Шемяка не послушался увещаний духовенства, и в 1448 году великий князь выступил в поход. Тогда Юрьевич, не пугавшийся церковного проклятия, испугался полков Васильевых и послал просить мира к великому князю, который остановился в Костроме. Мир был заключен, как видно, на прежних условиях, и Шемяка дал на себя проклятые грамоты. Иона, посвященный в декабре 1448 года в митрополиты, уведомляя об этом посвящении своем князей, панов, бояр, наместников, воевод и все христоименитое господне людство, пишет: «Знаете, дети, какое зло и запустение земля наша потерпела от князя Дмитрия Юрьевича, сколько крови христианской пролилось; потом князь Дмитрий добил челом старшему брату своему, великому князю, и честный крест целовал, и не однажды, но все изменял; наконец, написал на себя грамоту, что если вооружится опять на великого князя, то не будь на нем милости божией, пречистой богоматери, великого чудотворца Николы, св. чудотворцев Петра и Леонтия, преподобных Сергия и Кирилла, благословения всех владык и всего духовенства ни в сей век, ни в будущий; поэтому, продолжает Иона, пишу к вам, чтобы вы пощадили себя, не только телесно, но особенно духовно, посылали бить челом к своему господарю великому князю о жалованье, как ему бог положит на сердце. Если же не станете бить челом своему господарю и прольется от того кровь христианская, то вся эта кровь взыщется от бога на вас, за ваше окаменение и неразумие; будете чужды милости божией, своего христианства, благословения и молитвы нашего смирения, да и всего великого священства божия благословения не будет на вас; в земле вашей никто не будет больше называться христианином, ни один священник не будет священствовать, но все божнп церкви затворятся от нашего смирения».
В конце 1448 года уведомлял митрополит о мире великого князя с Шемякою, а весною следующего 1449 года Шемяка уже нарушил крестное целование, свои проклятые грамоты и в самое Светлое воскресенье осадил Кострому, бился долго под городом, но взять его не мог, потому что в нем была сильная застава (гарнизон) великокняжеская под начальством князя Ивана Стриги и Федора Басенка. Скоро и сам великий князь выступил с полками против Шемяки, с которым опять заодно действовал Иван можайский, а с великим князем шли вместе также могущественные союзники – митрополит и епископы. На Волге, в селе Рудине, близ Ярославля, встретились неприятели, но битвы не было, потому что Можайский оставил Шемяку и помирился с Василием, который придал ему Бежецкий Верх. Мы видели, что Бежецкий Верх был отдан Ивану гораздо прежде, в 1447 году, но это нисколько не может заставить нас заподозрить приведенное летописное известие, потому что до нас не дошло никаких известий о причинах, которые побуждали Шемяку и Можайского восставать на великого князя; очень может быть, что у Можайского почему-нибудь было отнято пожалование 1447 года; мы знаем, что еще в феврале 1448 года Можайский чрез посредство тестя своего князя Федора Воротынского вошел в сношения с великим князем литовским Казимиром, требуя помощи последнего для овладения столом Московским, за что обязывался писаться всегда Казимиру братом младшим, уступить Литве Ржеву, Медынь, не вступаться в Козельск и помогать во всех войнах, особенно против татар. Под 1450 годом встречаем новое известие о походе великого князя на Шемяку, к Галичу: 27 января великокняжеский воевода князь Василий Иванович Оболенский напал на Шемяку, который стоял под городом со всею своею силою; Шемяка потерпел страшное поражение и едва мог спастись бегством; Галич сдался великому князю, который посадил здесь своих наместников.
Лишенный удела, Шемяка скрылся сначала в Новгороде, но потом, собравшись с силами, захватил Устюг; земли он не воевал, говорит летописец, но привел добрых людей к присяге, кто же из них не хотел изменить великому князю Василию, тех бросал в реку Сухону, навязавши камень на шею; из Устюга ходил воевать к Вологде. Великий князь, занятый делами татарскими, не мог действовать против Шемяки в 1451 году и только в начале 1452 выступил против него к Устюгу; Шемяка испугался и убежал на реку Кокшенгу, где у него были городки; но преследуемый и там великокняжескими полками, убежал опять в Новгород. В 1453 году отправился туда из Москвы дьяк Степан Бородатый; он подговорил боярина Шемякина Ивана Котова, а тот подговорил повара: Юрьевич умер, поевши курицы, напитанной ядом. 23 июня пригнал к великому князю из Новгорода подьячий Василий Беда с вестию о смерти Шемякиной и был пожалован за это в дьяки.