Выполнение первой задачи финское командование предполагало достигнуть путем введения конвоев, захвата Аландских островов и советской ВМБ Ханко, создания минно-артиллерийских позиций в районе Аландских островов и на подходах к шхерной коммуникации Финского залива, организации дозоров и траления мин в этих районах. Все это должно было исключить проникновение наших кораблей, особенно подводных лодок, в Ботнический залив. Вторую задачу намечалось выполнить путем уничтожения кораблей и судов подводными лодками и катерами, а также постановкой активных минных заграждений.
Финское командование планировало поставить 79 активных и оборонительных минных заграждений общей численностью 1898 мин, что составляло около 80 % от их общего запаса. Из этого количества в первые два дня после начала военных действий предусматривалось выставить в Финском заливе и в районе Аландских островов 38 заграждений — всего 1002 мины, на третий день — четыре заграждения, 170 мин, а остальные — по особому указанию. Минное оружие предполагалось использовать, главным образом, в оборонительных целях для создания минно-артиллерийских позиций. Для прикрытия побережья планировалось ставить минные заграждения с большой плотностью, а в радиусе наиболее эффективного действия огня своей береговой артиллерии — с малой.
С 10 июня под видом подготовки к предстоящим крупным маневрам с участием резервистов в Финляндии началась мобилизация, о которой официально объявили лишь через десять дней. Военно-морские силы в первой половине июня привели в боевую готовность и в соответствии с поставленными задачами 16 июня разделили на две группировки.
В группировку А (шхерный флот) вошли: броненосная флотилия (два броненосца береговой обороны); охранная флотилия, состоявшая из: 1-й полуфлотилии канонерских лодок (четыре единицы) и 2-й полуфлотилии сторожевых катеров (6 единиц); минная флотилия (шесть надводных заградителей); флотилия тральщиков в составе: 1-й и 2-й полуфлотилий (7 и 8 единиц). В шхерный флот также включался конвойный отряд, в который входили: конвойная флотилия сторожевых катеров (5 единиц), 1-я и 2-я флотилии ледоколов (по четыре вооруженных ледокола) и подвижная база снабжения (три плавучие базы и семь других судов). Эти силы, базируясь на военно-морскую базу Турку, должны были действовать на операционном направлении Ботнический залив — северо-восточная часть Балтийского моря. Руководство боевыми действиями шхерного флота возлагалось на командующего флотом, капитана 1-го ранга Е. Рахола и его штаб, расположенный в Турку; материально-техническое обеспечение — на командира ВМБ Турку. Командующему флотом подчинялись 4-я, 5-я, 6-я и 7-я береговые бригады, 14-й пехотный полк и 14-й легкий артиллерийский дивизион.
Главной задачей шхерного флота являлась защита судоходства и действий из Ботнического залива против советского флота. С этой целью за три дня до начала войны он должен был силами 4-й береговой бригады и 14-го пехотного полка, усиленного 14-м легким артиллерийским дивизионом, захватить Аландские острова и в дальнейшем не допустить проникновение кораблей, особенно подводных лодок, в Ботнический залив. Одновременно систематическим обстрелом ВМБ Ханко затруднить ее усиление и снабжение. Кроме того, шхерный флот должен был оказать содействие войскам «ударной группы Ханко» в захвате базы. На время выполнения этой задачи планировалось усиление шхерного флота подводными лодками и торпедными катерами.
Первоначально захват ВМБ Ханко предполагалось осуществить шхерным флотом совместно с 17-й пехотной дивизией усиленной артиллерийскими и саперными частями. Однако 17 июня большая часть сил дивизии отозвали из района Ханко и вместо нее создали «Ударную группу Ханко». В состав последней вошли 55-й пехотный полк 17-й дивизии, пехотные, артиллерийские и инженерные части со средствами усиления 1-й, 3-й и 5-й бригад береговой обороны общей численностью более одной пехотной дивизии. Артиллерия ударной группы располагалась на островах и материке и состояла из двух 305-мм, тридцати одного — 152-мм, двадцати трех — 120-122-мм, двадцати восьми 84-мм орудий береговой и полевой артиллерии, пятнадцати зенитных батарей и значительного числа крупнокалиберных зенитных пулеметных установок.
В группировку Б (отдельный отряд флота) вошли: 1-я полуфлотилия торпедных катеров (5 единиц), 2-я полуфлотилия сторожевых катеров (5 единиц); флотилия подводных лодок (5 единиц); группа надводных минных заградителей (2 единицы); группа тральщиков (10 единиц); группа минных катеров (4 единиц); группа сторожевых катеров (4 единицы); группа кораблей связи (2 единицы) и две плавучие базы. Руководство боевыми действиями отдельного отряда флота командующий ВМС Финляндии генерал-лейтенант В. Вальве принял непосредственно на себя. Ответственность за боевую подготовку возлагалась на командующего флотом. Корабли базировались на ВМБ Хельсинки и порты Финского залива, снабжение обеспечивали военно-морские базы Хельсинки и Турку. Основными задачами отдельного отряда флота являлись защита шхерной коммуникации и ведение активных действий на сообщениях советского флота в Финском заливе.