Главными обязанностями новоучрежденного Синода, по мысли учредителя, были: устройство духовенства, преимущественно черного, противодействие расколу, преследование суеверий и распространение религиозно-нравственного просвещения в народе.
Мы видели, что древняя Россия передала новой монашество в самом неудовлетворительном положении, резко засвидетельствованном церковным и гражданским правительствами. Меры, принятые преобразователем для исправления зла, не имели успеха, только ярче выказали зло; они возбудили сильную вражду к преобразователю, который, разумеется, отвечал тем же чувством. От 1722 года осталось написанное рукою Петра толкование заповедей; на одной стороне написаны заповеди, на другой – какие грехи противны тому. Против 1-й заповеди написано: «Идолопоклонники и атеисты». Против 2-й: «Кто страха божия не имеет и все почитает легко, другие – от незнания учения». Против 3-й – Те ж, о которых во втором пункте писано, и презорцы и ленивые. Против 4-й – То ж, что во 2-м и 3-м. 5-й – Разбойники и им подобные, 6-й – Есть от тех же страха божия неимущих, есть от нужды, есть от великого вожделения, 7-й – Тати. 8-й – Бездушники. 9-й – Ябедники, 10-й – «Они ж. Описав все грехи против заповедей, един токмо нахожу грех лицемерия или ханжества необретающийся, чего для? Того ради, понеже заповеди суть разны и преступления разны против каждой, сей же грех все вышеписанные в себе содержит. Против первой грех есть атеиство (атеизм), которое в ханжах есть фундаментом, ибо первое их дело – сказывать видения, повеления от бога и чудеса все вымышленные; и когда сами они вымыслили, то ведают уже, что не бог то делал, но они; какая же вера в оных, а когда оной нет, то суть истинные атеисты. Против второй страха божия неимущие, понеже когда лгут на бога, какой уже страх божий в них обрестися может? Против третьей: сия равна второй, к тому ж прилагается: святи его, сиречь молися; молитва же от ханжей приятна ли богу, которая во лживых чудесах и фарисейских местах и атеистовскою совестью исполнена. Против четвертой: может быть, что натуральных отцов некоторые и почитают (но сие на удачу), но пастырей, иже суть вторые по натуральных отцы от бога определены, как почитают? Когда первое их мастерство в том, чтобы по последней мере их обмануть, а вяще тщатся бедство им приключить подчиненных пастырей оболганием у вышних, и вышних всеянием в народ хульных про оных слов, подвизая их к бунту, как многих головы на кольях свидетельствуют. Против пятой: который на свете разбойник только может людей погубить, как заводчик бунта, и все то чинят образом святыни, под видом агнца, прикрытые его кожей. На шестую: как бы мог муж незнакомого человека к жене допустить, и особливо бодрого и хорошего, а ханжу, еще и под руку приняв, отведет для благословения и пророчества, и, провожая назад, руки выцелует, и накланяется, считая за великую себе добродетель (что такого адского сына в свояки себе принял). На седьмую: не токмо одною рукой, но духом и обоими все крадут. На восьмую: в сем их и мастерство состоит, как выше писано. На девятую и десятую: сие все без разбору, понеже чем бы им питаться как следует? Скажут, что явилась икона где в лесу или на ином месте и явление было, чтоб на том месте монастырь сделать или пустыню, а монастырю без деревень быть нельзя, как недавно такое дело было в Преображенском, что два крестьянина пришли и сказали такое явление, чтоб построить монастырь и господина их деревню тут отдать. И тако сей грех все в себе содержит, а из грехов прочих не каждый может, например коли б разбойник стал ханжить, кто б его в артель принял? Когда б из шумниц (пьяниц) кто пришел на кабак святым образом и не стал бы пить и шалить с ними, все б от него побежали; когда б охотник молодой до Венуса пришел бы в компанию девиц в ханжеском образе, то ни у одной бы дружбы не сыскал. Когда б тать так себя учинил, товарищей бы не нашел, понеже чаяли б, что их искушает. Наконец, Христос Спаситель ничего апостолам своим боятися не велел, а сего весма велел: блюдитеся, рече, от кваса фарисейского, еже есть лицемерие».
Петр велел доставить точные ведомости о числе монахов и монахинь и обдумывал меры, как бы ограничить число их и оставшимся дать достойную деятельность. Оказалось во всех епархиях монахов 14534 человека, монахинь – 10673, всего – 25207. В ноябре 1722 года была конференция у сенаторов с синодальными членами о прокормлении отставных офицеров и солдат в монастырях; архиепископ новгородский говорил, что их довольствовать в Синоде не из чего; господа Сенат рассуждали, чтоб их довольствовать из выбылых монашеских окладов и из сбору с раскольников; синодальные члены говорили, что эти сборы определены уже на канцелярских служителей; определили доложить государю. Тут же Феодосий новгородский поднял вопрос: следует ли постригать молодых людей в монахи? Когда эти мнения были доложены государю, то в январе 1723 года издан был указ: «Впредь отнюдь никого не постригать, и, сколько из обретающегося ныне числа оных монахов и монахинь будет убывать, о том в Синод репортовать повсемесячно, и на те убылые места определять отставных солдат».