К общему распоряжению Короля принадлежали и действия Воевод его в Ливонии: чтобы способствовать успехам Хана и Радзивила, он велел Князю Александру Полубенскому и другим своим Воеводам идти к Мариенбургу, Дерпту, в область Псковскую. Было несколько дел, довольно важных: в одном храбрый витязь Иоаннов Василий Вешняков разбил неприятеля, а в другом Князь Иван Шуйский и меньший Шереметев уступили ему поле битвы. Литовцы не могли овладеть Красным; не могли защитить окрестностей Шмильтена, Вендена, Вольмара, Роннебурга, откуда мужественный Воевода Бутурлин вывел 3200 пленников: за что Государь прислал к нему золотые медали. Силы Литовцев были разделены: они сражались и с нами и с Шведами; последние же на сухом пути с ними, а на море с Датчанами, за спорную Ливонию, к удовольствию Иоанна, который внутренне смеялся над их усилиями, считая себя единственным ее законным Государем.
Иоанн надеялся еще далее распространить пламя войны Ливонской и найти нового, усердного сподвижника против Короля Сигизмунда в Великом Магистре Немецком, Вольфганге: ибо сей древний Орден, утратив свое бытие в Пруссии, был восстановлен в Германии, более именем и обрядами, нежели духом и характером. Вольфганг писал к Царю, что он мыслит с помощию Императора завоевать Пруссию, желает союза России, дабы общими силами наступить на Сигизмунда, и шлет Послов в Москву: они действительно приехали (в Сентябре 1564 года) с письмами от Императора Фердинанда и Магистра, но единственно для того, чтобы исходатайствовать свободу пленнику, старцу Фирстенбергу: не было слова о союзе и войне. Государь с досадою ответствовал, что Магиср ныне говорит одно, а завтра иное; что если Вольфганг отнимет у Сигизмунда Ригу и Венден, то Царь пожалует ими Фирстенберга; что Императору не будет ответа, ибо он писал к Царю не с своим, а с чужими Послами.
Таким образом измена Курбского и замысел Сигизмундов потрясти Россию произвели одну кратковременную тревогу в Москве. Но сердце Иоанново не успокоилось, более и более кипело гневом, волновалось подозрениями. Все добрые Вельможи казались ему тайными злодеями, единомышленниками Курбского: он видел предательство в их печальных взорах, слышал укоризны или угрозы в их молчании; требовал доносов и жаловался, что их мало: самые бесстыдные клеветники не удовлетворяли его жажде к истязанию. Какая-то невидимая рука еще удерживала тирана: жертвы были пред ними и еще не издыхали, к его изумлению и муке. Иоанн искал предлога для новых ужасов – и вдруг, в начале зимы 1564 года, Москва узнала, что Царь едет неизвестно куда, с своими ближними, Дворянами, людьми Приказными, воинскими, поимянно созванными для того из самых городов отдаленных, с их женами и детьми. 3 Декабря, рано, явилось на Кремлевской площади множество саней: в них сносили из дворца золото и серебро, святые иконы, кресты, сосуды драгоценные, одежды, деньги. Духовенство, Бояре ждали Государя в церкви Успения: он пришел и велел Митрополиту служить Обедню; молился с усердием; принял благословение от Афанасия, милостиво дал целовать руку свою Боярам, чиновникам, купцам; сел в сани с Царицею, с двумя сыновьями, с Алексеем Басмановым, Михайлом Салтыковым, Князем Афанасием Вяземским, Иваном Чеботовым, с другими любимцами, и провождаемый целым полком вооруженных всадников, уехал в село Коломенское, где жил две недели за распутьем: ибо сделалась необыкновенная оттепель, шли дожди и реки вскрылись. 17 Декабря он с обозами своими переехал в село Тайнинское, оттуда в монастырь Троицкий, а к Рождеству в Александровскую Слободу. – В Москве, кроме Митрополита, находились тогда многие Святители: они вместе с Боярами, вместе с народом, не зная, что думать о Государевом необыкновенном, таинственном путешествии, беспокоились, унывали, ждали чего-нибудь чрезвычайного и, без сомнения, не радостного. Прошел месяц.