В Могилеве Рудаковский продолжал свою комиссию. От 24 февраля 1725 года он написал еще на имя Петра любопытное донесение: «В здешних краях от злоковарственных и злозамышляющих врагов побликуются сердце и утробу мою проникающие ведомости, что будто ваше императорское величество соизволил переселитися в небесные чертоги, чему я, раб ваш, не имея известия от двора вашего величества, весьма веры дать не могу. Слыша об этом, мухи мертвые нос поднимать начинают, думают, что Русская империя уже погибла, всюду радость, стрельба и попойки, и мне от их похвальбы из Могилева выезжать нельзя, да и в Могилеве жизнь моя небезопасна». Известие о спокойном воцарении Екатерины вывело Рудаковского из тяжелого положения: он поднял голову в свою очередь и начал толковать, что новая императрица не оставит в сиротстве церковь восточную, но будет всеми силами ее оборонять, как единая благочестивая государыня и протекторка святого благочестия. Донося о слухе, что будет война между Польшею и протестантскими державами по поводу торнского дела, Рудаковский писал: «Смеху достойна отвага здешнего народа, у которого нет ни денег, ни магазинов, ни войска, ни пушек, ни мелкого оружия, который надеется на одни свои сабли, да и те уже очень позаржавели; правда, мелкая шляхта сядет на коней, но не для сопротивления неприятелям, а только для грабежа и разорения своего отечества. Если этот огонь загорится, то ни я, ни князь Четвертинский, епископ белорусский, не можем оставаться здесь спокойно; да хотя бы огонь и не загорелся, то мне без отряда русских воинских людей оставаться здесь нельзя, потому что многие из шляхты присягнули лишить меня жизни; особенно враждебен мне за мою горячность к восточной церкви шляхтич Петр Свяцкий».
Страх перед последствиями торнского дела был выгоден для православных, которых теперь на время оставили в покое.
В апреле 1725 года Рудаковский был вызван в Петербург, по какому случаю канцлер писал епископу Сильвестру, князю Четвертинскому, чтоб он не сомневался относительно этого вызова: императрица не оставит православных без защиты, и как скоро Рудаковский даст отчет о подлинном состоянии православных в Польше, то или он возвратится, или кто-нибудь другой будет отправлен на его место. В ответ на уведомление канцлера Четвертинский писал сам императрице: «Отзыв Рудаковского сильно опечалил церковь божию и меня с православными, как корабельщиков на море при усилившихся жестоких ветрах. Слезно прошу, да изволите подать руку помощи мне, окруженному отовсюду смертными злоключениями, и немедленно отправить к нам какую-нибудь особу, дабы заступал нас, как господин комиссар, здесь обретавшийся, или его же самого, потому что он знает здешний край и его обычаи, стоял за правду и не молчал против врагов наших».
Опасения епископа не были напрасны. В июне он писал императрице: «По отъезде комиссара из Могилева двоих служителей моих посадили в тюрьму безо всякой причины, оковали им руки и ноги, стоящих к стене за шею приковали и шесть недель голодом морят; боясь такой же беды, прочие духовные и мирские люди разбежались, оставя меня с одним священником. Если не прислан будет скоро комиссар, то принужден буду оставить церковное правление. Тем сильнее действуют иезуиты на могилевских мещан, которые не надеются больше на русское покровительство. Также недавно прислали ко мне мещане бешенковицкие с жалобою, что православный священник от них изгнан и скоро они принуждены будут сделаться униатами. Виленский бискуп Чернявский постановил, чтоб церкви православные не строились выше школ жидовских; в Орше запрещено строить каменные церкви, а частные обиды делаются православным каждый день».
Но в то же время пришел в Синод донос на Сильвестра из полоцкого Богоявленского монастыря, вследствие чего Синод отправил к нему такое послание: «Радуемся духовно о вашем благочестии, в котором белорусская епархия в том же с великороссийскою и всею восточною церковию соединении непоколебимо пребывает. О сем радуемся, яко о общем нашем и вашем спасении. Не беспечални же есмы, слышаще о других делах твоих, неприличных православному епископу, а именно: будто ты, господин епископ, не по бозе и не по доброй совести, но по властолюбию православные монастыри, не подлежащие твоей власти, вооруженною силою наезжая, под власть свою подбиваешь и по сребролюбию своему грабишь, противящихся озлобляешь и убиваешь и своего, похищенного тобою просящих предаешь анафеме и прочая и прочая. Аще убо помянутые непотребные дела в тебе обретаются, господин епископ, престани по доброжелательному нашему совету оными славитися себе на бесчестие: не простирай насильно власти твоея за пределы епархии твоея, в монастыри, подлежащие Киевской кафедре; похищенное возврати полоцкому Богоявленскому монастырю по реестру, при сем написанному, и к клятве не буди скор».