Вопросы этногенеза японцев и в настоящее время все еще вызывают споры, рождая самые противоречивые гипотезы и теории, ни одна из которых не в силах объяснить всей совокупности накопленных наукой фактов.
В традиционном японоведении считается, что древнейшую основу населения Японии составляли айны. Их хозяйство базировалось на охоте, рыболовстве, лесном и прибрежном собирательстве. На Хоккайдо к айнам примешивались мигрировавшие туда выходцы с восточного побережья Азиатского материка. На островах Кюсю и Сикоку и на юге Хонсю айнское население смешивалось и ассимилировалось с аустронезийскими племенами.
Эти данные не противоречат мнению отдельных ученых о палеолитическом характере некоторых памятников. Однако они недостаточно обоснованы (находки в провинции Харима и др.). Видимо, уже в V — IV тысячелетиях до н. э. в Японии существовал неолит. Древнейшими неолитическими памятниками Японии являются раковинные кучи, распространенные, главным образом, по тихоокеанскому побережью. По содержимому этих куч можно заключить, что население занималось по преимуществу собирательством и рыбной ловлей. В них встречаются остатки съедобных раковин и рыб, гарпуны, грузила и рыболовные крючки. В более поздних кучах часто встречаются кости пресноводных рыб, оленей, диких свиней, птиц. Вместе с орудиями охоты (обсидиановые наконечники стрел, шлифованные топоры и кинжалы) и рыбной ловли в этих кучах встречается керамика, изготовленная от руки, богато украшенная типичным для ранней Японии веревочным орнаментом (дземон). Глиняные женские статуэтки указывают на существование матриархата. Население жило поселками в больших землянках и хоронило трупы тут же в раковинных кучах. Костяки лежат на спине в скорченном положении, они часто обсыпаны красной охрой. Японский неолит характеризуется сравнительно высоким уровнем развития культуры при общих замедленных темпах этого развития на последнем этапе.
В более передовых, южных районах в I тысячелетии до н. э. в изобилии появляются характерные для позднего неолита шлифовальные орудия, а в погребениях — металлические изделия. Керамика хорошо обожжена, иногда изготовлена на гончарном круге, чаще всего гладкая или с простым орнаментом (тип яей). Население уже заселило внутренние части островов и было знакомо с земледелием и зачатками скотоводства.
С наступлением эпохи металла намечается имущественная дифференциация, на которую указывают погребения в двойных урнах и богатый погребальный инвентарь (бронзовые зеркала, мечи и кинжалы). Эта дифференциация усиливается в так называемую курганную эпоху (ранний железный век).
Этническая принадлежность древнейшего населения архипелага еще не окончательно выяснена. В образовании японской народности приняли участие, как уже указывалось, как айны и другие южные племена, так и — позднее — племена монголо-малайского происхождения.
С середины первого тысячелетия до н. э. на Японские острова через Корейский пролив с юга Корейского полуострова проникают так называемые протояпонские племена. С их приходом на островах появились домашние животные — лошадь, корова, овца, к этому периоду относится и возникновение культуры поливного риса. Процесс культурного развития пришлых племен, их взаимодействие с местным аустронезийско-айнским населением происходили вплоть до V в. Основным направлением хозяйства на Японских островах окончательно стало рисосеяние.
В более поздний период островное население окончательно восприняло из Кореи, а также из Китая элементы китайской и корейской культуры. К этому времени на юге Кюсю завершилась ассимиляция остатков аустронезийского населения. Одновременно начался процесс заселения лесистого севера острова Хонсю. Местное айнское население этого острова частично смешалось с пришельцами, частично было оттеснено на север.
Эти процессы привели к тому, что в настоящее время Япония — одна из самых однородных по этническому составу стран мира, основу нации (более 99 процентов населения) составляют японцы. Айны теперь сохранились лишь на Хоккайдо, их численность не превышает 20 тыс.
История Японии с 1 в. до н. э. известна уже по письменным источникам. Самые ранние сведения содержатся в китайских исторических памятниках: в «Истории Старшей династии Хань» и «Истории Младшей династии Хань» сообщаются сведения о Японии I в. до н. э. — II в. н. э., в «Истории Вэй» (Вэйчжи) и «Истории Сун» (Суншу) — сведения о Японии II — V вв. н. э. Японские хроники «Кодзики» (VIII в. н. э.) и «Нихонги» (VIII в. н. э.) более подробны, нежели китайские, в том, что касается самой Японии, но менее точны. Хронология их весьма запутана и до VI в. н. э. мало достоверна. Кроме того, в них много более поздних наслоений.