Изабелла с семилетнего возраста считалась невестой Фердинанда, в то время еще не наследника Аррагонии. Но и этому принцу улыбнулась судьба. Смерть, как Изабелле, очистила ему дорогу к престолу, и потому оставленный было проект его женитьбы на кастильской наследнице опять сделался мечтою патриотов, управляющих судьбами обоих королевств. Напрасно Генрих пытался выдать сестру за короля Португалии и тем удалить ее от престола в пользу Иоанны – Торквемада ловко разрушал его планы. В то время, как Изабелла отказывалась от искателей ее руки, он искусно поддерживал в ней симпатию к Фердинанду. Наконец 19 октября 1469 года, тайно от Генриха, в сопровождении Торквемады, она отправилась в Вальядолид, где ждал ее, также крадучись, прибывший Фердинанд, и их обвенчали. Раздраженный Генрих объявил Изабеллу лишенной престола, но его не слушали, и в 1475 году, после смерти ненавидевшего ее брата, Изабелла стала королевой Кастилии и Леона. Тот же титул был дан ее мужу Фердинанду V. Два самых больших королевства Испании соединились таким образом в одно политическое целое, хотя первое время номинально.
Торквемада как главный виновник этой унии, естественно, получал с этих пор первенствующее значение, и не только в Кастилии, но также в Аррагонии. В награду за труды ему предлагали место архиепископа Севильи, но он отказался, как ни упорно упрашивали его Фердинанд и Изабелла. По словам Турона, честолюбие было чуждо натуре Торквемады, он думал только о благе государства, достоинстве религии, спокойствии народов и спасении душ. Он думал о той розни, которую вносили в духовную жизнь Испании населявшие ее евреи: как те, которые сохраняли закон Моисея, так еще более те, которые “лицемерно” принимали христианство.
В полное тревоги правление Генриха IV Торквемада громил отступников с высоты кафедры и даже восходил до самого короля и со слезами умолял его о защите церкви. Но как только Изабелла стала править Кастилией, ревнителю благочестия сразу открылась перспектива более успешной деятельности. Он сейчас же обратил внимание Фердинанда и Изабеллы на печальное положение церкви.
“Этот лев религии, – говорит Флешье, – убедил обоих, что испорченность нравов и свободомыслие с каждым днем возрастают, что соседство христиан с евреями и маврами вредит благочестию народа. Он убеждал их в необходимости произвести тщательное расследование заблуждений и нечестия того времени и возвратить престиж религиозной дисциплине”.