Между тем ферментация в Литве высказалась конфедерациями в Бресте и Ковне. Первая в конце сентября была совершенно разбита полковником Гротенгельмом и капитаном Анрепом; ковенские конфедераты рассыпались в Жмуди, разгласивши, что разъехались по домам, а начальники их – Медекша, Косаковский и Швейковский – ушли к Тильзиту. Ген. – майор Измайлов, имея надобность во время преследования конфедератов подойти к Несвижу, местопребыванию кн. Радзивила, дал знать об этом последнему и получил в ответ, чтобы не нападал на конфедератов близ Несвижа, потому что он, Радзивил, не может быть равнодушным свидетелем пролития крови сограждан своих, и если битва произойдет подле его замка, то он выведет свое войско. Тот же Радзивил принял к себе в Несвиж повстанцев Ошмянского повета, преследуемых русским войском, и в оправдательном письме к Репнину объявлял, что он при этом не имел намерения воевать с русскими, напротив, оказал им услугу, уговоривши повстанцев исполнить требование Измайлова отстать от конфедерации, за что Измайлов обещал совершенную безопасность их имений; принял же конфедератов к себе в Несвиж, потому что был обязан это сделать, не мог смотреть на пролитие братской крови, будучи членом народа, в котором господствуют вольность и равенство; конфедераты же восстали, будучи побуждаемы ревностью к своей вере, а эта ревность должна быть у всякого в крови.
В конце октября Репнин так описывал состояние дел в Польше: «Дерзость и наглость возмутителей во всех частях умножается, а в Великой Польше ежедневно грабежи делаются и час от часу разные вновь партии сих грабителей показываются. Доходов государственных ни одного злотого, почитай, сюда не допускают, почты перехватывают, всех спокойно живущих в земле грабят; наши ж войска сколько за сим ветром ни гоняются, но догнать не могут и только понапрасну мучатся. Сейма никакой возможности не было держать, имея только человек 30 земских послов, которые сюда приехали. Духи не только уныли, но, можно сказать, умерли. И по законам невозможно сейма держать, понеже из Литвы ни один земский посол не приехал. Королю месяца через два опять есть нечего будет, ибо доходы везде разграблены и к нему не доходят». Слово опять означает то, что Репнин уже выдал Понятовскому значительную сумму денег на прокормление.
Ген. Измайлов доносил, что мстиславские повстанцы объявили желание отстать от конфедерации и готовы дать рецессы, или письменные акты, об этом; императрица написала на донесении Измайлова: «Назавтра сих рецессов они сделаются теми же возмутителями; а если б схватя да в Сибирь на поселение, то б уменьшилося бы число их».
От 1 декабря пришло известие, что майор Древиц в Великой Польше разбил тамошнего главного возмутителя Малчевского; в отряде его было 600 человек, из которых было убито с лишком 200 человек, и взято 9 пушек. Но Репнин к этому известию прибавил обычный припев: «Все сии неоднократные поучения без действия, однако ж, остаются, особливо в Великой Польше, где множество разных малых возмутительных партий, которые везде, где наших войск нет, грабят и всякие насильства делают». Сильно раздражили Репнина и предписания из Петербурга насчет военных действий. От 9 декабря он писал Панину: «Военные повеления сюда таковые даются, что никаким образом их исполнить невозможно, ибо они противоречущие; а оными, я вижу, что ищут не только разорения здешних дел с низвержением короля, несмотря на бесславие и вредные следствия, которые от сего для нас последуют, но и стараются все здесь так запутать, слагая все на ответ мой и Салтыкова, чтоб после нас как жертву во всем выставить и виноватыми сделать. Рассудите, можно ли сие исполнить: требуют, чтоб Прозоровский был удержан в Полонном, т. е. под носом у неприятеля, который висит на границах и вступления которого ежедневно ожидаем, чтоб магазины сделаны были не только в Полонном и по дороге от Киева и Чернигова, но и впереди, в самой Подолии, а с тем повелевается и на ответ Салтыкова кладется, чтоб его войска в совершенно безопасном и спокойном месте были, когда они одни могут и магазейны прикрыть, и Прозоровского подкрепить, который без сего и оставаться в своем месте без страха погибнуть со всем корпусом не может; магазейны ж еще меньше могут заготовляться, если наших войск в тех местах не будет для их сбережения: а если турки войдут, то каким образом Салтыкову и мне отвечать за безопасность и спокойность тех войск, особливо быв они в слабом числе. Мы оба, представляя наше мнение по сей позиции, требовали решительных повелений с точным назначением, где именно стать. Но сего решения не сделано, а отдано на наше рассуждение и ответ с кондициями безопасности, покойности и исправления всего вышеписаного; одним словом, я бы лучше хотел с ротою гусар быть первым против всей армии турецкой, нежели здесь в моем месте со всеми сими шиканами. Салтыков, чувствуя все оное, уже ко мне писал, чтоб отступить, боясь, чтоб не погибнуть от всех оных привязок, да и пенять ему неможно, что он тулится, видя весь сей манеж. Прошу Бога для постараться конец сему сделать и велеть что ни есть решительное сказать, требуя возможного и чтобы само с собой не противоречило. Изволите увидеть, какая здесь сумятица заводится от нашего неустройства, а я только прошу вас как милостивца, выведите меня из сей галеры; равным образом прошу, чтоб не я имел комиссию назначать места магазейнов».