Новый регламент не понравился ученым членам Академии: права канцелярии были подтверждены и, что всего более раздражало, этими правами пользовался по-прежнему Шумахер. Ломоносов так отзывается о новом уставе: «В его расположении и составлении никого, сколько известно, не было из академиков участника. Шумахер подлинно давал сочинителю советы, что из многих его духа признаков, а особливо из утверждения канцелярской великой власти, из выписывания иностранных профессоров, из отнятия надежды профессорам происходить высшие чины несомненно явствует. Многие жалели, что оный регламент и на других языках напечатан и подан случай к невыгодным рассуждениям о Академии и в других государствах». В конце 1747 года в Академии произошел пожар, сгорело здание, где находились библиотека и кунсткамера, но президент донес Сенату, что, сколько в скорости узнать было можно, все нужные вещи благополучно вынесены, только лежат в крайнем непорядке. Императрица велела под библиотеку и кунсткамеру отдать дом дворян Демидовых впредь до указа.
Ломоносов обвиняет (хотя не непосредственно) Шумахера в этом несчастье: «Для большего уважения канцелярии при такой перемене (регламента) надобно было и место просторнее; прежнее рассудилось быть узко и тесно. Таковых обстоятельств не пропускал Шумахер никогда, чтоб не воспользоваться каким-нибудь образом к утеснению своих соперников. И для того присоветовал перенести канцелярию в рисовальную и грыдоровальную палату, а рисовальное дело перебрать в механическую экспедицию, где имел заседание Нартов, который для сего принужден был очистить место, рушить свое заседание, а инструменты и мастеровые разведены по тесным углам. Сие же было причиною академического пожара, ибо во время сей перемены переведены были некоторые мастеровые люди в кунсткамерские палаты, в такие покои, где печи едва ли с начала сего здания были топлены и при переводе тогдашних мастеров либо худо поправлены, или совсем не осмотрены. Сказывают, что близ трубы лежало бревно, кое от топления загорелось. Разные были о сем пожаре рассуждения, говорено и о Герострате; но следствия не произвелено никакого. А сторож тех покоев пропал безызвестно, о коем и не было надлежащего иску. Погорело в Академии кроме немалого числа книг и вещей анатомических вся галерея с сибирскими и китайскими вещами, астрономическая обсерватория с инструментами, готторпский большой глобус, оптическая камера со всеми инструментами и старая канцелярия с оставшимися в ней старыми делами. Однако повреждение двору и публике показано весьма малое, и о большом глобусе объявлено, что он только повредился, невзирая на то что оного в целости ничего не осталось, кроме старой его двери. Для лучшего уверения о малом вреде от пожару в Ведомостях описано хождение по кунсткамере некоего странствующего мальтийского кавалера Загромозы, в коем именованы оставшиеся в целости вещи, кои он, Загромоза, видел. Но если б и то объявлено в тех же Ведомостях было, чего уже он в кунсткамере не видал, то бы едва ли меньший реестр из того вышел».