Однако издание «Рассказа старшего садовника» было отложено «Посредником» надолго. В 1899 г. вопрос этот осложнился из-за контракта, заключенного Чеховым с А. Ф. Марксом. 27 января 1899 г. Горбунов-Посадов писал Чехову: «…я решился, не зная, унолномачив<аете> ли Вы меня на это, написать ему <П. А. Сергеенко>, чтобы, если возможно, он оговорил у Маркса для „Посредника“ право издавать <…> напечатанные Вами у нас для народа рассказы и 3 еще не напеч<атанных>, но готовящихся <…> Готовящ<иеся>: 1) Тоска 2) Рассказ садовника 3) В ссылке» (ГБЛ). Очевидно, договоренность не была достигнута, так как 1 февраля было подписано, в дополнение к контракту, «неустоечное обязательство», по которому Чехов должен был платить Марксу «пять тысяч рублей за каждый печатный лист своих произведений», если окажется, что «какие-либо уступлены кому-либо для дальнейшего пользования» (ГБЛ, ф. 360. I. 90). В следующем письме Горбунова-Посадова, от 22 февраля 1899 г., уже идет речь о возврате Чехову текста «Рассказа старшего садовника» (рукописи или газетной вырезки с авторской правкой — неясно): «„Садовника“ не прислал Вам, потому что не мог его найти, — но он непременно у меня, я это знаю. Теперь я предпринял разборку всего нашего архива тщательнейшую (это продолжают в Москве без меня — я не успел сдел<ать>, п<отому> что в Москве захворал) — и в конце первой недели обяз<ательно> найду и вышлю Вам» (ГБЛ). В дальнейшем об этом тексте в переписке Чехова с Горбуновым-Посадовым не упоминается.
В 1901 г. текст рассказа был просмотрен Чеховым для сборника «На трудовом пути». Чехов читал корректуру, как это видно из письма к нему Н. А. Соловьева-Несмелова от 2 октября 1901 г.: «…направляю к Вам на минуту нашу барышню-секретаршу по „Детскому чтению“; она передаст Вам корректуру Вашего рассказа „Рассказ старшего садовника“ <…> где помечено карандашом легонько то, на что просим обратить Ваше внимание ввиду характера сборника, назначаемого для юношества и подростков» (ГБЛ). Чехов сделал несколько исправлений, из них одно — и ответ на пожелание редакции в связи с педагогическим назначением сборника: слова «развратною жизнью» заменены на «нехорошею жизнью». Остальные авторские исправления не имели вынужденного характера — они коснулись союзов, предлогов, порядка слов. Тем не менее эти исправления не были учтены Чеховым при подготовке «Рассказа старшего садовника» для собрания сочинений; текст набирался с газеты «Русские ведомости». Из восьми случаев исправлений рассказа для сборника только в одном случае тексты сборника и собрания сочинений совпадают: «не хочет ли он есть» вместо «не хочет ли он кушать» (текст «Русских ведомостей»). Однако ясно, что эта замена была бы произведена Чеховым и независимо от текста 1901 г.
При просмотре текста для собрания сочинений Чехов сделал два сокращения — снял описание приступа кашля у доктора, а также его раздумья о смерти. Одна вставка относилась к главной мысли рассказа — после «побуждает любить и уважать каждого человека» было повторено: «Каждого!»; две другие усиливали разговорную интонацию в рассказе старшего садовника выражениями «Не так ли?» и «понятное дело». Остальные поправки касались союзов, предлогов, курсива.
Место «Рассказа старшего садовника» в собрании сочинений определилось не сразу и многократно менялось. Первоначально Чехов просмотрел текст рассказа весной 1899 г. (см. письмо от 21 мая 1899 г. Ю. О. Грюнбергу). Из-за неразберихи в издании А. Ф. Маркса корректура «Рассказа старшего садовника» неоднократно прошла через руки Чехова (см. письмо от 9 августа 1900 г. Марксу). 13 июня 1901 г. Маркс запросил Чехова относительно десяти рассказов, «не помещенных в напечатанных уже томах и не значащихся также в оглавлении содержания следующих томов» (ГБЛ); среди этих рассказов упомянут и «Рассказ старшего садовника». В письме Марксу от 9 июля 1901 г. Чехов отнес этот рассказ к VIII тому, однако 8 октября 1901 г. он сообщил А. Е. Розинеру о перемене решения: «„Рассказ старшего садовника“ войдет в X том <…> когда мною будут высланы новые произведения в количестве, достаточном для тома». Том X составила книга «Остров Сахалин», и «Рассказ старшего садовника» не вошел в 1-е издание собрания сочинений. 19 марта 1903 г. Маркс предложил «включить в новое издание, прилагаемое при „Ниве“», девять рассказов, назначенных для XI тома отдельного издания, и в числе их «Рассказ старшего садовника» (ГБЛ). 28 марта 1903 г. Маркс выслал Чехову корректуру этих девяти рассказов (его письмо Чехову — ГБЛ). 14 апреля 1903 г. Чехов возвратил корректуру, но не удовлетворился ею, так как 26 апреля 1903 г. Маркс писал: «Согласно Вашему желанию посылаю Вам еще раз корректуру девяти рассказов…» (ГБЛ). В конце концов «Рассказ старшего садовника» вошел в т. XII второго издания собрания сочинений — этот текст и является последним авторизованным.