Мы видели, что Екатерина давно уже вооружалась против заключения человека, преступление которого не доказано. В «Наказе» она предписывает большую осторожность относительно арестования подозрительного человека: «Брать под стражу есть наказание, которое от всех других наказаний тем разнится, что оно по необходимости предшествует судебному объявлению преступления. Однако ж наказание сие не может быть наложено, кроме в таком случае, когда вероятно, что гражданин во преступление впал. Чего ради закон должен точно определить те знаки, по которым можно взять под стражу обвиняемого и которые подвергали бы его сему наказанию и словесным допросам, кои также суть некоторый род наказания, например: глас народа, который его винит: побег его; признание, учиненное им вне суда; свидетельство сообщника, бывшего с ним в том преступлении; угрозы и известная вражда между обвиняемым и обиженным; самое действие преступления и другие подобные знаки довольную могут подать причину, чтобы взять гражданина под стражу. Но сии доказательства должны быть определены законом, а не судьями, которых приговоры всегда противоборствуют гражданской вольности, если они не выведены на какой бы то ни было случай из общего правила, в Уложении находящегося. Взять человека под стражу не что иное есть, как хранить опасно особу гражданина обвиняемого, доколе учинится известно, виноват ли он или невиновен. Итак, содержание под стражею должно длиться сколь возможно меньше и быть так снисходительно, коль можно. Приговоры судей должны быть народу ведомы так, как и доказательство преступлений, чтобы всяк из граждан мог сказать, что он живет под защитою законов».
Уже в царствование Елисаветы мы заметили стремление ограничить пытку; Екатерина продолжала борьбу против этого страшного и твердо укоренившегося способа судебного доказательства; только раз, и то в сильном волнении, по поводу шлюссельбургского дела она готова была дать судьям волю употребить пытку. По поводу волнения, произведенного известным мнением барона Черкасова, Екатерина писала кн. Вяземскому: «Приехал ко мне Черкасов и сказывал мне, что целым собранием на него жаловаться хотят мне. Я его голос видела, и в нем иного не написано, как то, что ему чистое и нелицемерное усердие диктовало. А как, с другой стороны, чужестранные недоброжелательных дворов министры по городу рассеевают, что я сама в сем деле заставляю собрание для закрывательства истины комедию играть, сверх того, и у нас уже партии действуют: того ради повелеваю вам впредь более не присоветовать, ни отговаривать от пыток, но дайте большинству голосов совершенную волю». Но после этого случая Екатерина опять постоянно высказывалась против пытки и в ответе Баскакову, как мы видели, не допускала в ее пользу никакого обстоятельства. Так же решительно она выражается против нее и в «Наказе»: «Употребление пытки противно здравому рассуждению; само человечество вопиет против оныя и требует, чтоб она была вовсе уничтожена. Человека не можно почитать виноватым прежде приговора судейского, и законы не могут лишать его защиты своей прежде, нежели доказано будет, что он нарушил оные. Чего ради, какое право может кому дати власть налагати наказание на гражданина в то время, когда еще сомнительно, прав ли он или виноват. Не очень трудно заключениями дойти к сему сорассуждению: преступление или есть известное, или нет; ежели оно известно, то не должно преступника наказывать инако как положенным в законе наказанием; итак, пытка не нужна; если преступление неизвестно, так не должно мучить обвиняемого по той причине, что не подлежит невинного мучить и что по законам тот невинен, чье преступление не доказано. Обвиняемый, терпящий пытку, не властен над собою в том, чтоб он мог говорити правду. Чувствование боли может возрасти до такой степени, что, совсем овладев всею душою, не оставит ей больше никакой свободы производить какое-либо ей приличное действие, кроме как в то же самое мгновение ока предпринять самый кратчайший путь, коим бы от той боли избавиться. Тогда и невинный закричит, что он виноват, лишь бы только мучить его перестали. И то же средство, употребленное для различения невинных от виноватых, истребит всю между ними разность; и судьи будут также неизвестны, виноватого ли они имеют пред собою или невинного, как и были прежде начатия сего пристрастного распроса. Посему пытка есть надежное средство осудить невинного, имеющего слабое сложение, и оправдать беззаконного, на силы и крепость свою уповающего».