Особенное внимание Чертков уделял положению лиц, отказывающихся по религиозным убеждениям от военной службы и подвергавшихся за это таким мучительствам, которые не могли быть оправданы даже с точки зрения правительственных интересов. Участь Евдокима Дрожжина, в конце концов замученного на смерть в воронежском дисциплинарном батальоне, и других, шедших по тому же пути, вызывали с его стороны настойчивые обращения к высшим властям, с использованием всех прежних связей, но обычно это ни к чему не приводило. В 1895 г. на Кавказе началось движение среди духоборцев (или духоборов, как их чаще называют) с массовым отказом от военной службы и торжественным сожжением всего имеющегося у них оружия на кострах. Это вызвало дикую расправу с ними со стороны представителей власти, массовые заключения в тюрьмы, сечение колючими розгами, расселение нескольких тысяч семей по пустынным углам Кавказа, где они гибли от брюшного тифа и малярии. Захваченный всем происшедшим так же, как и Толстой и другие близкие ему люди, Чертков изложил свой взгляд на дело в брошюре «Напрасная жестокость». Она была размножена гектографическим способом и разослана им правительственным лицам, а затем в 1896 г. нелегально отпечатана им в Лондоне, в типографии Вольной русской прессы. Несколько времени спустя, в декабре того же 1896 г., Чертков вместе с П. И. Бирюковым и И. М. Трегубовым составили и подписали касающееся положения духоборов воззвание к обществу под заглавием «Помогите». Так же как и предыдущая брошюра, оно было разослано в большом числе экземпляров членам правительства и общественным деятелям, а в начале 1897 года вышло с послесловием Толстого в Лондоне, как издание Черткова. В январе 1897 г. Бирюков и Чертков написали новую брошюру на ту же тему — «Положение духоборов на Кавказе в 1896 г. и необходимые средства облегчения их участи», где осуждение правительственных действий было высказано еще откровеннее. Но уже через неделю после ее написания деятельность ее авторов на русской почве была пресечена постановлением Комитета Министров.
На 3 февраля находившийся в Петербурге Чертков был вызван по неизвестному ему поводу к министру внутренних дел Горемыкину и готовился итти к нему с сообщением о духоборах. Однако с утра 2 февраля в занимаемое Чертковым помещение, в Галерной гавани, нагрянули с длительным обыском. Протокола этого обыска Чертков не подписал, Горемыкина же известил письмом, что после происшедшего в квартире его, Черткова, «нападения и ограбления» он не поедет к нему. На следующий день Горемыкин приехал к Е. И. Чертковой, чтобы сообщить ей, что Комитет Министров, признавая сына ее виновным в пропаганде и незаконном вмешательстве в дела о сектантах, постановил сослать его в Сибирь, но так как императрица-мать, узнав об этом, просила Николая II смягчить это решение в память дружбы ее и Александра III к его родителям, то В. Г. Черткову предоставляется выбрать между высылкой под надзор полиции в Прибалтийский край или, на неопределенный срок, за границу. Запрошенный матерью, Чертков ответил, что предпочитает уехать за границу. Одновременно с Чертковым были высланы, в Прибалтийский край, Бирюков и Трегубов. 13 февраля 1897 г. Чертковы уехали в Англию, проведя перед тем несколько дней с Толстым, который, узнав об их высылке, поспешил приехать проститься с ними в Петербург.
Чертковы прожили в Англии около одиннадцати лет, шире прежнего развертывая ту деятельность, которая была прекращена в России. По приезде в Лондон, Чертков издал там вышеуказанную брошюру, написанную им вместе с Бирюковым, — «Положение духоборов на Кавказе». В том же году он написал и напечатал посвященную духоборам брошюру на английском языке «Christian martyrdom in Russia» со статьей Толстого. В 1898 г., поселившись близ городка Пэрлей, в Эссексе, он выпустил небольшую книжку свою, под заглавием «Где брат твой? Об отношении русского правительства к людям, не могущим становиться убийцами». Но положение духоборов, продолжающее волновать Толстого и всех близких ему, требовало и чисто практической помощи: значительная часть их была выселена в Якутскую область, другая часть погибала на Кавказе, но в начале 1898 г. им удалось выхлопотать, через императрицу-мать, разрешение на выезд за границу. Необходимо было отыскать земли, куда можно было бы поселить до 7000 людей, и собрать средства для их переселения. Об этом Толстой писал Черткову в марте 1898 г. В то время как сам он занялся изысканием и собиранием этих средств, живя в России, Черткову удалось заинтересовать данным вопросом английских квакеров, которые были близки духоборам по религиозным убеждениям и имели постоянную организацию для помощи гонимым за религиозные убеждения в разных странах. Для переселения духоборов квакеры образовали особый Комитет с участием Черткова. Часть духоборов была временно поселена на острове Кипре, а затем для них были отысканы более подходящие земли в Канаде, куда они и были, наконец, перевезены.
Деятельность Черткова по переселению духоборов продолжалась два года. Одновременно он продолжал собирать, путем письменных и личных сношений, материалы, касающиеся других течений в русском сектантстве, образовав специальный архив по сектантскому движению, заключавший в себе к 1902 г. уже около 4000 документов.
