Опираясь на присягу короля произвести реформу инквизиции, аррагонские кортесы послали проект этой реформы на утверждение папы Льва X. Но пока тянулись двухлетние хлопоты об этом утверждении, инквизиторы не дремали и арестовали в Сарагосе секретаря кортесов. В ответ на это насилие постоянная депутация открыла новое собрание. Карл приказал распустить его, но кортесы ответили, что аррагонские короли не имеют права нарушать законы, и затем издали декрет, запрещавший сбор налогов впредь до исполнения королевского обещания. Папа тоже вооружился в это время против испанской инквизиции и приказал было инквизиторам оставить свои должности, но ему не хватило мужества довести дело до исполнения, и даже, по просьбе Карла, он отменил свое распоряжение. При таких обстоятельствах, конечно, трудно было рассчитывать на исполнение желаний кортесов, и действительно, кроме освобождения секретаря собрания, представители сословий не добились ничего.
Не одно намерение поддержать инквизицию руководило Карлом в столкновении с кортесами. Это было продолжение давней борьбы испанских королей с привилегиями сословий, результат их стремлений сделать свою власть неограниченной и управлять страною по усмотрению.
Возникновение народных привилегий в Испании было тесно связано с освобождением ее от власти арабов. Когда оттесненные в горы предводители испанцев начали первые попытки к этому освобождению, они привлекали к себе воинов, наделяя их льготами, в отвоеванных провинциях создавали города и, в возмещение риска от соседства с арабами, давали их жителям права самоуправления и прочее. Таким образом возникли кортесы, представительные собрания дворян, духовенства и горожан, принимавшие участие в законодательстве, в контроле над финансами и судебною властью. В Аррагонии существовал даже высший судья, великий хустисия, который имел власть призвать граждан к оружию в случае нарушения их прав. Но по мере того, как падало могущество арабов, испанские короли стали стремиться уничтожить привилегии сословий. Сама благочестивая Изабелла искала случая нарушить вольности кортесов и говорила, что ее величайшим желанием было бы восстание аррагонцев, что позволило бы уничтожить их права. Этот случай представился Карлу V при деятельном участии инквизиции. В 1520 году недовольные королем и видя его стремление уничтожить старинные привилегии, сословия восстали под начальством Хуана Падильи и после несчастной для них битвы при Вильяларе потеряли почти всю свою самостоятельность. При Филиппе II и в Кастилии, и в Аррагонии на развалинах средневековой свободы уже процветала система правления на четырех основах – машинально-пассивном повиновении, страхе инквизиции, конфискациях и казнях. На этой тучной почве наследие Торквемады разрослось и зацвело с дотоле невиданным блеском. В 1520 году инквизиция добилась у короля нового указа об изгнании мавров, которые ютились еще в Аррагонии и Кастилии. Разрешение остаться в Испании давалось только желавшим креститься, но мавры попытались силою отстоять свою религию и хотя не успели в этом, однако получили право сохранить язык, одежду, оружие и право платить налоги наравне с коренными испанцами. Получив эти льготы, они крестились, и таким образом все мавры Испании обратились в морисков.
Среди этих домашних хлопот для инквизиции создалась новая арена для подвигов – к Пиринеям подвигалось лютеранство. Пророчество Гуса сбылось: на смену малой птице “явились другие, которые взмахом своих крыльев поднялись выше западни врагов”. Карл V не мог остановить этого полета, он не решился краснеть, подобно Сигизмунду, но зато начал неумолимо преследовать лютеран в своих владениях. 11 марта и затем в сентябре 1520 года он издал указы с повелением всех, обличенных в ереси, казнить на эшафоте, в яме или на костре, то есть обезглавливать, зарывать живыми в землю или сжигать. К категории этих еретиков относились все читатели, переписчики и продавцы лютеранских сочинений, участники протестантских сходок, хозяева домов, где устраивались эти сходки, все, спорившие публично или дома о священном писании и защищавшие и проповедовавшие учение лютеран. Имение казненных приказывалось конфисковывать и отдавать доносчикам, судебным местам не оказывать преступникам никакого снисхождения, а ходатаев о помиловании наказывать. Специально для борьбы с лютеранами Карл V учредил в Нидерландах так называемую апостольскую инквизицию и назначил члена брабантского провинциального совета Франца Ван-ден-Густа генерал-инквизитором Брабанта, графства Фландрии, Зеландии и южной Германии. По словам Мотлея, это был злейший враг науки, а его помощник кармелитский монах Николай Ван-Эгмонд – умалишенный с оружием в руках. Назначение Ван-дер-Густа состоялось в 1521 году, но через два года его отставили за фабрикацию фальшивых документов. Первое время лица духовного звания не подлежали суду брабантского советника, но папа Климент VII, во внимание к мудрости и великой религиозной ревности фальсификатора документов, распространил его власть и служителей церкви. При наследнике Карла, Филиппе II, особенно славился свою жестокостью инквизитор Петр Тительман. “Рассказывают, – говорит про него Мотлей, – будто он день и ночь разъезжал по стране, совершенно один, размозжал дубиною головы трепещущим поселянам, далеко распространял вокруг себя ужас, хватал заподозренных у домашнего очага или с постели, бросал в тюрьму, пытал, вешал, жег, без всякой тени следствия или письменного акта”... Впрочем, при Филиппе II испанская инквизиция тоже вмешивалась в дела Нидерландов. 16 февраля 1563 года, не довольствуясь пролитою уже кровью, она приговорила к смерти всех жителей Нидерландов как еретиков, а через 10 дней королевская прокламация подтвердила это постановление с указанием не обращать внимания ни на возраст, ни на пол, ни на состояние. Эта мера была достойна Филиппа II, который говорил, что лучше совсем не царствовать, чем царствовать еретиками. Его желание сбылось, хотя против воли и неожиданно: 26 июля 1581 года Нидерланды объявили себя независимыми, исключая валлонских провинций. Политика нетерпимости начинала приносить плоды.