После их гибели командование подводной лодкой принял лейтенант Браун. Он решил затопить ее. Была отдана команда «всем оставить корабль». После того как приказ был повторен несколько раз, кингстоны были открыты, и подводная лодка, как при срочном погружении, быстро исчезла под водой.
Вместе с подводной лодкой погибли 12 человек, в том числе капитан 2 ранга Кромвел и еще один офицер.
Сорок два человека из экипажа «Скалпин» были захвачены в плен японским эскадренным миноносцем. Один из них, тяжело раненный, был немедленно выброшен за борт. Другому раненому удалось спастись от подобной участи только благодаря тому, что, вырвавшись из рук японцев, он затерялся среди других пленных. Оставшиеся в живых 38 матросов и 3 офицера были доставлены в Трук. Там их в течение десяти дней допрашивали, а затем разбили на две группы и разместили на авианосцах для отправки в Японию. На пути в Японию один из этих авианосцев, «Тюё», на борту которого находился 21 американский моряк, 4 декабря 1943 года был атакован подводной лодкой «Сейлфиш» и затонул. Только один человек из числа находившихся на его борту американских моряков был спасен. Этот удивительно нелепый случай был исполнен особого трагизма. В свое время именно «Скалпин» пришла на помощь «Сейлфиш» (именовавшейся тогда «Скволес»), когда в 1939 году та затонула около Портсмута (штат Нью-Гэмпшир).
В ходе боевых действий в районе островов Гилберта погибла еще одна подводная лодка. Это была «Корвина». 4 ноября она оставила Пирл-Харбор и пошла на выполнение первого боевого задания. В ее задачу входило патрулирование в районе Южного пролива (южнее Трука, один из четырех проходов к нему) с целью своевременного обнаружения сил противника, если он попытается выйти из Трука этим проливом. Закончив патрулирование в этом районе, «Корвина» должна была уйти в Брисбен и присоединиться там к соединению коммодора Файфа. Судя по японским данным, «Корвина» погибла 16 ноября. В донесении японской подводной лодки указывалось, что, обнаружив юго-западнее Трука всплывшую американскую подводную лодку, она выпустила в нее три торпеды. Две из них попали в цель, вызвав «взрыв огромной силы».
Руководя действиями подводных сил в центральной части Тихого океана, где началась операция в районе островов Гилберта, я одновременно занимался и другими вопросами. Часть времени мне пришлось посвятить организации отдельного учебного командования. Боевая подготовка экипажей новых подводных лодок и переподготовка личного состава лодок-ветеранов находились в руках командира 4-го соединения подводных лодок капитана 2 ранга Джона Брауна, который был назначен начальником отдела боевой подготовки. 4-е и 2-е соединения подводных лодок (последним командовал капитан 2 ранга Момсен) не имели своих плавучих баз и базировались на базу подводных лодок в Пирл-Харборе. Ввиду того что командиры этих соединений почти непрерывно находились здесь, было логичным поручить им боевую подготовку подводников. Момсен был назначен заместителем Брауна, а все командиры дивизионов выполняли определенную работу в этой области под руководством начальника отдела боевой подготовки. Тем не менее наличие двух соединений подводных лодок на одной базе представляло определенные неудобства. Поэтому мне хотелось организовать отдельное учебное командование во главе с Брауном, а 2-е и 4-е соединения слить в одно и во главе его поставить Момсена. Это мероприятие сократило бы количество штабных офицеров и высвободило бы нам целый ряд командиров. Мой план был одобрен главнокомандующим и проведен в жизнь.
В связи с вопросом об организации боевой подготовки всплыл вопрос о взаимоотношениях между нами и школой подводного плавания в Нью-Лондоне, а также подводными силами Атлантического флота. Подводными силами в Атлантике командовал контр-адмирал Добин. Командиром базы подводных лодок, где с 1916 года размещалась школа подводного плавания, был капитан 2 ранга Кутс. В мирное время офицеры и матросы проходили там довольно длительный курс обучения, знакомясь с торпедами, аккумуляторным хозяйством, дизелями и несением службы на подводных лодках. Элементарные практические навыки приобретались на подводных лодках старой постройки, дивизион которых базировался там с этой целью. Теперь же, когда страна находилась в состоянии войны и число подводных лодок увеличивалось ежемесячно на пять-десять единиц, период обучения в силу необходимости был сокращен до трех месяцев для офицеров и до одного — для матросов. Все обучавшиеся проходили курс по овладению приемами выхода из затонувшей подводной лодки. Для этой цели использовался водолазный кессон, погружавшийся на глубину 30 метров. Новобранцы подвергались тщательному медицинскому отбору. Будущие подводники должны были иметь развитое ночное зрение, не бояться длительного пребывания в закрытых помещениях и хорошо приспосабливаться к жизни в тесных отсеках подводной лодки. Обучающихся знакомили с некоторыми видами устанавливавшегося тогда на подводных лодках нового вооружения. В этой же базе находилась и школа по подготовке командиров подводных лодок. В ней офицеры-подводники, звание которых позволяло назначить их в ближайшем будущем на должность командира лодки, обучались опытными боевыми офицерами искусству атаки и уклонения от эскортных кораблей противника. Обучение проводилось в условиях, максимально приближенных к боевым.