Но главным делом Черткова в Англии было распространение запрещенных в России сочинений Толстого и общих с ним идей христианского анархизма. Уже в 1897 г. им были изданы отдельными брошюрами на русском языке несколько произведений Толстого, написанных в 1896 г.: «Как читать Евангелие и в чем его сущность», «Приближение конца», «Христианское учение», «Об отношении к государству» (три письма), а также более ранний труд его «Царство Божие внутри вас». Всё вновь написанное Толстым немедленно пересылалось Черткову в подлинниках или копиях и немедленно издавалось и тотчас же переводилось для издания на английском языке — самим Чертковым, по большей части вместе с английской писательницей И. Ф. Мэйо или А. К. Файфильдом, который сделался помощником Черткова в основанном им английском издательстве под фирмой «Free Age Press». За время пребывания Черткова в Англии это издательство выпустило в свет, считая небольшое число повторных изданий, свыше 60 номеров крупных и мелких произведений Толстого и некоторых близких к нему авторов, причем на каждом выпуске значилось, что перепечатка его разрешается безвозмездно всем желающим. Большая часть их действительно перепечатывалась. С 1899 г., со времени напечатания романа «Воскресенье», Чертков сделался уполномоченным Толстого в отношении всех лиц, желавших переводить его произведения и издавать их на иностранных языках.
Русское издательство Черткова, получившее с конца 1898 г. название «Свободного слова», тоже разрасталось. Поселившись в 1901 г. около г. Крайстчерч, в 150 километрах от Лондона, Чертков оборудовал там на средства, полученные от его, матери, русскую типографию и предпринял издание «Полного собрания сочинений Л. Н. Толстого, запрещенных в России», — первоначально в 10 томах. В то же время издательство продолжало печатать отдельными выпусками и вновь выходящие произведения Толстого. Но деятельность Черткова развивалась и в других направлениях. Уже в 1901 г. Чертковы стали издавать журнал «Свободное слово» (приблизительно 6 книжек в год) и «Листки свободного слова». В каждом № журнала помещались: 1) сведения о Толстом или отрывки из его неизданных писаний (из его дневника, из частных писем и т. п.); 2) обильные материалы о движениях в русском сектантстве и гонениях на него, об отказах от присяги и военной службы как в России, так и в других странах; 3) теоретические статьи по вопросам христианского анархизма («Что такое анархизм» — в №№ 8—13, «О власти» — в №№ 11—13, «Бескровное разрушение» в № 8 и т.п.); 4) многочисленные отклики на явления социально-политического характера в России и отчасти за границей, рассматриваемые с точки зрения христианского анархизма. Многие из этих заметок писал сам Чертков («Дело Павловских крестьян — в №№ 1 и 3, «Случай с Балтийской эскадрой» — в связи с начавшейся войной на Дальнем Востоке — в № 13, «Толстой и японцы» в №16, «О гурийском движении» в № 16, «Сведения из современной жизни в России» — в «Листках Своб. слова», №№ 8, 9,14, 15); другие присылались корреспондентами Черткова с мест или составлялись в Англии по газетам (напр., заметки об избиении демонстрирующих безработных в Париже, о стеснениях свободы слова в Венгрии, о Кишиневском погроме, о разных манифестах в царской России). Журнал просуществовав, с перерывом в 1903 г., до сентября 1905 г., когда его пришлось прекратить по недостатку средств. К этому же времени стала замирать и деятельность «Свободного слова» по изданию отдельных книжек и сборников, которые выпускались Чертковыми еще до переезда их в Крайстчерч и которые можно распределить по тем же разделам, какие были указаны выше в журнале «Свободное слово». Так по разделу о русском сектантстве было отпечатано 8 выпусков «Материалов» (предполагалось выпустить не менее 35) и несколько других книжек — некоторые из них с предисловием Черткова («Духоборцы в дисциплинарном батальоне», Christchurch 1902; «Преследования баптистов евангелической секты», Christchurch, 1902; «Письма духоборческого руководителя П. В. Веригина», Christchurch, 1901, предисловие к которым написано Чертковым вместе с А. К. Чертковой). Ряд небольших книжек посвящен был теоретическим вопросам христианского анархизма: «Что такое анархизм» Ан—ского со статьей Черткова, Christchurch, 1905, «Против власти». С польского. Под ред. Черткова, Christchurch, 1905, «О революции» В. Черткова, Christchurch, 1904, — книжка, напечатанная ранее по частям в журнале «Свободное слово», в которой Чертков, отрицая революцию, достигаемую насильственными средствами, заявляет: «не меньше революционеров, а больше, чем самые крайние из них, мы отрицаем всякое правительство», сравнивая же деятельность людей, которые состоят на службе у правительства, с деятельностью революционеров, указывает, что первые «служат главным образом ради своей собственной выгоды», тогда как революционеры «жертвуют иногда даже самой жизнью ради того дела, которому они служат», представляя в этом отношении «образцовый пример самоотвержения». Откликами на явления окружающей социально-политической жизни явились изданные еще в Пэрлей книжки «Студенческое движение 1899 г.», сборник под ред. А. и В. Чертковых, 1900 г., со статьей Черткова, где он приветствует коллективный протест молодежи против порядков существующего строя, «Финляндский разгром», сборник под ред. и с предисловием Черткова, 1900 г., «13 лет в Шлиссельбургской крепости» — записки Л. А. Волькенштейн с предисловием Черткова, 1900 г. Кроме того, нужно отметить несколько изданных Чертковым книжек антиклерикального характера близких по воззрениям их авторов Толстому и Черткову: «О вопросах религии» Теодора Паркера с жизнеописанием его, написанным Чертковым, «Библия, ее происхождение, развитие и характер» Дж. Т. Сендерлэнда в переводе под ред. Черткова, 1904 г. и др. Издание всех этих книжек, как с редакционной, так и с чисто технической стороны подготавливалось Чертковым при неизменном участии А. К. Чертковой.