Политическая ситуация в стране резко изменилась 9-го сентября 1999 года, когда в Москве, при взрыве в одном из жилых домов, погибло 94 человека. Второй взрыв жилого дома четырьмя днями позже унес еще 119 жизней, а через три дня — третий взрыв в Волгодонске, на этот раз — 17 погибших. Беспрецедентная волна террора привела граждан России в ужас. Выступая на одном из центральных телеканалов, Путин обвинил во всем чеченских террористов, и голосом, полным спокойствия и уверенности, заявил, что где бы они прятались их "будут мочить в сортире". Фраза, впоследствии ставшая одной из самых популярных путинских цитат. Уголовный жаргон из уст кандидата в президенты импонировал многим зрителям и, буквально на следующий день, Путин стал одним из самых популярных политиков России.
Он отдал приказ бомбить столицу Чечни и послал в район боевых действий дополнительный контингент войск. 31-го декабря 1999 года Ельцин неожиданно ушел в отставку. Согласно российской конституции, Путин стал новым президентом. Первым указом, который он подписал, гарантировал Ельцину и его "Семье" полный иммунитет от каких-либо судебных преследований по поводу злоупотребления властью во время правления и других нарушений закона, включая коррупцию, взяточничество и государственную измену. В данном случае, в "Семью" входили не только родственники Ельцина (например, его дочь Татьяна Дьяченко, работавшая в Администрации Президента), но и ближайшие советники, в основном из числа олигархов. Новый президент заверил членов "Семьи", что не станет разыскивать миллиарды, которые они "накопили", а ельцинскую недвижимость и пальцем не тронет. Позже стало известно, что Ельцин стал мультимиллионером именно во время своего президентства, несмотря на относительно скромную зарплату. В числе его приобретений значились две сделанные в Швейцарии яхты, по полмиллиона долларов каждая, и вилла во Франции стоимостью 11 миллионов.
Новый образ защитника законопорядка и резко возросшая популярность практически гарантировали Путину победу на предстоящих выборах. Вдобавок, ельцинские олигархи вложили в резко националистическую кампанию Путина довольно большие деньги. Естественно, он одержал победу в первом же туре голосования.
Эту историю можно было бы назвать "Из грязи в князи". Путин начинал свою карьеру младшим офицером службы внутренней контрразведки (линия ВКР) в Ленинградском КГБ, где без особых достижений прослужил с 1975 по 1984 год. Потом его перевели в Восточную Германию, в Дрезден, где он, опять же, ничем себя не проявил. За все свои 16 лет службы в КГБ он смог дорасти только до звания подполковника. После распада Советского Союза Путин уволился из органов и пошел работать к мэру Санкт-Петербурга Анатолию Собчаку. Когда в 1996 году Собчак не был переизбран, Путин помог ему сбежать из России, пока новый мэр не успел обвинить своего предшественника в краже миллионов из городского бюджета. Некоторые члены ельцинского кабинета министров, будучи друзьями Собчака, были приятно удивлены такой лояльностью Путина. В благодарность, они содействовали его переводу в Кремль. В конечном итоге Ельцин назначил Путина директором ФСБ, однако журналисты отмечали позже, что у генералов из этого ведомства популярностью он не пользовался.
Сергей вспоминал: "В российской разведке Путина ценили невысоко, так как в его карьере не было ничего примечательного. Я бы сказал, что на него смотрели как на выходца из низов. И вдруг он становится президентом России."
В отличие от Сергея и других высших офицеров из Центра, Путин не рос в семье привилегированных сотрудников КГБ и не учился в элитных школах. Его отец был бригадиром на заводе, и семья Путина, по его словам, жила в квартире, где водились крысы, а сам он не раз ложился спать голодным.
Став президентом, Путин стал перетягивать в Кремль своих приятелей. В СМИ их стали называть силовики, так как в большинстве своем это были офицеры, из КГБ или из армии. Путинские силовики не поддерживали ни горбачевских демократов, ни ельцинских олигархов.
Несмотря на обширные кадровые перестановки, Путин заменил не всех. Александр Волошин, который перегонял миллионы долларов из ооновской программы "Нефть В Обмен На Продовольствие" в карманы своих дружков в Совете при Президенте России, не собирался уходить в отставку. Этот чиновник, которого называли "серым кардиналом" из-за его огромного влияния, был руководителем Администрации Президента при Ельцине, но без видимых проблем сохранил свою должность при Путине.