Миновало около двух недель после Шелонской битвы, которая произвела в Новогородцах неописанный ужас. Они надеялись на Казимира и с нетерпением ждали вестей от своего Посла, отправленного к нему через Ливонию, с усильным требованием, чтобы Король спешил защитить их; но сей Посол возвратился и с горестию объявил, что Магистр Ордена не пустил его в Литву. Уже не было времени иметь помощи, ни сил противиться Иоанну. Открылась еще внутренняя измена. Некто, именем Упадыш, тайно доброхотствуя Великому Князю, с единомышленниками своими в одну ночь заколотил железом 55 пушек в Новегороде: правители казнили сего человека; несмотря на все несчастия, хотели обороняться: выжгли посады, не жалея ни церквей, ни монастырей; учредили бессменную стражу: день и ночь вооруженные люди ходили по городу, чтобы обуздывать народ; другие стояли на стенах и башнях, готовые к бою с Москвитянами. Однако ж миролюбивые начали изъявлять более смелости, доказывая, что упорство бесполезно; явно обвиняли друзей Марфы в приверженности к Литве и говорили: «Иоанн перед нами; а где ваш Казимир?» Город, стесненный Великокняжескими отрядами и наполненный множеством пришельцев, которые искали там убежища от Москвитян, терпел недостаток в съестных припасах: дороговизна возрастала; ржи совсем не было на торгу: богатые питались пшеницею; а бедные вопили, что Правители их безумно раздражили Иоанна и начали войну, не подумав о следствиях. Весть о казни Димитрия Борецкого и товарищей его сделала глубокое впечатление как в народе, так и в чиновниках: доселе никто из Великих Князей не дерзал торжественно казнить первостепенных гордых Бояр Новогородских. Народ рассуждал, что времена переменились; что Небо покровительствует Иоанна и дает ему смелость вместе со счастием: что сей Государь правосуден: карает и милует; что лучше спастися смирением, нежели погибнуть от упрямства. Знатные сановники видели меч над своею головою: в таком случае редкие жертвуют личною безопасностию правилу или образу мыслей. Самые усердные из друзей Марфиных, те, которые ненавидели Москву по ревностной любви к вольности отечества, молчанием или языком умеренности хотели заслужить прощение Иоанново. Еще Марфа силилась действовать на умы и сердца, возбуждая их против Великого Князя: народ видел в ней главную виновницу сей бедственной войны; он требовал хлеба и мира.
Холмский, Псковитяне и сам Иоанн готовились с разных сторон обступить Новгород, чтобы совершить последний удар: не много времени оставалось для размышления. Сановники, граждане единодушно предложили нареченному Архиепископу Феофилу быть ходатаем мира. Сей разумный Инок со многими Посадниками, Тысячскими и людьми Житыми всех пяти Концов отправился на судах озером Ильменем к устью Шелони, в стан Московский. Не смея вдруг явиться Государю, они пошли к его Вельможам и просили их заступления: Вельможи просили Иоанновых братьев, а братья самого Иоанна. Чрез несколько дней он дозволил Послам стать пред лицом своим. Феофил вместе со многими духовными особами и знатнейшие чиновники Новогородские, вступив в шатер Великокняжеский, пали ниц, безмолвствовали, проливали слезы. Иоанн, окруженный сонмом Бояр, имел вид грозный и суровый. «Господин, Князь Великий! – сказал Феофил: – утоли гнев свой, утиши ярость; пощади нас, преступников, не для моления нашего, но для своего милосердия! Угаси огнь, палящий страну Новогородскую; удержи меч, лиющий кровь ее жителей!» Иоанн взял с собою из Москвы одного ученого в летописях Дьяка, именем Стефана Бородатого, коему надлежало исчислить перед Новогородскими Послами все древние их измены; но Послы не хотели оправдываться и требовали единственно милосердия. Тут братья и Воеводы Иоанновы ударили челом за народ виновный; молили долго, неотступно (11 августа). Наконец Государь изрек слово великодушного прощения, следуя, как уверяют Летописцы, внушениям Христианского человеколюбия и совету Митрополита Филиппа помиловать Новогородцев, если они раскаются; но мы видим здесь действие личного характера, осторожной политики, умеренности сего Властителя, коего правилом было: не отвергать хорошего для лучшего, не совсем верного.