В 1765 году последовала перемена в судьбе Мюллера: он переехал в Москву, где получил место главного надзирателя (директора) Воспитательного дома: обещание, данное ему Паниным и Бецким, поручить ему со временем в заведование московский архив коллегии Иностранных дел служило важным побуждением для Мюллера к такой перемене рода службы.
Еще в 1762 году Мюллер выписал себе помощника, то был Август Людвиг Шлецер.
Германская наука в первой половине XVIII века дала русской науке для обработки русской истории двух ученых: Байера и Мюллера. Байер явился в России уже ученым, приобретшим известность; но поприще его здесь не было продолжительно, а незнание языка русского позволяло ему касаться только немногих вопросов, при решении которых он мог довольствоваться одними иностранными языками. Мюллер приехал в Россию 20-ти лет и все силы своей долгой молодости посвятил России: от берегов Невы до берегов Амура, в архиве московском и в областных архивах, по сю и по ту сторону Уральского хребта неутомимый Мюллер черпал известия о судьбах необозримой страны, так недавно еще открытой для Европы, собирал, сводил материалы, беспрерывно развлекаемый вопросами, сыпавшимися на него со всех сторон; архивариус, профессор, академик, историограф, путешественник, географ, статистик, журналист, Мюллер был неутомимым работником при громадной, тяжко, медленно двигавшейся машине русской цивилизации. Мюллер работал неутомимо над отысканием, собиранием и разработкою материалов из разных эпох русской истории, для объяснения той или другой стороны в настоящей жизни русского народа; а между тем в его старом отечестве, в Германии, наука шла вперед; и, когда утомленный Мюллер потребовал у Германии себе помощника, который бы трудился подобно ему, содействовал ему в отыскивании и собирании материалов, в приведении их в порядок, в составлении каталогов, Германия выслала ему Шлецера, представителя новой науки. Мюллер не понимал уже, чего хотел Шлецер; требования Мюллера Шлецер считал странными, унизительными для себя; и двое ученых, хотевшие жить и действовать вместе, скоро растолкнулись двумя враждебными силами, из которых одна называется старым, а другая новым.
Шлецер, родившийся в 1735 году, лишился отца, сельского пастора, на пятом году жизни, и ранняя нужда закалила характер беспомощного сироты, который сам должен был пробивать себе дорогу в жизни. Десятилетним ребенком он уже стал давать уроки, и, когда все вокруг его уже спало, маленький Шлецер сидел над мелким шрифтом изданий классиков и приобрел навсегда сильную близорукость. В Геттингенском университете Шлецер встретил профессора, начинавшего своим преподаванием новую эпоху в исторической науке: то был знаменитый Михаелис, который при изучении еврейских древностей впервые начал требовать критики текста, исследования точного значения слов, знакомства с родственными еврейскому языками, с обычаями Востока и его поэзиею. Под влиянием чтений Михаелиса определился навсегда характер ученой деятельности Шлецера. Он из детства питал страсть к путешествиям; чтение Михаелиса дало определенную цель пламенным мечтам молодого человека, и путешествие на библейский Восток сделалось заветною думой Шлецера, наполнившею всю его молодость. Но такое далекое путешествие и в то время было невозможно без значительных средств, которых у Шлецера не было. Надобно было прежде накопить денег. Шлецер едет домашним учителем в Швецию, становится корреспондентом политической газеты, что сильно развивает в нем любовь к политике; занимается в купеческой конторе, пишет книги: «Историю торговли и мореплавания», «Биографии знаменитых шведских людей», «Историю шведской литературы».