Монастыри по-прежнему продолжают содействовать заселению пустынных пространств. Игумен Феодор построил пустыньку на лесу черном, диком между Вологодским, Каргопольским и Важским уездами; по его челобитью государь в 1546 году пожаловал, велел тот лес расчищать на все стороны от монастыря по двенадцати верст, займище распахивать и людей призывать; призванное народонаселение, по обычаю, получило известные льготы. Иногда монастырь основывался вследствие челобитья народонаселения целой страны; так, в 1580 году с Вятки, из города Хлынова, выборные судьи и все земские люди прислали к царю от всей земли челобитную, что вятские города от московских городов далеко, а монастыря во всей Вятской земле нет, престарелым и увечным людям постригаться негде, а иные при смерти постричься желают, и потому они хотят устроить у себя монастырь, в строители излюбили Пыскорского монастыря постриженника старца Трифона, а земля у них есть: наместничьи деревни стоят пустые, не пашет их никто.
Северные пустынные монастыри продолжали воспитывать в своих иноках твердость духа в борьбе против явлений нехристианских. В страшную эпоху кровавой борьбы и насилий торжествующего начала самый отдаленный на севере монастырь Соловецкий выслал в Москву в митрополиты своего игумена, который не усомнился поднять голос за милосердие: ряд знаменитых московских иерархов, столько содействовавших усилению Москвы, установлению единодержавия и признанных церковью святыми, заключился великим мучеником за священное право печалования о падших, слабых. Иоанн в послании из Александровской слободы к московскому народу жалуется, что духовенство печалуется за людей, по его мнению, недостойных; но любопытно, что здесь царь не упоминает о митрополите; с Филиппа Иоанн взял обещание не вступаться в опричнину и в домовый царский обиход, но о печаловании не было упомянуто ни слова; казанскому архиепископу Гурию печалование было предписано как средство привлекать татар к принятию христианства. Ходатайство митрополита Макария принималось в уважение царем и прямо выставлялось как побуждение к оказанию какой-нибудь милости, исполнению какой-нибудь, просьбы; так, царь писал новгородским дьякам: «О жене князя Богдана Корецкого поминал нам отец наш Макарий, митрополит всея Руси, чтоб нам ее пожаловать, из мужнего поместья велеть дать земли на прожиток: и я, для отца своего Макария митрополита, ее пожаловал, велел ей из мужнего поместья отделить 15 обеж». Для митрополита же пожалован был новгородский помещик Курцов, не велено было отнимать у него старого поместья: по просьбе новгородского архиепископа Пимена и митрополита Макария уменьшен был денежный взыск с князя Ивана Буйносова-Ростовского. Хотя митрополит на просьбы литовских панов о посредничестве для заключения мира обыкновенно отвечал, что он в эти дела не входит, знает только свои церковные дела, однако мы встречаем известие, что государь совещался с митрополитом о делах вовсе не церковных; так, в 1550 году государь приговорил с митрополитом, братьями и боярами, где быть на службе боярам и воеводам по полкам.
Свержение Филиппа с митрополии вследствие столкновений с опричниною не было первым примером в XVI веке: великий князь Василий свергнул митрополита; в малолетство Иоанна свергнуты были два митрополита. До нас дошел чин поставления митрополита Иоасафа; здесь сначала сказано: «Князь великий Иван Васильевич всея России с своими богомольцами, архиепископом Макарием Великого Новгорода и Пскова, с епископами, со всем освященным собором, с старцами духовными и всеми боярами, избрал на митрополию духовного старца Троицкого Сергиева монастыря игумена Иоасафа и нарек его митрополитом всея России». После этого наречения государь пошел к соборной церкви Успения с нареченным митрополитом, со всем духовенством и боярами; нареченного пред государем вели два епископа под руки; приложившись к образам и мощам, государь пошел на митрополичий двор, где архиепископ и епископы посадили нареченного на уготованном месте. Потом в приведенном акте говорится, что в тот же самый день (февраля 6 1539 года) в соборной церкви Успения, в приделе Похвалы богородицы, по совету архиепископа Макария сели епископы-рязанский, тверской, сарский и пермский-и выбрали на митрополию по писанию книжному. По ошибка в числе поправляется другим актом, где говорится о форме избрания: февраля 5 означенные епископы, имея с собою волю и хотение остальных епископов русских, избрали на митрополию киевскую, владимирскую и всея России троих: чудовского архимандрита Иону, троицкого игумена Иоасафа, новгородского хутынского игумена Феодосия; запечатавши имена их, отдали архиепископу Макарию, который, помолившись, распечатал и нарек митрополитом Иоасафа.