Кроме борьбы с разбойниками надобилось войско для исполнения печальной обязанности усмирения монастырских крестьян, которые восставали все чаще и чаще. В Шацком уезде возмутились крестьяне Новоспасского монастыря; поехал к ним драгунский капитан с командою. Когда драгуны расположились у монастырского двора, то подле него стали крестьяне, человек 100, и когда капитан объявил им указ о забрании их под караул, то они сказали: «У вас указ воровской, вы, наемщики, взяли деньги». Раздался крик: «Бей всех дубьем!» Ударили всполох, сбежалось крестьян более 1000 человек, бросились на драгун и начали их бить дубьем; капитан вырвался и с четырьмя драгунами ушел в избу; крестьяне начали к ней приступать, бросать в окно жердями и поленьями; капитан выпалил из ружья; крестьяне закричали: «Пужает! ломай избу и зажигай!» Капитан выпалил вторично в окно и одного крестьянина убил наповал; но, видя, что избу ломают, испугался и вышел вон; крестьяне схватили его, били без милости и приковали к ноге убитого им мужика; остальных драгун сковали и посадили при том же мертвом теле; деревенские бабы подходили к драгунам и били их по щекам, а мужчины кричали: «Хотя бы и два полка были присланы, и тут взять себя не дадим».
Команды надобились и для того, чтоб удерживать раскольников от самосожжения. Обыватели разных деревень Чеуского острога собрались в деревню Мальцову к сожжению. Для увещания их отправились томский воевода Бушнев и Чеуского острога управитель Копьев с командою; они нашли девять изб и вокруг них сажени в три палисадник с немалым укреплением. На увещания воеводы и управителя раскольники, запершиеся в этих избах, отвечали: «Мы за веру Христову и за крест двоеперстного сложения собрались страдать и обратиться не желаем»; сказавши это, зажглись, и сгорело мужского и женского пола 172 человека да, сверх того, известные злоучители Семен Шадрин, Федор Немчинов и с ними еще третий, неизвестный злоучитель; только один крестьянин, Кубышев, вылез через забор едва живой, обгорелый.
Надобность в войске заставила обратить особенное внимание на однодворцев, образовавшихся преимущественно из разного названия мелких служилых людей, испомещенных на старых украинских, то есть пограничных с степью, местах. Петр Ив. Шувалов подал в Сенат мнение «О беспорядках, каковы происходят за неимением об однодворцах учреждения». Однодворцы, говорилось в мнении, никому в особливое смотрение не поручены, а находятся в ведомстве у воевод, а каким образом воеводам однодворцев содержать, попечение о них иметь, и от обид защищать, и о распространении их экономии стараться, кроме генеральной воеводской инструкции, ничего не предписано, и сами воеводы надлежащего смотрения за ними, как следует экономам, не имеют, но содержат их, как и прочих уездных жителей, по их поселениям для осмотра и распоряжений не ездят, а некоторые хотя и ездят, но более для своих прихотей, отчего однодворцам от взятия подвод и прочего происходит более разорения, чем пользы. Прошлого 1755 года по просьбам однодворцев о защите их от обид и разорений, причиняемых воеводскими канцеляриями, сыщиковыми командами и вальдмейстерами. Сенат велел определить к ним и к прочим государственным крестьянам особенных управителей по примеру устройства дворцовых волостей; только во все города Воронежской и Белгородской губерний таких управителей на самом деле еще не определено. Потому Шувалов предлагал поручить отправляющемуся в те губернии генералу Ушакову во всех городах по желанию и выбору однодворцев определить управителей из штаб– и обер-офицеров надежных и доброй совести людей, а таких, которые прежде были в губерниях, провинциальных и воеводских канцеляриях и вышли из секретарей и других чинов в штаб– и обер-офицерские ранги, в управители не определять и, кто теперь определен из таких чинов, отрешить, а в помощь городовым управителям в селах и деревнях назначить из отставных унтер-офицеров и капралов или из первостатейных однодворцев людей доброй совести с общего выбора. Сенат согласился.
Малороссия с своим козацким войском также должна была принять участие в войне, хотя ее гетман намеревался играть важную роль в Петербурге не в качестве предводителя козаков, а в качестве гвардейского подполковника. Бессознательно, по личным отношениям Кирилла Разумовский потребовал уничтожения неправильности в отношениях Малороссии к Российской империи: с восстановлением гетманства Малороссия опять подчинена была Иностранной коллегии, подобно калмыкам и киргизам, имевшим своих владельцев. Вражда к президенту Иностранной коллегии великому канцлеру Бестужеву заставила Разумовского просить, чтоб его изъяли из ведомства Иностранной коллегии и перевели в ведомство Сената; императрица исполнила его просьбу. Главную заботу правительства на южной украйне составляли запорожцы. Привыкнув к степному приволью, не зная границ своим владениям, они начали теперь жаловаться, что их теснят. Сенат по поводу этих жалоб приказал перенесть запорожские зимовники, находящиеся по сю сторону речки Самоткани, куда-нибудь в другое место в запорожских же дачах, чтоб никаких ссор, особенно же гайдамацкого воровства, не было, ибо гайдамаки имели здесь пристанище; гетман, потребовавши об этом от кошевого мнения и рассмотря его, представил бы о нем в Сенат с приложением собственного своего мнения. Видя, что вследствие неопределенности границ новые переселенцы придвигаются все ближе и ближе к Сечи, запорожцы просили, чтоб у старосамарских жителей отнято было право владеть местами по реке Самаре и чтоб даны были Запорожскому Войску грамоты на все владеемые им с давних времен земли. Им отвечали, что в Сенате нет точного известия и описания этих земель и что грамоты 1688 года и универсал 1655 года, на которые запорожцы ссылались, не отыскались ни в малороссийских делах в Петербурге, ни в архиве Иностранной коллегии в Москве. Запорожцы писали, что, когда гетман Богдан Хмельницкий поддался под русскую державу, в то время Войско Запорожское владело рекою Днепром от Переволочной и всеми впадающими в Днепр реками, особенно же Самарью и по ней лесами и степями. Это, отвечал Сенат, Войско Запорожское представляет весьма напрасно, потому что, когда гетман Хмельницкий пришел в подданство, в то время все города, села и деревни и Войско Запорожское состояли в одной дирекции гетманской и между Малою Россиею и Войском Запорожским границы не было, но, где были пустые земли, там как запорожским, так и малороссийским козакам не запрещалось держать пасеки, рыбу и зверя ловить, а на Сечи запорожской в то время никаких мест и селений особливых не бывало. Сенат приказал, чтоб гетман, комендант крепости Св. Елисаветы и Запорожское Войско назначили особых людей, которые должны сделать описание всем запорожским землями угодьям, положить на карту и представить в Сенат. В то же время правительство давало чувствовать Запорожью, что полная независимость при выборах должностных лиц не будет им допущена. Гетман донес Сенату, что в Сечи на сходке атаманом определен прежний – Григорий Федоров, а судья, писарь и есаул новые и что эту перемену козаки сделали, не давши знать ему, гетману; он велел кошевому и старшине прислать ответ, на каком основании это сделано. Сенат одобрил распоряжение Разумовского.