тут же Синод предложил: раскольникам носить платье, как и бородачам, старинное, кроме красных цветов, потому что при том Платье для признаку раскольники должны носить красные козыри. Государь согласился на это предложение.