В последующие годы Преосвященный Игнатий в письмах своих к о. Леониду (Краснопевкову) постоянно интересовался здоровьем Митрополита Филарета: «Уведомьте меня о здоровье Высокопреосвященнейшего Митрополита и о Вашем». И благодарил за сообщения: «Искренне благодарю Вас за уведомление о здравии Высокопреосвященнейшего Митрополита. Немудрено, что прозорливый старец ведет самую уединенную жизнь: из тишины своей келлии он видит те тучи, которые скопляются на горизонте»; «Весьма благодарю Вас за известие о Высокопреосвященнейшем Митрополите. Всеблагий Господь да подкрепит его силы в настоящее трудное время, в которое начинают заигрывать многоразличные бури».
Первое время по прибытии в Ставрополь Преосвященный Игнатий выражал удовлетворение своим перемещением: «Хотя здесь место новое и почти все надо заводить; хотя я страдаю от необычно суровой зимы, от особенного неудобства в помещении, но я спокоен и потому доволен». Но очень скоро он начал замечать противодействие своим распоряжениям по благоустройству Епархии со стороны ректора семинарии и некоторых членов Консистории.
Главным преткновением между ним и ректором семинарии архимандритом Германом был вопрос о преподавании осетинского и татарского языков, «общеупотребительных между горскими народами». В 1859 г., во время поездки епископа Игнатия по епархии, ректор Герман сделал самовольное распоряжение об отмене {стр. 12} при начале нового курса преподавания этих языков, заменив их изучением французского и латинского. Осенью 1859 г. ректора Германа перевели на ту же должность в Самару.
В «Полном жизнеописании святителя Игнатия Кавказского» написано: «В бытность епископа Игнатия на Кавказе митрополит [Филарет] принял под свое покровительство партию лиц, совокупившихся для противодействия епископу [Игнатию], под главным руководством протоиерея Крастилевского и ректора семинарии Епифания Избитского» [9].
Епифаний Избитский, из дворян Киевской губернии, римско-католического вероисповедания, недавно принявший православие и монашество, после отъезда архимандрита Германа в Самару занял его место в Ставрополе. Вначале «он показывал большую деятельность по должности своей» и епископ Игнатий ввел его «в лучшие отношения с местными властями гражданского ведомства». Но почувствовав уверенность в своем положении, он, якобы пользуясь покровительством Митрополита Филарета, начал интриговать против Епископа и вообще вести себя недостойно. А вот что пишет по поводу Епифания сам епископ Игнатий Преосвященному Леониду: «Письмо Ваше я храню как сокровище. Оно и есть сокровище. В нем показаны самые верные отношения Епископа к Ректору и Ректора к Епископу. Как эти отношения установил у себя и этих отношений постоянно держится мудрый и опытный Святитель Московский, то я счел обязанностию своею держаться их и держаться постоянно в сношениях моих с Архимандритом Епифанием. На днях я счел долгом моим показать благодетельное письмо Архимандриту, чтоб он увидел из письма тот образ мыслей, который имеют в Москве о обязанностях Ректора пред его Епархиальным Архиереем». В следующем письме: «О. Ректор Епифаний написал просительное письмо к г-ну Синодальному Обер-Прокурору о перемещении своем отсюда по неспособности выносить здешний климат. Я советовал написать ему и к Первосвятителю Московскому, что он, как говорит, и исполнил. И я писал к Его Высокопреосвященству, прося Его не оставить о. Епифания. Вместе с тем о. Ректор подал в Семинарское правление записку о своей болезненности; несмотря на эту болезненность, я просил его посещать меня от времени до времени, полагая, что моя беседа, не имеющая другого достоинства, кроме благонамеренности, может успокаивать дух его, в чем он очень нуждается. Усмотрев, {стр. 13} что он приходит в совершенное исступление и самозабвение в то время, как подвергается вспыльчивости, что в это состояние он приводится другими и не замечает того, — я заключил, что он неспособен к должности Ректора. Недавно он сам высказал эту мысль: слава Богу, если он говорит искренно. Понять свою неспособность — великое благо! Очень понимаю, как Вы пишете, что один Первосвятитель старался и старается ввести в Высшую Иерархию новый элемент. Такое мнение разделял и наш покойный Митрополит Григорий. Но, кажется, одной Особе Вашего Преосвященства суждено оправдать избрание и мысль Московского Первосвятителя».
По поводу действий члена Консистории протоиерея Крастилевского епископу Игнатию пришлось не один раз обращаться в Святейший Синод. Смысл сводился к тому, что Крастилевский, имея от природы своевольный и дерзкий характер, при предшественнике епископа Игнатия «навык властвовать неограниченно над Епископом, Консисториею и епархиею». Епископ Игнатий входил в Святейший Синод с представлением об увольнении Крастилевского от звания члена Консистории, и представление это было удовлетворено. Но Крастилевский, «как человек весьма коварный и довольно знающий дело, избрал путь интриги, увлекая действовать в свою пользу людей посторонних». Исходя из таких обстоятельств, Преосвященный Игнатий направил в Святейший Синод отношение, в котором представил необходимость перемещения Крастилевского в другую епархию. В «Полном жизнеописании святителя Игнатия» утверждается, что «Преосвященный митрополит Филарет вскоре затем явно взял сторону врагов епископа» [10], и что «жена Крастилевского нашла доступ и покровительство своему супругу у Митрополита Филарета Московского» [11]. Успешное влияние их интриг выразилось в том, что отношение епископа Игнатия «осталось без последствий». Из этого утверждения создается впечатление, что 77-летнему «прозорливому старцу» Митрополиту Филарету, при всей его громадной занятости, при его ответственном отношении к своему сану, при частых недомоганиях, только и дела было, что покровительствовать какому-то протоиерею в его интригах против епископа Игнатия.
Л. А. Соколов, однако, в своей монографии полностью воспроизводит документы, которые свидетельствуют, что отношение, посланное Преосвященным Игнатием в Св. Синод, не осталось {стр. 14} без внимания и что Митрополит Филарет отнюдь не принял сторону его врагов:
«17 ноября 1860 года, граф А. П. Толстой писал С. П. Урусову, находившемуся в то время в Москве: «препровождая к Вашему Сиятельству заготовленный о протоиерее Константине Крастилевском проект Синодального протокола, покорнейше прошу Вас представить его на усмотрение Высокопреосвященнейшего Митрополита Филарета и просить его мнения: следует ли вообще отказывать в ходатайствах епархиальных Преосвященных об удалении из вверенных им епархий духовных лиц потому только, что к обвинению сих лиц нет юридических доказательств» [12].
Митрополит Филарет еще в молодые годы отличался рассудительностью в судебно-административных делах. «Он очень разумно подходил к решению важных вопросов, связанных с вынесением приговора провинившимся» [13]. Тем более осторожно и рассудительно он подошел к делу, касавшемуся такого близкого ему лица, как Преосвященный Игнатий. Он очень внимательно изучил документы и 24 ноября 1860 г. отправил к графу А. П. Толстому следующее заключение: