Новогородцы не взяли участия в сей войне и даже явно доброжелательствовали Ордену: в досаду им Псковитяне отложились от их Архиепископа, хотели иметь своего особенного Святителя и просили о том Великого Князя. Еще Новгород находился в дружелюбных сношениях с Москвою и слушался ее Государя: благоразумный Иоанн ответствовал Псковитянам: «В деле столь важном я должен узнать мнение Митрополита и всех Русских Епископов. Вы и старшие братья ваши, Новогородцы, моя отчина, жалуетесь друг на друга; они требовали от меня Воеводы, чтобы смирить вас оружием: я не велел им мыслить о сем междоусобии, ни задерживать ваших Послов на пути ко мне; хочу тишины и мира; буду праведным судиею между вами». Сказав, совершил дело миротворца. Псковитяне возвратили церковные земли Архиепископу Ионе и взаимными клятвами подтвердили древний союз братский с Новогородцами. Чрез несколько лет Духовенство Псковское, будучи весьма недовольно правлением Ионы, обвиняемого в беспечности и корыстолюбии, хотело без его ведения решить все церковные дела по Номоканону и с согласия гражданских чиновников написало судную для себя грамоту; но Великий Князь вторично вступился за древние права Архиепископа: грамоту уничтожили, и все осталось, как было.
Три года Иоанн властвовал мирно и спокойно, не сложив с себя имени данника Ординского, но уже не требуя милостивых ярлыков от Хана на достоинство Великокняжеское и, как вероятно, не платя дани, так что Царь Ахмат, повелитель Волжских Улусов, решился прибегнуть к оружию; соединил все силы и хотел идти к Москве. Но счастие, благоприятствуя Иоанну, воздвигло Орду на Орду: Хан Крымский, Ази-Гирей, встретил Ахмата на берегах Дона: началася кровопролитная война между ими, и Россия осталась в тишине, готовясь к важным подвигам.
(1466—1467 гг.) Кроме внешних опасностей и неприятелей, юный Иоанн должен был внутри Государства преодолеть общее уныние сердец, какое-то расслабление, дремоту сил душевных. Истекала седьмая тысяча лет от сотворения мира по Греческим хронологам: суеверие с концом ее ждало и конца миру. Сия несчастная мысль, владычествуя в умах, вселяла в людей равнодушие ко славе и благу отечества; менее стыдились государственного ига, менее пленялись мыслию независимости, думая, что все ненадолго. Но печальное тем сильнее действовало на сердца и воображение. Затмения, мнимые чудеса ужасали простолюдинов более, нежели когда-нибудь. Уверяли, что Ростовское озеро целые две недели страшно выло всякую ночь и не давало спать окрестным жителям. Были и важные, действительные бедствия: от чрезвычайного холода и морозов пропадал хлеб в полях; два года сряду выпадал глубокий снег в мае месяце. Язва, называемая в летописях железою, еще искала жертв в России, особенно в Новогородских и Псковских владениях, где, если верить исчислению одного Летописца, в два года умерло 250652 человека; в одном Новегороде 48402, в монастырях около 8000. В Москве, в других городах, в селах и на дорогах также погибло множество людей от сей заразы.
Огорчаясь вместе с народом, Великий Князь сверх того имел несчастие оплакать преждевременную смерть юной, нежной супруги, Марии. Она скончалась внезапно: Иоанн находился тогда в Коломне: мать его и Митрополит погребли ее в Кремлевской церкви Вознесения (где со времен Василия Димитриевича начали хоронить Княгинь). Сию неожидаемую кончину приписывали действию яда, единственно потому, что тело умершей вдруг отекло необыкновенным образом. Подозревали жену Дворянина Алексея Полуевктова, Наталью, которая, служа Марии, однажды посылала ее пояс к какой-то ворожее. Доказательства столь неверные не убедили Великого Князя в истине предполагаемого злодейства; однако ж Алексей Полуевктов шесть лет не смел показываться ему на глаза.
К горестным случаям сего времени Летописцы причисляют и то, что Первосвятитель Феодосий, добродетельный, ревностный, оставил Митрополию. Причина достопамятна. Набожность, питаемая мыслию о скором преставлении света, способствовала неумеренному размножению храмов и Священнослужителей: всякий богатый человек хотел иметь свою церковь. Празднолюбцы шли в Диаконы и в Попы, соблазняя народ не только грубым невежеством, но и развратною жизнию. Митрополит думал пресечь зло: еженедельно собирал их, учил, вдовых постригал в Монахи, распутных лишал сана и наказывал без милосердия. Следствием было, что многие церкви опустели без Священников. Сделался ропот на Феодосия, и сей Пастырь строгий, но не весьма твердый в душе, с горести отказался от правления. Великий Князь призвал в Москву своих братьев, всех Епископов, духовных сановников, которые единодушно избрали суздальского святителя, Филиппа, в Митрополиты; а Феодосий заключился в Чудове монастыре и, взяв в келию к себе одного прокаженного, ходил за ним до конца жизни, сам омывая его струпы. Россияне жалели о Пастыре столь благочестивом и страшились, чтобы Небо не казнило их за оскорбление святого мужа.