Наконец и главное ополчение выступило из Ярославля. Отслужив молебен в Спасском монастыре у гроба ярославских чудотворцев (знаменитого князя Федора Ростиславича Черного и сыновей его Давида и Константина), взяв благословение у митрополита Кирилла и у всех властей духовных, Пожарский вывел ополчение из Ярославля. Отошедши 7 верст от города, войско остановилось на ночлег. Здесь Пожарский сдал рать князю Ивану Андреевичу Хованскому и Кузьме Минину, приказав идти в Ростов и ждать его там, а сам с немногими людьми поехал в Суздаль, в Спасо-Евфимиев монастырь, проститься у гробов родительских, после чего, как было условлено, нагнал рать в Ростове. В этом городе к ополчению присоединилось еще много ратных людей из разных областей, так что Пожарский мог послать отряд под начальством Образцова в Белозерск на случай враждебного движения шведов. Нужно было сделать еще важное распоряжение: митрополит Кирилл, который в Ярославле был посредником, примирителем ссор между воеводами, остался в своей епархии, нужно было под Москвою иметь такое же лицо, тем более что предвиделись распри еще большие вследствие соседства Трубецкого и Заруцкого. И вот 29 июля Пожарский от имени всех чинов людей написал к казанскому митрополиту Ефрему: «За преумножение грехов всех нас, православных христиан, вседержитель бог совершил ярость гнева своего в народе нашем, угасил два великие светила в мире: отнял у нас главу Московского государства и вождя людям, государя царя и великого князя всея Руси, отнял и пастыря и учителя словесных овец стада его, святейшего патриарха московского и всея Руси; да и по городам многие пастыри и учители, митрополиты, архиепископы и епископы, как пресветлые звезды, погасли, и теперь оставил нас сиротствующих, и были мы в поношение и посмех, на поругание языков; но еще не до конца оставил нас сирыми, даровал нам единое утешение, тебя, великого господина, как некое великое светило положи на свешнице в Российском государстве сияющее. И теперь, великий господин! немалая у нас скорбь, что под Москвою вся земля в собранье, а пастыря и учителя у нас нет; одна соборная церковь Пречистой богородицы осталась на Крутицах, и та вдовствует. И мы, по совету всей земли, приговорили: в дому Пречистой богородицы на Крутицах быть митрополитом игумену Сторожевского монастыря Исаии: этот Исаия от многих свидетельствован, что имеет житие по боге. И мы игумена Исаию послали к тебе, великому господину, в Казань и молим твое преподобие всею землею, чтоб тебе, великому господину, не оставить нас в последней скорби и беспастырных, совершить игумена Исаию на Крутицы митрополитом и отпустить его под Москву к нам в полки поскорее, да и ризницу бы дать ему полную, потому что церковь Крутицкая в крайнем оскудении и разорении».
По известиям русских летописцев, Заруцкий, услыхав, что ополчение двинулось из Ярославля, собрался с преданными ему козаками, т. е. почти с половиною всего войска, стоявшего под Москвою, и двинулся в Коломну, где жила Марина с сыном; взявши их и выгромив город, пошел на рязанские места и, опустошивши их, стал в Михайлове. Поляки рассказывают иначе причину, побудившую Заруцкого оставить подмосковный стан: по их словам, Ходкевич, стоя в Рогачеве, завел сношения с Заруцким, склоняя его разными обещаниями перейти на сторону королевскую. Посредником был один из войска Сапеги, именем Бориславский, который явился в подмосковный стан, объявивши, что недоволен гетманом и службою королевскою и хочет служить у русских. Последние поверили, но один поляк, Хмелевский, также убежавший из польского стана, открыл Трубецкому о переговорах Бориславского с Заруцким. Бориславского взяли на пытку, жгли огнем, и он погиб в муках, а Заруцкий счел за лучшее уйти из стана под Коломну. Козаки, оставшиеся с Трубецким под Москвою, отправили атамана Внукова в Ростов просить Пожарского идти поскорее под Москву; но это посольство имело еще другую цель: козаки хотели разведать, не затевает ли ополчение чего-нибудь против них? Но Пожарский и Минин обошлись со Внуковым и товарищами его очень ласково, одарили деньгами и сукнами и отпустили под Москву с известием, что идут немедленно, и действительно, вслед за ними двинулись через Переяславль к Троицкому монастырю.