Как велико было число этих эмигрантов, различные авторы говорят об этом по-разному. Льоренте насчитывает их до 800 тысяч человек. Во всяком случае, эта вынужденная эмиграция, не говоря о ее жестокости и беззаконии, несомненно причинила ущерб испанской торговле и промышленности. Эта была первая причина падения Испании после непродолжительной эпохи могущества. Ослепленные торжеством над маврами и последовавшим открытием Америки, испанцы долго не замечали результатов политики нетерпимости, и только отпадение целых провинций послужило для них поздним указанием на всю пагубность влияния Торквемады и его преемников. Это косвенно признается даже безусловными поклонниками приора из Сеговии, когда они вознаграждают потери Испании тем золотом, которое, оставили в стране евреи. Если верить их словам, с эмигрантов брали еще по два дуката за право отъезда и конфисковали имущество у запоздавших.
Что касается Торквемады, то он ликовал. Еврейские синагоги обращались в церкви, в Гренаде воздвигались стены монастыря во имя святого Доминика, оставалось сохранять и укреплять инквизицию. Среди забот о торжестве испанцев над маврами Торквемада не забывал своего излюбленного детища. Время обнаружило в этом учреждении много недостатков и злоупотреблений, а между тем великий инквизитор хотел видеть его совершенным, достойною опорою религии. Он представлял себе инквизицию олицетворением справедливости, судом строгим для упорных в своих заблуждениях, милостивым для кающихся, священным средством создать наконец в Испании едино стадо с единым пастырем. В заботах об этом в 1488 году, в последних числах октября, Торквемада снова собрал в Вальядолиде генеральную юнту инквизиторов. Здесь были выработаны 15 новых законов в дополнение к изданным в 1484 году. Новые законы предлагали инквизиторам соблюдать в процессах одну общую для всех форму и не откладывать суда над заключенными под предлогом недостаточности улик. Келейный характер инквизиционных процессов законы оставляли в прежней силе. Они предлагали допрашивать свидетелей при возможно меньшем числе присутствующих и запрещали подсудимым видеться с кем-либо, исключая священника, и то возможно реже. Число этих узников инквизиции было громадно. Трибунал не знал наконец, куда поместить осужденных на вечное заточение, и потому генеральная юнта разрешила этим преступникам отбывать наказание на дому, но строго запретила выходить из этих импровизированных тюрем. Не меньше заботили юнту расходы на содержание многочисленных заключенных. Чтобы помочь этому горю, решено было ходатайствовать перед правительством об учреждении при трибуналах так называемых “домов покаяния”, где осужденные могли бы заниматься ремеслами и тем оплачивать свое содержание. Этот проект получил впоследствии осуществление, но зато потерпело фиаско другое постановление юнты – оплачивать расходы трибуналов и жалованье их членам за счет конфискаций прежде удовлетворения королевской казны. Фердинанд увидел в этом посягательство на свои доходы и отказал в утверждении этой меры. Взамен он предложил инквизиторам занять в епархиях по приходу и тем покрывать свои недочеты. Из других постановлений вальядолидской юнты заслуживает внимания распоряжение, запретившее примирение с церковью мужчин моложе четырнадцати лет и женщин моложе одиннадцати. Чтобы оценить по достоинству эту меру, необходимо припомнить, что вторично впавшие в ересь заранее осуждались на сожжение и конфискацию. Таким образом, устраняя малолетних от примирения, юнта, очевидно, хотела избавить их от обвинения в рецидиве, так как вопрос об этом мог возникнуть только после примирения с церковью. Но такова была судьба всех законов инквизиции, что они всегда применялись по усмотрению, и 15 новых постановлений юнты не смягчили суровой гегемонии этих блюстителей веры. Произвол и после 1488 года по-прежнему оставался характерною особенностью инквизиционных трибуналов, жертвы их по-прежнему подвергались жестоким истязаниям под покровом спасительной для свидетелей тайны, а эти свидетели по-прежнему безбоязненно клеветали на кого хотели.