Состав морских охотников пополнился прежде всего за счет пограничных катеров. В состав КБФ вошли 1-й и 2-й Балтийские морские пограничные отряды НКВД. Первый из них базировался на Выборгский залив и имел два дивизиона. Один состоял из семи катеров МО: ПК № 171–177, а другой из семи катеров типа ЗК. Оттуда дополнительно передали 14 катеров типа КМ. Второй отряд также имел два дивизиона, но только катеров типа МО. На Таллин базировались ПК № 200–211; на Лиепаю — ПК № 212–219, 221 и 222; на Ручьи и Усть-Нарву ПК № 224–231; на Ханко — ПК № 236–239. Кроме этого пограничники передали ВМФ сторожевой корабль «Коралл». В июле 17 катеров типа МО IV и один МО V КБФ получил от промышленности. Из девятнадцати катеров типа КМ сформировали 6-й дивизион сторожевых катеров с присвоением им номеров с 601 по 619.
В результате всех первичных мобмероприятий Краснознаменный Балтийский флот пополнился тридцатью восемью тихоходными тральщиками и еще одиннадцатью «магнитными». Правда, последние по прямому назначению практически не использовались.
В связи с организацией Минной обороны и вступлением в состав КБФ мобилизованных судов на 1 августа 1941 г. существовала следующая организация тральных и эскортных сил.
В состав Минной обороны, базировавшейся на Главную базу Таллин, кроме отряда заграждения («Марти» и «Урал»), также входила бригада траления. Эта бригада имела в своем составе два дивизиона базовых и один тихоходных тральщиков, а также два дивизиона катерных тральщиков:
— 1-й днбтщ включал Т-201 — Т-207, Т-209 и Т-210;
— 2-й днбтщ включал Т-211 —Т-215, Т-217 и Т-218;
— 5-й днттщ включал «Змей», «Буек», «Ударник», «Клюз», «Мороз», «Барометр», «Виестурс», «Осетр», «Фурманов», получивших номера соответственно с 51 по 59 включительно, а также «магнитные» тральщики «Скат» (5М1), «Поводец» (5М2) и плавбазу «Марс»;
— 11-й днкатщ включал катера типа Р № 31, 32, 33, 35, 36, 41, 42, 43 и 47 получившие номера соответственно с 1101 по 1110;
— 12 днкатщ включал катера типа Р номер 211, 212, 215, 312, 313,314,322,323, 324, а также два катера типа KЛT и катера МО с минными скатами — заводские № 193, 197, 199, 200, 210. Этот дивизион официально относился к ОВР Кронштадской ВМБ, но базировался на Палдиски.
ОВР ВМБ Ханко имел в своем составе 3-й диска, включавшего МО № 311–313; переданных из Главной базы, а также бывшие пограничные ПК № 236–239, получивших новые номера с 301 по 307 включительно. Кроме этого официально база имела 7-й днттщ включавший тральщики «Краб» (№ 71), «Дзержинский» (№ 72), «Менжинский» (№ 73), «Киров» (№ 74), «Орджоникидзе» (№ 75), «Пярну», «Рулевой» и «Волнорез» (№ 79), а также «магнитные» «Пикша» и «Воронин». Но этот дивизион фактически базировался в Таллине.
ОВР Кронштадской ВМБ имел в своем составе два дивизиона тральщиков и дивизион катерных тральщиков, два дивизиона сторожевых катеров и охрану рейдов:
— 3-й днттщ включал тральщики «Озерный», «Олонка», «Видлица», «Шуя», «Молотов», «Боевой», «Тюлень», «Сиговец» получившие номера соответственно с 32 по 39 включительно;
— дивизион резервных тральщиков включал «ижорцы» № 30, 53,64, 66,71 и 75;
— 14-й днкатщ включал 13 катеров типа КМ получивших номера с 1401 по 1413 включительно;
— 5-й диска включал катера МО № 131,132,133,198,201,202, 203, 205, 206, 207 и 211 получившие номера с 501 по 511 включительно;
— 6-й диска включал 19 катеров типа КМ получивших номера с 601 по 619 включительно;
— охрана рейдов включала сетевые заградители № 101, «Онега», «Гарибальди» и 5 буксиров.
ОВР Главной базы имел в своем составе дивизион тральщиков, три дивизиона сторожевых катеров, дивизион базовых СКР, базовые заградители «Ристна», «Суроп» и «Азимут», а также 15 катерных тральщиков типа КМ и 8 мотоботов: