Так уж складывалась духовная жизнь XVI столетия, что часто для того, чтобы встретиться с лучшими умами своей страны, надо было оказаться в тюрьме.
И здесь он продолжал работать. Взамен конфискованной «Новой физиологии» он составил краткое ее изложение, писал итальянские и латинские стихи. Между тем следствие подходило к концу. В мае 1595 г. прозвучал приговор: публичное покаяние и заключение в монастырской тюрьме в римском монастыре св. Сабины, на Авентинском холме.
Изолированный от мира, не имея возможности связаться с друзьями, окруженный враждебными и подозрительными монахами, Кампанелла тщетно добивается ослабления тюремного режима. Он просит вернуть ему конфискованные рукописи — и получает отказ. Просит разрешить ему передвигаться по Риму, выходить за стены монастыря — и получает дозволение обойти семь знаменитых римских церквей. Но бумагу он достает, а книги ему, как уже не раз в прошлом и как еще много раз в будущем, заменит его необыкновенная память. Здесь, в монастыре св. Сабины, Кампанелла составил краткое изложение своей натурфилософии — «Великий итог того, что думал о природе вещей раб божий Кампанелла» — и две философские поэмы на латинском языке. Он продолжает начатую еще во время следствия защиту новой философии в «Апологии философов Великой Греции (т. е. Южной Италии. — А. Г.) против святой службы». Он пишет два трактата о поэтическом искусстве и «Политический диалог против лютеран, кальвинистов и прочих еретиков».
Только 31 декабря 1595 г. инквизиторы разрешили Кампанелле покинуть монастырь св. Сабины и перебраться в доминиканский монастырь св. Марии делла Минерва, в центре Рима. Здесь ему легче работать и жить. Он знакомится с аббатом Антонио Персио — учеником великого Телезио. Когда-то он защищал взгляды учителя на публичных диспутах в Венеции и Перудже и издал в Венеции девять небольших естественнонаучных трактатов Телезио. А новая его «Апология», в которой он отстаивал телезианское понимание материи как «телесной и воспринимаемой ощущением» и, рассматривая человеческий разум как «луч божественной мудрости», подчеркивал родство человеческого сознания с ощущением, свойственным всей природе, где он завершал изложение новой философии торжественным гимном Солнцу, источнику света и жизни, — эта «Апология» осталась неизданной: не те пошли времена.
Относительная свобода в монастыре оказалась недолгой. Уже через два месяца Кампанелла снова схвачен инквизиторами и брошен в тюрьму: оказывается, в Неаполе какой-то преступник перед казнью заявил о еретических взглядах Кампанеллы. Возобновляется следствие, опять идут допросы, снова рассматриваются рукописи подсудимого с целью обнаружить в них новые доказательства его вины, а пока что тянутся долгие месяцы в тюремной камере, где Кампанелла вновь встретился с Франческо Пуччи. И когда свершится на тюремном дворе казнь учителя и друга, Кампанелла в горестном сонете оплачет его гибель, а в заключительных строках обратится к Вечному Разуму: «Пусть вольет он в нас силы и вооружит на неизбежный путь, к которому нас Вечный Разум предназначил!»
Новое следствие не дало никаких результатов, и после десяти месяцев тюрьмы Томмазо был освобожден, но при условии, что орденское начальство сошлет беспокойного монаха на родину, в Калабрию. Все его сочинения, находившиеся на рассмотрении святой службы, были запрещены.
Вернувшись в Неаполь, он встречается — последний раз — со старыми друзьями. Он читает лекции по географии, пишет «Космографию», снова работает над «Великим итогом» своей философии. Теперь его занимает астрология: открытие новых звезд, появление комет, странные изменения в мире звезд — не предвещают ли они неизбежные перемены на земле? Для многих тогдашних ученых, в том числе и для глубоких наблюдателей, математиков и астрономов, астрология представлялась естественной и точной наукой: Земля, как часть мировой системы, не изолирована от небесных тел, которые в силу свойственных им природных законов оказывают воздействие на события земной жизни. Ощущая неблагополучие в окружающем мире, осознавая необходимость радикальных перемен, мыслители той эпохи порой невольно переносили на небо собственные чаяния и стремления, надеясь в расположении небесных светил увидеть подтверждение своим желаниям и надеждам, придать им видимость естественной закономерности. О роковых переменах шла речь в доме астронома и математика Колантонио Стильолы, мужественного ученого, уже не раз подвергавшегося преследованиям со стороны неаполитанских и римских инквизиторов. Его домашние лекции привлекали сотни слушателей, но под угрозой тюрьмы их пришлось прекратить. Он первый написал трактат о телескопе, другие его книги остались в рукописи и известны нам лишь по восторженным отзывам современников: они погибли, так и не дождавшись печатного станка. Беседам в Неаполе скоро пришел конец. Какой-то доброхот и здесь написал донос на Кампанеллу, снова обвинив его в авторстве нечестивого сонета о Христе. Оставаться в Неаполе было небезопасно. В июле 1598 г. Томмазо возвращается в Стило.