В то время как даровитейший из членов Академии, первый русский ученый, овладевший вполне европейской наукою и создававший для нее язык, собирал в академической аудитории слушателей из разных чинов, воинских и гражданских, Академия дожидалась решения своих внутренних распрей. Восстановление Шумахера в прежнем значении, разумеется, не могло прекратить этих распрей, ибо он возвратился с прежними стремлениями, законности которых никак не хотели признать профессора, тем более теперь, когда они думали, что, оказав своею поддержкою великую услугу советнику, имеют право требовать от него перемены поведения в отношении к ним. Другой советник. Нартов, успокоился на решении Сената; у него была деятельность вне Академии: в 1746 году Ведомости извещали, что советник Академии Андрей Нартов пожалован деревнями и знатною денежною суммою за новообретенные дела при артиллерии, чего еще поныне не было. Кроме того, Нартов жил воспоминаниями о великом человеке, подле которого судьба привела его работать в начале поприща, и он записывал эти воспоминания для потомства. Все, что осталось от Петра Великого, было драгоценно для его усердного токаря, и в мае 1747 года он представил в Сенат, что в 1723 году трудами Петра Великого сделаны и имеются в Петропавловском соборе два костяные паникадила и один животворящий крест с апостольскими ликами, также и в Троицком соборе костяное паникадило; а ныне он, усмотрев, что такое великое и премудрое дело многотрудных рук Петра Великого от нападающей пыли чрез долгое время весьма повредилось, отчего столь уже оно не удивления, но сожаления достойно, а понеже древних славных государей, наприм. Александра Великого и прочих, токмо по повелению сделанные куриозные вещи хранятся в кунсткамерах с великим присмотром, то кольми паче вышеозначенные вещи, произведенные собственными премудрыми трудами несравненного в сем свете императора Петра Великого, долженствуется всеми мерами хранить и содержать в великом наблюдении; а по мнению его, надлежит сделать из зеркальных стекол в медных рамках футляры и вызолотить в пристойных местах фигуры, на что нужно 2500 рублей. Сенат велел выдать на первое время 1000 рублей. В 1748 году Сенат выразился, что «советником Нартовым в зачинке в пушках раковин совершенное искусство оказано, коих пушек починено многое число».
Успокоился Нартов, но не мог успокоиться товарищ его в походе на Шумахера Делиль. Видя, что комиссия взяла решительно сторону Шумахера, Делиль в августе 1743 года подал императрице просьбу об увольнении по следующим побуждениям: возвратившись из Сибирской ученой экспедиции, уведомился он, что президент Академии Корф взял его астрономические наблюдения и отдал молодому профессору Гейнзиусу, который выписан трудиться под надзором его, Делиля. Оскорбленный этим, Делиль перестал бывать в конференциях; Шумахер удержал жалованье его за 1741 и 1742 годы, а комиссия решила удержать все жалованье. Делиля не уволили: как видно, Шетарди вмешался в дело. Только в июне 1745 года императрице был представлен доклад об отпуске Делиля. Но у Делиля кроме Шетарди были русские доброжелатели, которые успели представить ей, как вредно для Академии и для России лишиться знаменитого ученого, вызванного отцом ее. Поэтому при докладе «ея импер. величество в рассуждении, что оный профессор при Академии надобен, указала его склонять, чтоб он здесь еще остался».
При этом уговаривании остаться Делиль прежде всего потребовал выдачи всего заслуженного жалованья и отпуска денег на устройство обсерватории; императрица приказала исполнить эти требования.
Потом в сентябре Делиль подал в Сенат доношение: императрице угодно его оставить, но он может остаться только на следующих условиях: чтоб Академия была таким образом установлена, дабы канцелярия не имела никакой власти над профессорами и над принадлежащими вещами до наук, ниже над академическою экономиею; а оное установление можно в действо произвесть, давши Академии регламент, по которому бы она на разные департаменты, касающиеся до наук, разделена была и чтоб каждый профессор над приличным ему департаментом главным был и в том никому иному ответ не дал, как только Правительствующему Сенату и профессорскому корпусу, и по регламенту Петра Великого выбрать одного из профессоров в президенты или директоры, который бы беспременно в оном чину находился, или попеременно каждый год или полгода, а понеже он, Делиль, из профессоров старший и имеет совершенное известие о всех прочих европейских академиях, для того уповает, что директорское избрание сперва бы ему досталось.