Инквизиция торжествовала. По повелению Торквема-ды ее судилища были введены в Кордове, Яэне и Сиудад-Реале, а по всем епархиям было приказано доминиканцам неусыпно заботиться о поддержании веры. Как высшую инстанцию для управления судилищами и судьями Фердинанд учредил в то же время королевский инквизиционный совет под названием Верховного совета. Дела этого совета решались голосованием, но только в сфере гражданского права и по чисто юридическим вопросам. Великий инквизитор был его президентом, при нем состояли советники: один епископ и два доктора прав.
В 1481 году, не довольствуясь постановлениями своих предшественников, Торквемада собрал в Севилье генеральную юнту инквизиторов. Здесь были выработаны законы испанской инквизиции, 28 пунктов так называемой инструкции.
Первые три пункта ее говорили об устройстве трибуналов, о публикации приговоров против еретиков и отступников и назначали “отсрочку милосердия” для желающих сознаться и обратиться. Шесть последних устанавливали порядок чинопочитания среди инквизиторов; остальные девятнадцать охватывали все случаи инквизиционного процесса. Кто сознавался до срока, тот мог рассчитывать на помилование, если открывал других еретиков. Инструкция допускала в этом случае секретное разрешение, но только при условии полной неизвестности обществу о преступлении раскаявшегося еретика. Всякая должность и право ношения серебра, золота, драгоценных камней, шелковых и тонких шерстяных тканей обращенному еретику запрещались, и только в Риме за большие деньги могли уничтожить это постановление. Добровольное покаяние не избавляло от денежного штрафа, а принесших это покаяние после срока милосердия – от конфискации имущества со дня впадения в ересь. При этом требовалось обозначение времени, когда примиряемый с церковью подпал влиянию ереси, дабы инквизиторы могли определить, какая часть имущества этого человека подлежит конфискации. На основании этого параграфа нередко конфисковывалось имущество жены за преступление тестя, как приданое от еретика, и детей, как наследство от того же еретика. Начиная с 11-го пункта, инструкция говорила о еретиках упорных. Если такой еретик сознавался после долгого сидения в тюрьме, то его осуждали на вечное заключение. Сознание требовалось полное, а если оно не казалось таким инквизитору, то заключенный отдавался в руки светской власти. Та же мера применялась к лицам, которые вздумали бы похвалиться, что не все открыли на допросе трибунала. Всякий еретик, упорно отрицавший обвинение, считался нераскаянным, и чтобы вырвать у него сознание, при наличии доказательств, его подвергали пытке, а в случае успеха этой меры судили как уличенного еретика. Уличенным считался также всякий не явившийся на формальное приглашение трибунала. Допрос свидетелей производился самим инквизитором, его же присутствие требовалось при пытке для принятия показаний. Для облегчения этих показаний подсудимому выдавалась копия свидетельских ответов, однако не во всей их полноте. По 20-му параграфу инструкции инквизиционный процесс мог возбуждаться и против умерших, если из книг и жизни этих умерших оказывалось, что они были еретиками. Кости таких людей вырывались из могилы и сжигались во время аутодафе, а имущество конфисковывалось. Вассалы и все власти также подлежали суду инквизиции, если оказывали ей сопротивление и покровительство еретикам. Дети осужденных еретиков могли рассчитывать на пособие из конфискованного имущества их родителей, но этот параграф (22) почти никогда не исполнялся.