После смерти Изабеллы, 26 ноября 1504 года, кастильская корона перешла к зятю покойной Филиппу I. Первым делом нового правителя было устранение Децы. Вместо него великим инквизитором король назначил Гуцмана, но через три месяца Филипп умер, и Деца снова вернулся к власти. Раздраженные этим жители Кордовы решились силою уничтожить инквизицию и, напав на судилище, освободили его узников и прогнали чиновников трибунала. На этот раз Деца добровольно отказался от звания инквизитора. Фердинанд V был в это время регентом Кастилии, Хименес Циснерос был назначен ее великим инквизитором. Третий глава кастильской инквизиции был достойным преемником Торквемады по влиянию на дела государства. Он получал это влияние уже как примас Испании и канцлер Кастилии, но личные таланты еще более способствовали его возвышению. Его считали равным по учености Августину, по религиозной ревности – Амвросию, по аскетизму – Иерониму. Ему принадлежит основание университета в Алькале, как нашему Никону, исправление священных книг и реформы в среде духовенства, где до Хименеса, по словам Мартира, проповедники были так же редки, как белые вороны. В лице Хименеса, едва ли не в последний раз, архиепископ является воином, на собственные средства предпринимает поход в Африку и завоевывает Оран. Ему же принадлежит совет Фердинанду завести постоянное войско, корона Испании обязана ему победою над дворянами, началом разрушения древних вольностей сословий и городов, а инквизиция – энергичной поддержкою в годину всеобщего негодования против нее. Назначение Хименеса великим инквизитором состоялось 18 мая 1507 года, но только в Кастилии, в Аррагонии был свой глава трибуналов – епископ викский Иоанн Энгуэра. Правда, после смерти Энгуэры, в 1516 году, Хименесу предлагали его место, но он не принял этой должности и указал на Адриана, впоследствии четвертого великого инквизитора всей Испании и папу римского.
Тяжелое наследство оставил Хименесу Диего Деца. Общественный голос требовал суда над Люцеро, и в то же время надо было сохранить неприкосновенным идеал Торквемады. Чтобы выйти из этого затруднения, Хименес собрал в Бургосе в 1508 году так называемую католическую конгрегацию, инквизиторов Кастилии и Аррагонии, епископов и высших чинов Испании. По решению этого съезда жертвы Люцеро были оправданы: как живые, так и мертвые, честь их восстановлена, конфискованное имущество возвращено, но сам виновник был только отстранен от должности и, отсидев немного в тюрьме, отправлен в Альмерию, где продолжал исполнять обязанность каноника... Съезд объявил, кроме того, что насилия над узницами инквизиции будут наказываться смертной казнью, но эта угроза никогда не приводилась в исполнение, хотя поводов к тому было немало. Такие распоряжения не могли, конечно, удовлетворить испанское общество. Оно с восторгом встретило оправдание и реабилитацию невинных узников Люцеро, но хотело в то же время получить на будущее время гарантию, что кордовские события не повторятся, и потому требовало гласности инквизиционных процессов. Аррагонские кортесы, со своей стороны, жаловались, кроме того, что инквизиторы вмешиваются в сборы податей, обращаются дерзко с городскими властями и претендуют на право судить не только ереси, но и другие преступления, например, некромантию. Кортесы просили Фердинанда соблюдать обычаи и законы страны, что было обещано его присягой, но король отложил ответ на два года и затем, опять собрав кортесов и выслушав их проект реформы инквизиции, упросил папу освободить его от присяги. Однако кортесы так явно выразили свое намерение не подчиняться желаниям Фердинанда, что испуганный король отказался от папского разрешения и даже просил его святейшество утвердить мнение кортесов.
Хименес разделял стремления Фердинанда парализовать давление испанского общества. Когда мараносы, желая добиться гласности инквизиционного процесса, предложили Фердинанду 600 тысяч дукатов на военные издержки, он из собственных средств подарил королю не меньшую сумму и сохранил неприкосновенность трибуналов. Точно так же поступил он при Карле V, преемнике Фердинанда. Тогда все университеты и ученые Испании и Фландрии присоединились к оппозиции и ходатайствовали о реформе инквизиционных процессов, а мараносы опять предлагали деньги, 800 тысяч золотых талеров, но Хименес и тут оказался победителем.
“Великий католический король и милостивейший государь, – писал он по этому поводу к Карлу V, – ваше величество должно знать, что католические короли (т.е. Фердинанд и Изабелла) занимались трибуналами святой инквизиции с такой заботливостью и изучали ее законы и распоряжения с такою внимательностью, добросовестностью и мудростью, что эти законы не имеют решительно никакой надобности в изменениях и не могут быть изменены без нарушения справедливости. Эта реформа тем более опечалила бы меня теперь, что она дала бы каталонцам и папе новое оружие против инквизиции, против которой они так враждебно настроены. Я понимаю, как затруднительно ваше финансовое положение, но в этом случае положение короля Фердинанда, вашего деда, было еще затруднительнее, и хотя новообращенные предлагали ему 600 тысяч дукатов золотом на войну с Наваррой, он отказался от этих денег, потому что предпочитал любовь к христианской религии всему золоту мира (на самом деле Фердинанд только предпочел деньги Хименеса деньгам мараносов). Я прошу вас поэтому, с верностью подданного своего государя и с ревностью к обязанности, которою облачило меня ваше величество, я прошу вас открыть глаза, подражать примеру вашего деда и не допускать никаких изменений в процессе инквизиционного трибунала. Все замечания, представленные противниками этого трибунала, были уже рассмотрены вашими предшественниками славной памяти, и нельзя нарушить малейшего закона инквизиции, не оскорбляя имени Господа и памяти ваших знаменитых предков. Если же все это не произведет на вас никакого впечатления, я прошу ваше величество обратить внимание на происшествие в Талавере де ла Рейна, где еврей, недавно крещенный, узнав имя донесшего на него инквизиции, выследил этого доносчика и пронзил его копьем. Ненависть к этим доносчикам на самом деле такова, что если открыть их имена, то их будут избивать не только тайно, но на площадях, всенародно, даже в храмах, и никто не решится на будущее время рисковать жизнью, донося инквизиции, и тогда погибнет этот святой трибунал, и дело Господа останется без защитников. Я верю, что ваше величество, мой король и повелитель, останется верно крови, которая течет в его жилах, и убедится, что инквизиция – трибунал Бога и одно из самых лучших учреждений ваших предков”...