Епископы, которым издревле принадлежала забота об этой дисциплине, прибегали в таких случаях к анафеме и церковным наказаниям, но в эпоху великих расстройств, по мнению Торквемады, необходимы были более сильные лекарства, и самым лучшим было учреждение особого трибунала, “более могущественного и более строгого, чем другие”... Флешье преклоняется и перед Торквемадой, и перед инквизицией. Он даже как бы желает приписать Торквемаде инициативу введения костров, что очевидно ошибочно, но его слова об отдельном трибунале, более могущественном и более строгом, прекрасно определяют значение Торквемады в истории инквизиции. Он не был первым насадителем ее в Испании, но ему справедливо приписывается открытие новой эры в инквизиционной практике. Торквемада довел эту практику до перлов жестокости, из орудия охраны религиозных догматов сделал ее орудием религиозной нивелировки и первый придал инквизиционному трибуналу политический характер. Из рук папы он передал этот трибунал в руки короля и сделал судилище не столько помощником торжеству веры, сколько орудием абсолютизма.
Первые инквизиционные трибуналы появляются в Испании в 1232 году. По повелению папы Григория IX, таррагонский епископ Эспарраго поручил тогда доминиканцам начать преследование еретиков. Ревность этих инквизиторов с первых дней поселила недовольство и озлобление в населении, но дело нетерпимости не умалялось даже после убиения двух представителей его – Петра Планедиса и Петра Кадирета. Особенно неуклонно велось оно в Аррагонии при инквизиторе Николае Эймерике, который оставил своим преемникам “Руководство для инквизиторов”, а потомству – славу жестокого гонителя еретиков.
Кастилия также не избегла ига инквизиции, но двоевластие, ослаблявшее папство в конце XIV и в начале XV веков, привело к тому, что в 1460 году в Кастилии не было уже ни одного инквизитора. Заслуга вторичного водворения их в этой стране принадлежит Торквемаде. По его настояниям Фердинанд и Изабелла упросили папу Сикста IV опять ввести инквизицию в Кастилии. Разрешение было получено вместе с буллою 1 ноября 1478 года. Давая свое согласие на розыск и преследование еретиков, Сикст указывал в то же время, каких судей должно поставить во главе насаждаемых трибуналов: людей по крайней мере сорокалетнего возраста, чистой нравственности, магистров или бакалавров богословия, или же докторов и лиценциатов канонического права. Изабелла не сразу решилась на введение инквизиции в своих владениях. Голос совести удерживал ее от этого шага, но Торквемада сумел победить ее сомнения, в ярких красках изобразив ей, как угодно Богу учреждение инквизиции. Однако и после папской буллы Фердинанд и Изабелла не сразу приступили к исполнению замыслов своего духовника, но решили испытать сперва меры кротости и увещевания. По желанию обоих правителей, кардинал Мендоца, архиепископ Севильи, составил краткий катехизис для верных католиков, своего рода спутник христианства от купели до могилы. Многочисленные экземпляры этого наставления были розданы народу в Севильи и по всем приходам севильской епархии как главному обиталищу еретиков. Священникам было приказано разъяснять его смысл прихожанам и вместе с тем предупреждать их, чтобы они и дети их поступали согласно предписаниям катехизиса. Что касается отпавших от истинной веры, то для мирного возвращения их в лоно церкви предполагалось воздействовать словом проповеди и назидательной беседы. Для наблюдения за результатами этой меры были назначены особые лица, которым суждено было решить: быть или не быть инквизиции. Сторонники этой последней употребляли, конечно, все усилия, чтобы доказать правительству бесплодность мирных намерений; с другой стороны, еретики не только не думали раскаиваться в своих заблуждениях, но, предчувствуя начало преследований и сознавая свое право веровать по убеждению, неосторожно выступили с памфлетом против своих “спасителей”.
Ересь упорствует – таков был приговор наблюдателей за мирными попытками Изабеллы и Фердинанда... В 1481 году в монастыре св. Павла в Севилье открылись заседания инквизиционного трибунала под руководством доминиканцев, провинциала Михаила Морилло и викария ордена Мартена. Недружелюбно встретило население этих братьев-проповедников. Начальникам провинций было приказано оказывать содействие инквизиторам и их свите, но потребовалось вторичное приказание, чтобы достигнуть желаемых результатов. Тогда началось массовое бегство мараносов в соседние земли. Мараносы были крещеные евреи, но общий голос считал их тайными приверженцами Моисеева закона, и на них прежде других еретиков должны были сказаться приемы севильских инквизиторов. Их бегство было признано уликою, и потому 2 января 1481 года инквизиторы издали прокламацию, в которой объявляли бежавших мараносов еретиками и приказывали всем вельможам Кастилии под страхом анафемы, отнятия владений, чинов и достоинств задержать беглецов и под стражей доставить в Севилью, а имущество их конфисковать.