Когда успешные занятия русским и церковнославянским языками дали Шлецеру возможность заглянуть в русские летописи, то ученая алчность его была возбуждена в высшей степени: перед ним было нетронутое поле, которое он первый должен был обработать; другие по своим ученым средствам не в состоянии этого сделать; он один имеет возможность получить честь первого издателя, первого объяснителя летописей народа, первого по своему могуществу в Европе (таково было представление о русском народе после Семилетней войны!).
Страсть к занятиям и умение заниматься, обнаруженные Шлецером, заставили Мюллера еще в 1762 году толковать о помещении своего домашнего учителя в Академию в качестве адъюнкта. Но каково же было его удивление, когда вместо выражения благодарности он услыхал от Шлецера ответ, что это место низко для него. Шлецер так рассуждал о своих достоинствах: «Я должен был заниматься русскими летописями, критикою их. Что были за люди, которые славились тогда своими познаниями в русской истории? Люди без всякого ученого образования, люди, которые читали только свои летописи, не зная, что вне России существовала история. Но я по крайней мере был ученый критик, четыре года учился в школе Геснера, Михаелиса, Ире; я был в этом отношении единственный человек в России; я уже с 1755 года был автором, и мои сочинения не подверглись ни одной неблагосклонной рецензии. Большая часть тогдашних членов Санкт-Петербургской Академии, конечно, не могла стыдиться моего товарищества». Адъюнкт получал триста рублей жалованья; Шлецер объявил, что и жалованья этого для него мало. Мюллер возражал: «Я начал с двумястами рублей». Шлецер отвечал: «Вы начали на двадцатом году жизни, а мне уж скоро будет 27 лет; я уже давно начал, и не на русские деньги». Мюллер предполагал, что Шлецер, имея в виду заниматься русскою историей, даст обязательство не оставлять никогда русской службы, потому что ученому, занимающемуся русскою историей, могут быть вверены государственные тайны и нельзя потом позволить ему уехать за границу и обнародовать их. Мюллер сам был связан таким обязательством. Но Шлецер не хотел заключать с Академиею и обычного контракта с условием оставаться в ней пять лет. К причинам отказа должна была присоединиться и та, что адъюнктская должность предполагала зависимость от Мюллера в ученых занятиях, а Шлецер, считавший себя выше Мюллера, не хотел подчиниться его руководству.
Мюллер рассердился на упрямца, не хотевшего, по его мнению, собственного счастия, и, говоря с ним в последний раз об адъюнктстве в Академии, кончил так: «Ну так ничего не остается больше вам делать, как с первым кораблем отправиться назад в Германию». Шлецер, у которого была потребность поссориться с Мюллером, признал эти слова неблагородными, несправедливыми. Шлецеру не хотелось так рано уехать из России, ибо в таком случае пребывание его в России не окупалось: капитал, скопленный для восточного путешествия, не увеличился. Шлецер нашел в России клад – летописи, изданием которых в Германии он мог приобрести большую ученую известность; но для полного приготовления к этому делу надобно было еще остаться в России. Шлецер обратился к могущественному Тауберту, и тот устроил ему место адъюнкта при Академии на неопределенное время и поместил его учителем при детях президента графа Разумовского на всем готовом содержании. При этом понадобился Мюллер: он написал президенту Академии просьбу о назначении Шлецера адъюнктом для занятий русскою историей, расхвалив своего кандидата как нельзя больше. Шлецер страшно рассердился на Мюллера, как он смел сказать, что выписал на свой счет его из Геттингена! Но главная вина Мюллера состояла в том, что в своей просьбе он представил Шлецера как молодого человека, который под его руководством должен заниматься изданием собранных им исторических и географических известий о России. Шлецер поспешил показать Мюллеру, как он будет заниматься под его руководством. После присяги в Академической канцелярии Шлецер с Мюллером поехали вместе домой, и дорогою старик начал говорить: «Ну вот, теперь вы начнете свои адъюнктские занятия, прежде всего составите реестр к последнему тому „Русского исторического сборника (Sammlung russischer Geschichte)“. Шлецер отвечал: „Составлять реестры слишком унизительно для адъюнкта императорской Академии“. С этих пор Мюллер не беспокоил более Шлецера, и тот мог заниматься русскою историей совершенно независимо. Результатом этих занятий был вывод, что для успешного занятия русскими летописями необходимо изучение византийской литературы и славянских наречий.