Оправдаться Филоте не удалось, хотя ни Никомах, ни Кебалин в числе заговорщиков его не называли. Он не мог удовлетворительно объяснить свое молчание. Возбужденные солдаты требовали казни Филота. Ночью по настоянию Гефестиона, Кратера и Кэна Филоту подвергли пытке. Во время чудовищного по своей жестокости допроса Филота рассказал, будто уже в Египте, когда было объявлено о божественности Александра, Парменион и Гегелох (погибший в сражении при Гавгамелах) договорились убить Александра, но только после того, как будет уничтожен Дарий III; потом Филоту заставили признать свое участие в заговоре, В настоящее время трудно судить, насколько показания Филоты, вырванные у него под пыткой, соответствовали действительности. Плутарх называет обвинения, возводившиеся на Филоту, «мириадами клевет».
Александр лично присутствовал при истязании. Лежа за занавеской, он слушал показания Филоты, перемежавшиеся отчаянными воплями и униженными мольбами о пощаде, обращенными к Гефестиону. Александр даже воскликнул: «Таким-то малодушным будучи, Филот, и Трусом, ты посягаешь на подобные дела?!»
Расправившись с заговорщиками, Александр вступил в Бактрию и дав, солдатам короткий отдых, пошел через пустыню, чтобы настигнуть и разгромить еще одного из бунтовщиков — Бесса. Через некоторое время Бесс был схвачен и отдан на расправу ближайшим родственникам Дария. По свидетельству Плутарха, его привязали к верхушкам двух согнутых деревьев, а потом деревья отпустили — и его тело было разорвано пополам.
Затем через Согдию Александр двинулся к реке, которую местные жители называли Орксант (соврем. Сырдарья), а греки ошибочно, хотя со своей точки и вполне последовательно, приняли за Танаис (соврем. Дон). Во время этого перехода македонские фуражиры подверглись нападению согдийцев. Около 30 тыс. повстанцев закрепились на неприступной скале, и македоняне смогли взять ее лишь с огромным трудом и ценой больших потерь. Сам Александр был тяжело ранен в бедро. Оборонявшиеся согдийцы стали жертвой чудовищного избиения. В живых остались и попали в плен примерно 8 тыс. человек. В городах долины Орксанта Александр разместил свои гарнизоны.
В этой местности к Александру прибыли абии-скифы, которых приняли за европейских скифов. Но впоследствии многочисленные мятежи и восстания затруднили исполнение планов Александра. Лишь после того, как македоняне залили семь мятежных городов потоками крови и убили около 120 тыс. согдийцев, Александру удалось укрепить свою власть и основать на берегу Орксанта город. Это была Александрия Крайняя (позже — Ходжент).
Однако меры, принятые Александром, не привели к умиротворению Средней Азии. Сам Александр не мог отлучиться с берегов Орксанта: к реке подошли отряды саков. Последовала стычка, за ней новая, и так до тех пор, пока зимой 328—327 года не была захвачена так называемая Согдийская Скала, среди оборонявшихся и впоследствии сдавшихся было много женщин и детей, в их числе — Роксана, дочь Оксиарта, одного из организаторов восстания.
Александр увидел ее раньше в хороводе на пиру, который Оксиарт, искавший примирения с македонским царем, давал в честь победителя. Влюбился и сделал ее своей женой. Александр восхваляется историкам за то, что не принудил ее к сожительству силой. Это было первое и единственное большое чувство к женщине, которое македонскому завоевателю довелось испытать. Женитьба на Роксане создавала Александру связи в среде согдо-бактрийской аристократии и позволяла привлечь местную знать на его сторону. Брак был заключен по македонскому обычаю: жених и невеста вкусили в присутствии свидетелей от общего хлеба, разрезанного мечом.