В 1446 году московские недовольные дали знать союзным князьям, что Василий поехал молиться в Троицкий монастырь; Шемяка и Можайский ночью 12 февраля овладели врасплох Москвою, схватили мать и жену великого князя, казну его разграбили, верных бояр перехватали и пограбили, пограбили также многих граждан, и в ту же ночь Можайский отправился к Троице с большою толпою своих и Шемякиных людей. Великий князь слушал обедню 13 числа, как вдруг вбегает в церковь рязанец Бунко и объявляет ему, что Шемяка и Можайский идут на него ратию. Василий не поверил ему, потому что Бунко незадолго перед тем отъехал от него к Шемяке. «Эти люди только смущают нас, – сказал великий князь, – может ли быть, чтобы братья пошли на меня, когда я с ними в крестном целовании?» – и велел выбить Бунка из монастыря, поворотив его назад. Не поверивши Бунку, великий князь послал, однако, на всякий случай сторожей к Радонежу (на гору), но сторожа просмотрели ратных людей Можайского, ибо те увидали их прежде и сказали своему князю, который велел собрать много саней, иные с рогожами, другие с полостями, и положить в них по два человека в доспехах, а третьему велел идти сзади, как будто за возом. Въехавши на гору, ратники выскочили из возов и перехватали сторожей, которым нельзя было убежать, потому что тогда снег лежал на девять пядей. Забравши сторожей, войско Можайского пошло тотчас же к монастырю. Великий князь увидал неприятелей, как они скакали с Радонежской горы к селу Клементьевскому, и бросился было на конюшенный двор, но здесь не было ни одной готовой лошади, потому что сам он прежде не распорядился, понадеявшись на крестное целование, а люди все оторопели от страха. Тогда Василий побежал в монастырь, к Троицкой церкви, куда пономарь впустил его и запер за ним двери. Тотчас после этого вскакали на монастырь и враги; прежде всех въехал боярин Шемякин Никита Константинович, который разлетелся на коне даже на лестницу церковную, но, как стал слезать с лошади, споткнулся об камень, лежащий на паперти, и упал: когда его подняли, то он едва очнулся, шатался точно пьяный и побледнел как мертвец. Потом въехал на монастырь и сам князь Иван и стал спрашивать, где князь великий. Василий, услыхав его голос, закричал ему из церкви: «Братья! помилуйте меня! Позвольте мне остаться здесь, смотреть на образ божий, пречистой богородицы, всех святых; я не выйду из этого монастыря, постригусь здесь», – и, взявши икону с гроба св. Сергия, пошел к южным дверям, сам отпер их и, встретив князя Ивана с иконою в руках, сказал ему: «Брат! Целовали мы животворящий крест и эту икону в этой самой церкви, у этого гроба чудотворцева, что не мыслить нам друг на друга никакого лиха, а теперь не знаю, что надо мною делается?» Иван отвечал: «Государь! если мы захотим сделать тебе какое зло, то пусть это зло будет над нами; а что теперь делаем, так это мы делаем для христианства, для твоего окупа. Татары, которые с тобою пришли, когда увидят это, облегчат окуп».
Василий, поставив икону на место, упал пред чудотворцевым гробом и стал молиться с такими слезами, воплем и рыданием, что прослезил самих врагов своих. Князь Иван, помолившись немного в церкви, вышел вон, сказавши Никите: «Возьми его». Великий князь, помолившись, встал и, оглянувшись кругом, спросил: «Где же брат, князь Иван?» Вместо ответа подошел к нему Никита Константинович, схватил его за плеча и сказал: «Взят ты великим князем Димитрием Юрьевичем». Василий сказал на это: «Да будет воля божия!» Тогда Никита вывел его из церкви и из монастыря, после чего посадили его на голые сани с чернецом напротив и повезли в Москву; бояр великокняжеских также перехватали, но о сыновьях, Иване и Юрии, бывших вместе с отцом в монастыре, даже и не спросили. Эти малолетные князья днем спрятались вместе с некоторыми из слуг, а ночью убежали в Юрьев, к князю Ивану Ряполовскому, в село его Боярово; Ряполовский, взявши их, побежал вместе с братьями Семеном и Димитрием и со всеми людьми своими в Муром и там заперся.