В полосе Южного фронта наступление развивалось по-прежнему успешно, особенно на его левом крыле. Действовавшая здесь 2-я гвардейская армия к 14 января достигла своими передовыми частями Маныча и продолжала продвигаться вперед. Тем не менее противнику удалось к исходу 23 января образовать общий фронт групп армий «Дон» и «А» и на рубеже нижнего течения Дона и Маныча задержать наступление советских войск.
В такой обстановке Верховное Главнокомандование внесло некоторые коррективы в свое решение, конкретизировав дальнейшие задачи обоих фронтов на Северном Кавказе. В директиве подчеркивалось, что на данном этапе операции решающую роль должен сыграть Южный фронт, от успешных действий которого в значительной степени зависело окружение и уничтожение 24 дивизий северокавказской группировки противника.
Ставка вывела Северную группу войск из состава Закавказского фронта и преобразовала ее в самостоятельный Северо-Кавказский фронт, командующим которого был назначен генерал И.И. Масленников. Перед войсками вновь созданного фронта была поставлена задача силами конно-механизированной группы помочь Южному фронту овладеть Батайском и Азовом и отрезать противнику пути отхода через Ростов.
Основные же силы Северо-Кавказского фронта были нацелены для нанесения удара на Краснодар, выход на побережье Азовского моря в районах Ейска и При-морско-Ахтырской, а также совместно с Черноморской группой Закавказского фронта на окружение и уничтожение всей северокавказской группировки гитлеровских войск.
К моменту получения фронтами этой директивы противник уже организовал оборону на рубеже севернее Ставрополя, Кропоткина и далее по Кубани. Перед Северо-Кавказским фронтом в общем направлении на Тихорецк отходила 1-я танковая немецкая армия, а 17-я армия, ожесточенно обороняясь, стремилась задержать наступление Черноморской группы и обеспечить отвод войск группы армий «А» на Таманский полуостров. Одновременно немецкое командование принимало все меры к тому, чтобы как можно дольше сохранять за своими войсками проход через Ростовскую горловину. Для этого они силами двух корпусов 4-й танковой армии продолжали упорно обороняться перед наступавшими войсками Южного фронта.
Начав с утра 24 января выполнение поставленных задач, войска Южного и Северо-Кавказского фронтов к 4 февраля сломили сопротивление противника в полосе между Манычем и Армавиром, подошли на 25 км к Батайску и выдвинулись к побережью Азовского моря в районе Ейска. Одновременно Закавказский фронт, наступая в западном направлении севернее и южнее Кубани, достиг рубежа Бейсугский лиман, Усть-Лабинская, южные подступы Краснодара. При этом советские войска освободили значительную часть Северного Кавказа.
Однако главная цель операции — окружение и уничтожение крупной стратегической группировки противника в этом районе —не была достигнута. Противник смог отвести свою 1-ю танковую армию в составе пяти дивизий через Ростов в Донбасс, а крупными силами 17-й армии закрепиться в низовьях Кубани.
Напряженная борьба войск Южного фронта на ростовском направлении завершилась освобождением 7 февраля Батайска и 14 февраля Ростова.
В целях быстрейшего уничтожения сильной немецкой группировки, отходившей на Тамань, и полного освобождения территории Северного Кавказа Ставка Верховного Главнокомандования своей директивой от
4 февраля приказала Северо-Кавказскому фронту, в состав которого передавалась и Черноморская группа Закавказского фронта, перейти в новое наступление и разгромить основные силы 17-й немецкой армии в районе Краснодара и Крымской. Это наступление, впоследствии получившее наименование Краснодарской операции, началось 9 февраля.
После ожесточенных боев 12 февраля Краснодар был освобожден. Соединения 17-й немецкой армии отходили на Таманский полуостров и в Крым.
Одновременно с наступлением на Кубани шли упорные бои в районе Новороссийска. Противник, удерживая Новороссийский порт и Таманский полуостров, стремился обеспечить себе использование морских коммуникаций, прикрыть подступы к Крыму и ограничить действия Черноморского флота, корабли которого базировались в портах Кавказского побережья.
Для содействия войскам Черноморской группы, наступавшим на новороссийском направлении, с кораблей флота был высажен десант. В течение семи месяцев десантники 18-й армии в жестоких боях стойко удерживали плацдарм на мысе Мысхако южнее Новороссийска.
Важную роль в сражениях за Кавказ сыграли 4-я и 5-я воздушные армии, а также авиация Черноморского военно-морского флота и его боевые корабли.