Войско должно было действовать и против возмутившихся крестьян. В селе Рогачеве и других селах и деревнях, принадлежавших Никольскому монастырю на Песноше, приписному к Троицко-Сергиевой лавре, крестьяне отказались повиноваться монастырскому начальству, посланного усмирить их капитана покололи, солдат прибили, и Сенат распорядился послать штаб-офицера из русских. Этому удалось усмирить крестьян, которые объявили, что причиною неповиновения был слух, будто крестьяне приписных монастырей объявлены свободными. В другом месте, в псковской Велейской вотчине графини Анны Бестужевой, крестьяне самовольно выбрали себе управителя Трофимова, а прежнего управителя, Залевского, выгнали. Усмирять их отправился изо Пскова с командою подполковник Головин, который сначала послал небольшую команду, чтобы схватить самозваного управителя с сообщниками; но крестьяне вышли навстречу в числе 150 человек с ружьями, копьями и бердышами и начали стрелять в солдат; те, отстреливаясь, убили одного крестьянина, шестерых захватили, прочие разбежались. На другой день была отправлена новая команда, которая, подошед к крестьянской толпе, стала было уговаривать ее к сдаче; но крестьяне отвечали выстрелами и ранили одного солдата; солдаты, начавши стрелять, ранили девицу и поймали пять человек, в том числе мать Трофимова; прочие снова разбежались. Схваченные крестьяне объявили, что с ослушниками находится солдат Измайловского полка и производит многие злодейские поступки. На третий день крестьяне в числе 300 человек напали на команду, состоявшую из 126 человек, и убили одного солдата да ранили троих; солдаты начали палить, крестьяне побежали, и поймано их было 22 человека. После этого сопротивление прекратилось, крестьяне начали записываться, что приходят в покорение, и записалось их 731 человек. Управитель со старостою и целовальником сначала скрывались; потом Трофимов был пойман, но ушел из-под караула, скинув оковы, явился в Москву и лично подал просьбу императрице на Головина; Сенат отправил его в Сыскной приказ.
У Синода были свои борьбы.
13 апреля происходило общее заседание обоих правительствующих учреждений, Сената и Синода, по поводу просьбы казанских татар о позволении возобновить сломанные мечети. По справке оказалось, что в Казанской губернии было сломано из 536 мечетей 418, причем казанский архиерей объявил, что ему синодальным указом 1743 года запрещено допускать постройку новых мечетей и построенные после запретительных указов мечети везде велено разобрать. Из Астраханской губернии донесено, что ломать мечети опасно: магометане, старые подданные, могут разбрестись, а у других охота к выходу в Россию отнимется. Приказали: мечети сломать и вновь не строить в тех местах, где будут жить русские и новокрещены, чтоб им соблазна не было, а иноверцев из тех деревень перевести в другие, где одни магометане живут. Если все мечети сломать, то опасно, чтоб не дошел слух в те государства, где между магометанами живут люди греческого исповедания и построены св. церкви (не произошло бы там церквам какого утеснения?), и потому велеть построить татарам в Казани в Татарской слободе две мечети; также повсюду строить мечети в тех деревнях, где одни татары, нет русских и новокрещен и где жителей от 200 до 300 человек; а если по этому расчету останутся лишние мечети, то сломать немедленно.