Фон-Визин поминает университет добром за то, что выучился в нем хорошо по-латыни и довольно немецкому языку. Но другие воспитанники университета не могли похвалиться последним. Когда генерал-поручик Корф, управлявший во время Семилетней войны завоеванною провинциею Пруссиею, потребовал присылки к нему молодых людей, которые могли бы служить при нем переводчиками французского, немецкого и польского языков, то правительство обратилось в университет, и тот выслал в Кенигсберг четырех студентов и шесть человек учеников. Но когда они приехали в Кенигсберг, то Корф нашел, что в переводчики они не годятся да и ни к каким должностям определить их нельзя по незнанию немецкого языка, притом же ученики несовершеннолетние и только начали учиться. Губернатор назад отсылать их не заблагорассудил и распорядился таким образом: «Приемля в рассуждение, что оные студенты и ученики как уже несколько лет обучались и на то немалый кошт употреблен, приказал обучаться им наукам в Кенигсберге во всем, как и прочие там студенты и ученики употребляются, и жалованья давалось студентам по 90, а ученикам по 50 рублей в год».
Сравнительно университет стоял высоко, несмотря на свою юность; лучшие молодые люди из окончивших курс в других учебных заведениях отсылались в университет для дальнейшего образования: так, в 1756 году Сенат приказал кадетского корпуса капралу Кожину за хорошее его обучение против прочих выпущенных из корпуса капралов дать чин подпоручика и отослать в Московский университет по требованию куратора Шувалова. Университет должен был увеличить число приготовленных молодых людей русских для таких занятий, для каких до сих пор употреблялись иностранцы. В 1761 году Медицинская канцелярия напечатала в газетах приглашение иностранцам отдавать детей своих для обучения хирургии. Сенат велел призвать главного доктора в Медицинской канцелярии Лерха и секретаря и внушить им, что объявление в «Ведомостях» сделано очень неосновательно и чтоб вперед в таких делах поступали осторожно, ибо для обучения хирургии можно сыскать довольно и русских людей, как-то: из Московского университета, из Академии наук, из семинарий и других училищ, где преподается латинский язык. До сих пор каждая коллегия имела свою школу, образовывала для себя молодых людей, носивших название юнкеров. В 1763 году вышел указ: в Сенате и прочих местах юнкеров не иметь, а наличных всех из дворян поместить в сухопутный и морской корпуса, а не из дворян – в Московский университет, а других, которые по летам не могут учения продолжать, – в военную и гражданскую службу по способностям.