Запорожье и Дон были спокойны, но старая козацкая жизнь с ее обычаями и притязаниями, видимо, отливала от запада к востоку, и начинались движения на далеком Яике. В самом начале года в Яицком городке под дирекциею генерал-майора Брахвельта учреждена комиссия для исследования о поступках атамана Бородина, который обвинялся в излишних денежных сборах с козаков и в удержании у них денежного жалованья, пороха и свинца; комиссия должна была исследовать также о своевольствах старшины Логинова, который позволял себе развратные и непристойные толкования посылаемых к Яицкому войску указов. Дело началось вследствие жалобы, поданной козаками императрице на Военную коллегию. Но в то же время султан меньшей киргизской орды прислал просить канцлера, нельзя ли сменить Бородина и на его место позволить Яицкому войску выбрать доброго и умного человека. Когда в степях узнали о смене Бородина, то в Москву явилось двое яицких козаков с письмом к канцлеру от того же киргизского султана. «Некоторые просьбы наши, – писал султан, – приняты, Андрей Бородин отставлен, чем я много доволен; но слышу, будто получен из Военной коллегии указ быть атаманом одному старшине из команды мужика и пришлеца атамана Могутова; но Яицкое войско с зачатия Яицкого городка от 40 козаков выбирало атамана всегда между собою; козаки за великую себе обиду и поругание будут считать, если их отдадут в команду Могутову, да и брат мой, и я, и весь киргиз-кайсацкий народ будут этим недовольны. Я, услыша о разорении Яицкого войска и о горьких слезах его, не мог не донести вашему сиятельству, дабы оное войско удовольствовано было». Когда канцлер препроводил письмо к императрице, то она написала: «От оных козаков мне подана челобитна, в которой прописывают нарушенья их прав и вольностей от Военной коллегии, и я о сем уже писала к президенту: только сумнительно весьма, что киргисцы об них просят».
Екатерина думала, что русских сил на восточной украйне недостаточно, чтоб страхом держать степные народы в повиновении, и потому писала канцлеру: «Михайла Ларионович! Оренбургский губернатор, между прочим, ко мне пишет о чинимых в пути до Оренбурга иностранным купцам от киргизского народа остановках и притеснениях: и тако прикажите коллегии, чтоб она не умедля употребила с оным киргизским народом пристойные средствы, коими бы такие чинимые обиды и притеснения отвращены были». А потом прибавила: «Всего лучше бы с ними договариваться, дабы они хоть за деньги проводили безопасно караваны».
Кроме киргизов беспокоили и калмыки. Вдова известного нам хана Дундука-Омбы в царствование Елисаветы приняла крещение с троими сыновьями и названа Верою. В 1762 году она стала проситься вредные степи, выставляя свою старость и нездоровье; но прямо в степи ее не отпустили, а позволили жить с сыном Алексеем в Енотаевске, причем надзиравшему над калмыками бригадиру Бехтееву было приказано не пускать ее в калмыцкие улусы, также смотреть, чтоб она не сносилась с калмыцкими попами и не держала их при себе. Бехтеев донес, что калмыцкие попы находятся при княгине с самого ее приезда в Енотаевск, и, судя по калмыцким обрядам, которые происходят в ее доме, он сомневается, твердо ли она держит православную христианскую веру, хотя на первой неделе Великого поста она и говела, но со второй недели и даже на Страстной неделе ела мясо. Екатерина написала на донесении: «Когда княгиня Дондукова жила в Кадетском корпусе с сыновьями, она всегда ела мясо, и докторы того корпуса знают, что она рыбы есть не может; итак, надлежит весьма осторожно быть, чтоб не конфондировать закон с тою политикою, которую они, может быть, употребляют для приласкания калмык». Но когда Бехтеев дал знать, что из Енотаевска распущен слух, будто князь Иона Дундуков скоро привезет указ – быть матери его, княгине Вере, главною правительницею всего калмыцкого народа, сыну ее Алексею – ханом, а настоящий наместник ханства Убаша останется только при своем наследственном улусе, что кабардинский владелец Касай с сотнею черкес намерен приехать к княгине Вере в Енотаевск, – то императрица написала: «Видно, что ее интриги далеко простираются. Енотаевскому начальнику или коменданту приказать за матерью и за сыном Дондуковым смотреть, дабы они не ушли, как уже и прежде от них случилось». Княгине Вере отправлена была грамота с угрозою, что она будет взята в Москву, если не успокоится. Иностранная коллегия подала доклад, что Дундуковых надобно взять из Енотаевска и поместить в Москве, княгине давать жалованье по две тысячи рублей в год, а сыну ее Алексею по тысяче; кроме того, за улусы, отошедшие к наместнику ханства, дать им из русских деревень каждому душ по тысяче.